不过萨菲罗斯并不讨厌这种关系，因为它让自己与克劳德之间的羁绊变得更加紧密。
在第一步计划获得成功之后，他本该前往北大空洞进行下一步，然而这时一个连他都未曾想到的意外发生了——那些被他放置不管的、在北大空洞底部不断进化的细胞已然成为更加强大的生命，用最原始的方式打通了从大空洞到星球核心的道路。彼时他还未恢复力量和记忆，甚至不知道它到底是什么，等他终于想起一切时它们已经以摧枯拉朽的姿态攻占了整个星球。
萨菲罗斯突然发现自己面临着一个前所未有的严峻问题，那就是这些由自己细胞进化而来的新生物并不受自己控制。杰诺瓦的集体意识只能有一个主脑，而Reunion的本能又注定它们会寻找与自己相近的个体。如果他不能控制原初S型，对方迟早会来吞噬自己。
萨菲罗斯谨慎地观察了一段时间，终于找到一个突破口。他发现原初S型空有强大的力量，却没有高等的智慧，因此更倾向于吸收和模仿自己的思维逻辑。这是一个好消息，一旦自己成为主脑就可以将对方掠夺的能量和物质纳为己用。但原初S型拥有容量惊人的集体意识，个体的意识一旦进入其中就会像一滴水进入大海那样消失无踪，想要在其中保持自我甚至比在大海中维持一滴水的形状更加困难。
于是萨菲罗斯的面前仅剩下两个选择：要么再一次使用黑魔石召唤陨星，将原初S型连同盖亚一起毁灭；要么由他主动去吞噬原初S型，夺下杰诺瓦集体意识的主控权。
事实上后者的失败的概率远远高于前者，他唯一的胜算就是克劳德。早在两百年前他就已经将自己的核心寄托在克劳德的思念中，并且无数次借助对方的记忆将自己从生命之流中抢救回来，他坚信克劳德如果知道自己的计划一定会想方设法地来杀自己，而只要克劳德来找自己，他就有机会去阅读克劳德的记忆，去重拾那些强烈的爱意与恨意，去重历他们在星球核心的战斗，然后找回最初的自我——在这个计划完成之前，克劳德的性命甚至比他自己更重要。
萨菲罗斯拒绝了杰内西斯消灭原初S型的邀请，并且将计划从直接夺取盖亚的生命之流修改为夺取原初S型的主控权。显然克劳德尚未意识到这点，因此仍在试图牺牲自己拯救人类。他三番五次从死神手上将克劳德救下来，以至于被克劳德质疑起动机。他知道克劳德可能已经隐约猜到一点，却从未打算把真相告诉对方。
直至最后一次行动中，克劳德用Ultima极大削弱了原初S型，并且试图以被主动吞噬的方式污染原初S型的意识，他才终于主动出手——他赶在克劳德被吞噬之前将对方救出，自己抢先跳进了原初S型中。
刚一进入原初S型的意识，萨菲罗斯就立刻消散在了巨大的信息海洋里。他不仅没能维持住自我，甚至也忘记了克劳德。
事实上在最初的十二个小时中，他所有的意识都已经化为碎片，连同情感和人格一起消失，在任何意义上都已经“真正的死亡”了。但另一方面，原初S型如他预料中那般迅速吸收了他的思维逻辑，无知无觉地按照他的模样重塑自己，提取全部能量供应他的新肉体，并且用剩余的尸骸为他制造了那颗陨星。
于是在他为原初S型设计好的程序中，亿万个细胞就这样逐渐死亡，原初S型的集体意识也因此不断被削减，直至最后只剩下唯一的一个。而克劳德的到来帮他将那些散落的碎片一片片地拼回，用自己的情感激活了他的人格，最终完整地将他从死亡边缘带回。
「——你想要的是什么？」
萨菲罗斯终于从过去的记忆中抽离，忽然深深地吸了口气。
他从两百年前诞生以来从未如此接近成功，现在他终于做到了一切，却并没有太多喜悦，反而生出一种不可思议的感觉。
他曾花了二十五年的时间思考自己究竟是什么，用两年时间发现真相，用五年时间决定向星球复仇，又用了七十年重新思考自己的目标，最后用一百四十年得到了最想要的那个东西。
——他想要的是可以自由支配自己命运的权力。
他的诞生应该由自己支配，毁灭由自己支配，喜爱或憎恨的事物也该由自己支配。所以星球会毁灭，但是他会活下去，克劳德也会和他一起活下去。
他知道克劳德可能会痛恨他的决定，不过他还有无限的时光可以让对方接受现实。即便克劳德将他再次送回生命之流也不会改变什么，万事皆已具备，他随时可以再度复活，接下来只要抽走星球核心里剩余的能量他就能将陨星加至逃逸速度，然后从盖亚的生命之流中彻底解放。
萨菲罗斯等待了一整夜加一个白天，直到第二天的下午直升机才姗姗来迟。他仰头望向大空洞上方的天空，那颗新生的月亮已经是第三次掠过头顶。
由于它的轨道离地面是如此之近，以至于昼间也能清晰地看到星体的形状。每当巨大的银白色星体从地平线上升起时，整片大地就会被笼盖上一层淡蓝色的阴影。
这让萨菲罗斯想起从未亲眼见过的杰诺瓦母星，在它的晚期也不断重复着类似的光景。新月的存在仿佛一种告丧的死星，预示着当前的世界已经步入终点。
大约十分钟后，直升机终于在环形山外的冰原上落地。萨菲罗斯察觉到克劳德已经进入了北大空洞，于是向深渊的顶部飞去。
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