可是他活了下来……血清在他的体内起了作用，于是九头蛇的人帮他接上铁臂。他是千分之一的概率，其他成功的人当中很多士兵的神智都变得疯狂，只有他无副作用地接纳了血清。
与此同时，登上战场的史蒂夫听闻了巴基失踪的事情，立刻不顾违反军令深入敌军腹地寻找他，两人里应外合，拯救了大批的被俘士兵。
史蒂夫想要带巴基回去，却遭到了他的拒绝。
在九头蛇里的这段日子中，詹姆斯逐渐看清了这个世界的真实样貌。他们这些一心报国的大头兵只不过是政客最中一个冷冰冰的数字而已，美国参战不仅仅是为了阻止战争，更是因为有利可图，即使付出的代价是牺牲无数前线的美军士兵。
他意识到美国在做着和九头蛇一样的事情，他们在用自己和彼此的士兵做实验。在巨大的整体利益面前，单个人的牺牲轻得犹如落在大海中的一滴水。
他也意识到即使这场战争打赢，在短暂的和平之后，美国仍然好不了。一场战争平息了，未来仍然有无数个战争。他对于这个充满利益和欺骗的世界感到绝望，他无法接受这样的未来。
詹姆斯让史蒂夫带走自己的狗牌和军服，他和过去的那个自己诀别，然后转身投入了九头蛇。他在整个战争区间内一直卧底在九头蛇之中，获取信任，慢慢向上爬。红骷髅不信任他，千方百计想要干掉他。可惜就在他快要成功的时候，二战已经接近结尾，在和史蒂夫抢夺宇宙魔方的时候，红骷髅在宝石的光芒中烟消云散。
詹姆斯抓住了那个千载难逢的机会——他抓住了九头蛇无人领导的、最虚弱时候的空缺。
并不是所有九头蛇员工都愿意俯首称臣，巴基只好用最原始的方式镇压他们。史蒂夫在这里留了一段时间，帮了他一些忙，等到形式稳定之后，史蒂夫还是决定离开这里。
“巴基，你变得和过去不一样了，我几乎认不出来你了。”临别时，史蒂夫对他说。男人的蓝色眼眸有些忧伤，“我们的理念不再相同，我无法认同你的所作所为，但我仍然希望你能平安。再见了，我的朋友，祝你好运。”
而后发生了太多的事情……詹姆斯在政治与管理方面的天赋逐渐显露，曾经的九头蛇有一些很不好的地方，詹姆斯在这几十年里拨乱反正，祛除糟粕保留精华。在二战结束的十年里，他将九头蛇大洗牌，逐渐将过去的人都全部清除，换上了干净的新血脉。
其实詹姆斯一直认为他和史蒂夫之间的理念没有分歧。史蒂夫想要为更好的美国而奋斗，巴基也是一样，他在为人类更好的未来而努力，用自己的方式——尽管那在史蒂夫看来无法接受。
和巴基一样，史蒂夫在战后的美国军队里也逐渐获得了越来越高的头衔。他们两个之间偶尔有书信往来，史蒂夫和以前一样，很不合群，他也看不惯那些政客和一些高级将领的行为，他选择去训练士兵，为美国实打实的做实事儿，远离那些他讨人厌的上层们。
巴基觉得史蒂夫也意识到那些凌驾于普通人之上的‘国家精英们’都是毒瘤，可是史蒂夫不会承认。
后来，史蒂夫离开了部队，他组建了一个特别行动组织，战略科学军团——那是神盾局的前身。史蒂夫绝对是在帮助巴基收缴九头蛇势力的那段时间里也学习到了九头蛇的组织模式，史蒂夫也同样拥有着极其出色的战略才能，只是总不愿意使用。
两个组织的定位都很超前，所以他们在后来的十年里总是会在资源和人员上面有一些争锋出现，最争锋相对的一次，亲自出任务的詹姆斯遇到了同样预料到他会来所以前来等候的史蒂夫。
在一个夜晚，某个城市的屋顶，巴基手里拿着装有重要物质的手提箱，而史蒂夫在另一头注视着他，手里的枪对着巴基。
“你这样做是不对的。”史蒂夫轻轻说，“我认识的那个巴基善良、心软、赤诚之心。他不会做这样的事情。”
“你说得对，史蒂夫。我变了。我已经为祖国死了一次，我现在不欠任何人的了。”詹姆斯道，“从小到大，你一直比我意志坚定，有自己的主见，所以我总是被你影响，听你的。可是那次死里逃生让我看清了这世界的本质，我们太渺小了，史蒂夫，仅靠我们两人，没办法保护所有人。”
“所以你宁可被所有国家通缉，与全世界为敌，也要拿到所有你想要的资源？”
“我没有伤害过任何人。”巴基说，“如果你觉得我是最大恶极的，那就杀了我吧。我不会退让一步的，我会得到我所想要的一切东西。而我这是在救你的命。”
“你在说些什么？”史蒂夫皱起眉毛。
“你我都是那批注射血清的士兵之中最成功也是最强大的，在你之后，美军里再也没有人能够比你更强大。”巴基平静地说，“他们现在信任你、崇拜你，可总有一天他们会开始嫉妒你，对你起疑心，处处防备，处处限制。如果有这么一天，我会救你的。”
史蒂夫注视着他，轻轻呼吸着，疲惫又无可奈何。
“巴基，你所说的一切我都知道，也有所准备，可是解决办法不应该只有这样极端的方式。”他说，“那些高危资源也不应该握在单一组织的手里，九头蛇手中的东西太多了，这不应该。”
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