就此原本会与王化贞同一命运，都被处死，传首九边的熊廷弼得到了一个将功赎罪的机会。
因为好友熊廷弼没有被处死，容易怯战的兵部尚书高第并未担任蓟辽总督，而是由有勇有谋的孙承宗担任，之后孙承宗严命关外各城守军加固防御设施，坚守关外，锦州、右屯和大、小凌河等地城堡均被重视，甚至还提拔了敢于申明利害、誓守宁远的袁崇焕。
天启元年，后金包围重镇沈阳，便是秦家渡浑河与清军血战，秦良玉更是亲率三千前往直抵榆关，所经过的地方秋毫无犯，于是皇帝便下诏给秦良玉加一品官员服饰，并封秦良玉为诰命夫人，封秦良玉儿子马祥麟为指挥使。
因为其中有忠心耿耿的将军战死，于是朱由校又在皇后的建议下令赠英勇战死的秦邦屏都督佥事，子孙世袭，并且与陈策等人一同立祠祭祀，秦民屏官进都司佥书。
天启一年，平定奢崇明四川之乱，于是朝廷再因公多次赏赐秦良玉金币，并授命秦良玉为都督佥事、充都督同知总兵，并加封为夫人，授马祥麟为宣慰使，秦民屏为副总兵，秦翼明、秦拱明为参将。
天启三年，秦良玉上书奏总兵李维新因在渡河一战中失败回营，反而拒战功赫赫的秦良玉拒于门外，不容她进城相见。
桃夭作为皇后，知晓之后当即在朱由校面前言道：“李维新作为总兵，不仅能力不行，还善妒人才，他一个六尺身躯的大男子居然忌妒一个巾帼将军，当真是厚颜无耻。若是他尚且有点脸面，那在夜静时想一想都应当羞死！”
有皇后这一番杀人诛心之言，皇帝朱由校立即就将李维新罢免了总兵之职，并提拔秦良玉为总兵，统领三军，与孙承宗等各地将领一同抗击后金。
随后还专门下诏文武大臣必须以礼招待秦良玉，不得有任何猜忌。
桃夭更是以皇后之名写一篇赋文来称赞秦良玉巾帼英雄，不让须眉，更是以唐朝平阳昭公主、樊梨花将军和“四娘子”杨妙真来比之秦良玉将军。
这篇赋文用词华美，对仗工整且朗朗上口，而且又来之不凡，一时之间便传颂各地，让张皇后之文采和秦良玉将军之忠心英勇家喻户晓。
这个消息传到秦良玉耳中时，简直就是不要太受宠若惊，不仅对皇后娘娘好感倍增，还对大明王朝更加的忠心耿耿。
天启五年五月十八日，朱由校在一众宫人的陪同下，到西苑游船戏耍，皇后因为要与其长姐见面，而太子则是要跟着他的皇叔朱由检一起看书，于是仅有皇帝一人前往。
这几年的日子甚是风平浪静，大概是因为日子过得十分舒心，不仅皇帝忘记离水远一点，皇后也忘了大明皇帝易溶于水的事情。
本来一切都好好的，但不知侍奉在皇帝身边的太监说了些什么，突然舒舒服服待在在桥北浅水处大船上饮酒的皇帝，就坚持要与王体乾及两名亲信小太监去深水处泛小舟荡漾。
结果还没有泛舟玩乐多久，一阵狂风刮过，掀翻了小船，使得船上所有人都不幸跌入水中，所有人都差点被淹死。
虽然皇帝被人及时救起，但经过这次落水惊吓，却落下了病根，多方医治无效，身体每况愈下。
皇后为此震怒，直接将那些不顾皇帝安危的一众太监给处置了，随后就开始日日关系皇帝的饮食起居。
但在桃夭不曾留意的时候，尚书霍维华背地里不知受何人指点，突然就瞒着皇后娘娘给皇帝进献了一种名为“灵露饮”的“仙药”。
因其味道清甜可口，朱由校便天天饮用，以致得了肿胀病，逐渐浑身水肿，最终卧床不起。
桃夭只是擅长制毒和用毒，她每次给皇帝把脉都是显示并未有中毒迹象，这实在是让桃夭感到头疼。
尤其是看着朱由校身上日渐缩减的气运，她就感到事情要糟糕了。
在这种情况下，桃夭之前已经连续提过很多次的废除女子缠足一事也不再提起，朝中大事小事也是暂由信王朱由检代为处理，尽量让身体每况愈下的皇帝能够静心修养。
但朱由校的情况还是迟迟不见好转，便是曾广贴皇榜招揽天下名医，也始终不见起色。
皇帝这边出了事糟了难，辽东那边也不曾消停过。
天启六年正月，努尔哈赤率领后金军进攻宁远，明朝总兵官秦良玉、宁前道参政袁崇焕固守宁远。
秦良玉和袁崇焕临危不惧，召集诸将议战守，决定采取坚壁清野之策，组织全城军民共同守城。
不久明军用红衣大炮击败了努尔哈赤，此为“宁远大捷”。
同年一月，袁崇焕被任为佥都御史，专理辽东军务，镇守宁远，秦良玉则是被晋升为辽东巡抚。
但到了五月，在北京王恭厂一带突然发生了一次奇怪的巨大灾变，造成巨大的人员伤亡。
一声巨响，狂风骤起，天昏地暗，人畜，树木，砖石等被卷入空中，又随风落下，数万房屋尽为齑粉，死伤两万余人，让人心惊胆颤，触目惊心。
灾后，男女尽皆裸.体，衣物首饰器皿全都飘到西山上去了。紫禁城外正在修缮围墙的三千工匠尽皆跌下脚手架，摔成肉袋，正在用早膳的天启皇帝躲在龙书案下才幸免于难。
至于皇后则是被身边的夏公公以身相护才不曾有损伤，这也让皇后更为信重他。
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