石慧随手带走邪帝舍利不过是担心这东西能够让石之轩随时苏醒，或是魔门的人得到消息为了邪帝舍利将石之轩唤醒。只是没想到这邪帝舍利邪异的很，一般手段竟然无法毁去，还总是时时刻刻仿若在召唤人去吸取它的力量。以石慧的实力自然不会收其所惑，只是带在身边怕对孩子们不好，又不知放在什么地方才算的安全，当真有些令人困扰。
除却杨公宝库之事，石慧又择选了两名弟子，为宋阀的宋师道和李阀李建成，每月初三接纳其余各家弟子求教。因只受了宋阀和李阀弟子，独孤阀与宇文阀颇有不满，只一时也寻不到错处。
宇文成都因拜师被拒，初时不悦，每月必上门“求教”，如此三五次心悦诚服，虽然不得成为入室弟子，亦尊为老师。如此匆匆三年而过，上皇驾崩，太子杨广登位，改元大业，营建东都，迁都洛阳，历时十个月，每月征调民夫二百万人。同时下令勘测河道，有意挖掘大运河。
年底，皇帝忽然得一怪疾，头疼如虫入脑，宫中御医束手无策，向民间征召名医，无果。大业二年春，备受皇帝宠幸的宇文阀举荐大宗师赵夫人入宫为皇帝诊疾。
皇帝病痛稍止，对石慧便倚重几分，允其随意入宫。皇帝乃天下至尊，坐拥天下，只是坐上了这个位子便越发怕死了，想求长生。杨广虽然年纪不大，然初登皇位便被病痛折磨了大半年夜不能安眠，自对健康颇为看重。
及至石慧展露了医术之外，又展现了养生之法，皇帝越发爱重，时常请石慧入宫论道。初时只论长生之道，后皇帝发现这位大宗师于如何娱乐方面亦颇有心得，话题便越发拓展开了。
独孤皇后在世，杨广一心与萧氏扮演恩爱夫妻行事朴素，并不纳妾。然自皇后与先帝山崩，杨广却仿若要将不曾享受的都享受一遍。虽然先帝新丧不宜采选美人进宫，只这后宫美人都得了个雨露均沾，便是病时，也是日夜有美人相伴，衣食住行也日渐奢侈起来。
自石慧入宫为皇帝治病调理身体，皇帝却修身养性起来，对美人也没有那么贪恋了。故此，皇后萧氏亦对她颇为推崇，将长子杨昭交托门下受教。至于好色的皇帝为何忽然不那么贪花好色，自是因为石慧给他开了一剂清心散。这清心散吃多了莫说欲念，便是那七情六欲都要寡淡不少。
自运河开挖之后，各地增加了不少苛捐杂税，又要抽调民夫。下面官员趁机搜刮民脂民膏，又不爱惜民力，导致抽调的徭夫死伤极多。石慧一面令人搜集证据，由朝中耿直官员上奏揭露，她在旁提醒如此将延误工时。
皇帝寡情，并不爱惜百姓，只听说延误工时，到底不悦，因此很是处置了一些官员。石慧便趁机举荐一些耿直官员及各门阀中的一些年轻公子。当年石慧虽然只收了宋师道和李建成入门下，但以宇文成都为首的少年公子也时常上门求教，算的半个门生。
石慧出手大方，便不是亲传弟子，若进步大的也时常有厚赠，或武功秘籍，或失传的书册等，故此引得许多年轻子弟上门求教。因门庭若市，石慧干脆开了一院子，置藏书阁，除却每月初三亲临，平日这些年轻人也可千万或以文会友，或比武切磋。
各大世家得了实际好处，自不会有异议。却不知道石慧之所以不将这些孩子收入门下，新立宗门，只广而教化，不过是麻痹门阀世家罢了。
上门求教的人都是年轻人，尤其以二十岁下的年轻人为主，这些年轻人最容易接受新的思想。石慧便是将一些思想夹带其中，弱化他们对门阀的忠心，加强大局观。门阀弟子自小受教家族，所接受的思想都是维系家族利益，石慧却鼓励他们发掘自己的潜力，有自己的理想和目标，推行大义。
借着皇帝信任，举荐这些年轻人入朝，虽然年轻，却锐意革新。石慧是女子，自己又不如朝堂为官，夺取他们的权利，还大方的指点各家年轻子弟，加以举荐。世家阀门见了自然不会将她视为敌人，只当人家大宗师追求的道如此，在效仿那有教无类，弟子三千的圣人罢了。
这些年轻人接受了新的思想，又受官场和家族阴暗面污染较少，如此被推了出去，等于脱离了家族全方面的管束。便是家族安排人更随，对自家孩子总不会防贼一般。然他们大约不会知道欣慰自家孩子成才的时候，孩子们有一日会成为他们无法掌控的雄鹰。
大运河的工事处置了许多借机中饱私囊的官员，查抄了贪官污吏，新去的官员大多是带着理想的士族子弟一时半会还没有那般心黑，故此各地苛捐杂税得以控制甚至减少。石慧又暗中将自己养着的匠人送到这些孩子手下，教导他们合理利用民力以及善用工具。如此不过数月，大运河工时没有丝毫延误还有加速，役夫的伤亡也迅速减少。
皇帝得到奏报，对石慧越发推崇，他喜爱享乐，有时候为了不耽误自己享乐，便时常拿朝务咨询。石慧每次都会给予恰到其份的建议，却始终不曾直接插手。皇帝满意的同时，也越加信任。
唯有越国公杨素原是皇帝面前第一宠臣颇有不满，但皇帝行事独断，并不理会。越国公没来得及对付石慧这个搅局者，自己就先一病呜呼了。他的子嗣没有杨素的手段，却又行事嚣张，杨素一死，杨门便被各大世家瓜分殆尽了。
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