还有一个他必须要完成目标的原因就是毛利兰。蚁巢计划成功推行，工藤新一的变异基因在当中的作用很关键，他被卷入各国权贵的阴谋里，作为工藤新一最心爱的女孩，毛利兰只有被撕碎的命运。工藤新一根本护不住毛利兰，就算毛利兰有德川正的庇护，又如何能跟利欲熏心的政权一直抗衡下去。
只有从根源摧毁，让他们再也无法重新启动类似项目，即使有材料也没有数据支撑，那些势力在权衡利弊后再不甘心也只能选择放弃。
琴酒没有多少美好情操，做这些也只是为了保护自己和自己在乎的人，但的的确确有很多人因此得救，尽管琴酒本身一点儿也不在乎那些试验品的死活，那些活下来的人得知真相后都很感激琴酒还有毛利兰。
有人尖锐指出琴酒杀人如麻，罪有应得，但很快就有人反驳他们，说琴酒杀人事实，但这跟他为了救人牺牲自己有什么关系，难道这个世界还不许坏人改过自新吗？更何况人都死了，比起那些恶贯满盈最后只是坐牢不用偿命的恶棍，他至少赎罪了。非要以人命来算，那让国际上立刻恢复死刑，把还占用公共资源的杀人犯都一起清理掉好了。
舆论吵得热火朝天，各有各的道理，谁也无法说服谁。
【地下研究所】
乌丸莲耶死后，贝尔摩德跟降谷零见了一面，把研究所所有的资料交给他。笑道：“波本，这次你立大功了。”
降谷零接过资料环顾这个隐蔽的研究所，开口问道：“你要去哪里？”
贝尔摩德露出狡黠的微笑：“这可不能告诉你。不过波本弟弟，你真准备放我走吗？”
降谷零扬一扬手里的资料浅笑：“谁能抓得住千面魔女呢？反正监狱也关不住你何必浪费精力。还不如这些设备与资料，至少能帮助很多人。”
贝尔摩德叹息：“波本，如果好人都像你这样该多好。”
降谷零抽出墨镜戴上；“我从没觉得自己是个好人。有缘再见，贝尔摩德。”
贝尔摩德挥手远去，步履轻松，把所有的一切抛在身后。
降谷零将重要的资料设备转移走后，带着日本警署接管了研究所，解救出包括工藤新一和灰原哀在内的一众人等。
黑衣组织自此彻底瓦解。
【墓园】
毛利兰和乌丸莲耶同归于尽的一个月后，宫野志保独自来到墓园，远远看见一个消瘦的身影，她心里暗暗叹了一口气，沉默走近，坐在毛利兰墓碑前发愣的，正是工藤新一。
昔日自信满满的名侦探瘦了一大圈，整个人看起来迷茫而脆弱。
宫野志保将手里的百合花放在毛利兰的墓碑前，双手合十默祷许久。
“你还准备在这里坐多久？”宫野志保问工藤新一。
工藤新一没有看她，只是愣愣看着墓碑上有着温婉笑容的女子，低声喃喃：“我只是一直想不通。”他伸手轻轻抚摸过墓碑上毛利兰的名字，“明明，她跟这一切都没关系。她本该开心念完大学，开始自己新的人生旅程。她那样热爱生活，未来应该有无限可能。可为什么，死的人是她，而不是我！！我才是该死的那一个！！为什么是兰！为什么！！”
工藤新一的拳头重重砸在地面上，声音嘶哑。毛利兰死去的噩耗一直在折磨他，让他食不下咽，夜不能寐。他无法原谅自己，是因为自己，才把他最心爱的女孩卷进了一系列恐怖的事件里。死亡，毁灭或者恐惧，这些本该是他去承受的东西，他乐于承受，但为什么，他还好好的，兰却死了！！
宫野志保顺着他的手指看向墓碑上的照片，眼里露出悲哀的神色，何止工藤新一想不通，她也同样想不通。明明她觉得自己已经靠毛利兰近一些了，可是最后发现，她连拉住毛利兰手掌的机会都没有。
她还记得自己阴郁沉默注视着这个世界，迷茫而自厌，毛利兰的热心开朗让她自惭形秽，她一点儿也不想靠近她。但是，毛利兰会注意到她发烧，会在她生命受到威胁时舍身相救，在她觉得自己应该被所有人遗忘的时候，毛利兰会突然回头，笑容明媚，叫她小哀。她生平第一次愿意主动伸手去触碰的人，让她感到温暖的人，给予她勇气的人…
最后连一丝遗骸都没有，只留下空空的墓穴。
整个余晖码头被炸成飞灰沉没入海，谁也不可能找到那个人，从此再也见不到她。宫野志保沉默地站在冰冷的墓碑前，久久不能言语。
直到墓地又来了第三个人。
降谷零看到这两个人在一点儿也不意外，他将手里的小雏菊放在墓碑前，低头默祷。却不料他的衣襟猛然被人揪住，降谷零淡漠看向面前脸孔有些扭曲的青年，没有挣脱他的手。
“降谷零，我跟你说过，我愿意配合你们涉险，我甚至不在乎自己死在实验室。可是你为什么要让兰卷进这些事件里来，你们公安是这么无能，必须要牺牲无辜的女孩才能拯救世界吗！！”工藤新一死死揪住降谷零，俊秀的脸上无比愤怒。
降谷零垂下眼睑，盖住眸底的倦色，声音平淡：“工藤新一，你凭什么替兰小姐做决定？”
工藤新一愣住，降谷零什么意思。
降谷零抬起头盯着工藤新一的眼睛，紫灰色的眼眸淡漠至极：“你认为兰小姐是一个什么样的人？柔弱不能自理的菟丝子还是好骗可愚弄的白痴？你有你想做的，不愿让她知道。正巧她也有她想做的，不愿你知道，这很公平不是吗？工藤先生。”
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