在进入古堡后齐乐人等人抽丝剥茧地在挖掘出了当年古堡中的故事，原来是一位有家族遗传精神病史的贵族小姐嫁给了心上人，心上人却爱慕她的女仆艾德琳，这位贵族小姐因为嫉妒而毒死了艾德琳并如愿以偿地和心上人结婚，婚后两人来到中国经商并建造了这座古堡，她的丈夫并不希望她生下同样可能遗传精神病的孩子，于是指使家中的女仆妮娜在她的饮食中加入水银粉避孕，妮娜在知道水银粉的副作用后偷偷减少了剂量，最后夫人怀孕了，妮娜听说这个孩子会畸形后十分恐惧，担心生下畸形胎儿的夫人的精神病会发作，鬼使神差地设计她失足摔下楼梯流产。流产之后夫人精神状况急剧恶化，经常疑神疑鬼，怀疑一切都是被她毒杀的女仆艾德琳的鬼魂在作祟，夫妻关系几近破裂，为了挽回爱情她开始向恶魔献祭，最终恶魔化，杀死了古堡内的所有人，并放火烧毁了古堡。
在任务期间齐乐人得到了那台装有《噩梦游戏》的手提电脑，但是电脑没有电了，他收起了电脑准备带回黄昏之乡找人制作变压器连接电源，试试能不能玩出结局。任务途中，苏和再次出现，说是这个任务也出现了一些异常反应，怀疑是恶魔之力污染了任务世界导致剧情混乱、难度提升，主要表现在疯夫人精神病发作后向恶魔献祭获得了恶魔的力量，这个任务本来不该有这种剧情的。在苏和的帮助下，齐乐人和吕医生成功地解决了疯夫人完成了任务，回到了黄昏之乡，可是手提电脑却又离奇地消失在了齐乐人的物品栏中。
6、【杀戮密会篇】：回到黄昏之乡后，齐乐人接到了审判所的通知，要求他伪装成杀戮密会前任负责人（已故）的秘密情人的身份，去夺取杀戮密会的信物戒指以获得杀戮密会的指挥权，方便审判所将这群狂信徒一网打尽。齐乐人于是以妖艳放｀荡的同性恋“红”的身份接近杀戮密会的成员，在任务期间不幸和宁舟现场遭遇，两人都惊呆了。在卧底任务期间，宁舟几次帮助他摆脱困境，两人都隐约感觉到自己还是喜欢对方，虽然对方不是女性，但是依旧会被吸引。成功夺取杀戮密会信物戒指交给审判所之后，齐乐人摘除了杀戮之种，并触发了主线任务“圣修女的梦境”。
7、【圣修女的梦境篇】：圣修女的梦境在主世界进行，涉及到二十多年前老魔王带领恶魔入侵人类世界的往事，当时教廷所在的圣城难以为继，教廷紧急撤离远走永无乡，圣修女玛利亚不忍心看到圣城的人民被恶魔屠戮殆尽，爆发出了强大的力量，将整座圣城庇护在了她的领域之中，和老魔王一战后杀死了它，自己身受重伤离开了圣城。之后二十多年，圣城被圣修女残余的力量保护了起来，笼罩在迷雾之中无法进入。齐乐人在黄昏之乡得到了圣修女玛利亚的信物，持有它可以进入圣城，同时也发现宁舟竟然是玛利亚和玩家的儿子，为了完成玛利亚的遗愿——解放被封闭正在逐渐死亡的圣城，齐乐人、宁舟、吕医生和苏和一起来到了圣城。
此时的圣城依旧和平，不像外面的世界那样噩梦横行，但是齐乐人一行人却发现了异常，圣城已经有二十多年没有新生儿诞生了，而且从某一年开始，每到朔月之夜就必须在零点前入睡，一直睡到天亮，否则就会失踪。为了探究真相，完成玛利亚的遗愿，一行人开始调查异常的起因，最后发现原来是老魔王身边一位幸存的魔女正在积蓄力量想要解开圣修女的封印，造成每到朔月之夜，睡着的人类就会因为恶魔力量的影响从人类变成恶魔，而醒着的人就会成为恶魔猎食的对象，被残忍杀害并吃掉。齐乐人等人打开了教廷旧址的封印，各自行动。
当齐乐人来到当年圣修女和老魔王一战的圣殿后却发现，他的好友，一直神秘温柔强大的苏和，竟然就是一位魔王，他在老魔王死后获得了一部分魔王的力量，一直在秘密策划着什么，在新手村的时候他就发现了齐乐人的与众不同，所以一直在刻意接近他利用他，成功地跟随他身边进入到了被圣修女的力量保护起来的圣城，如愿以偿地得到了老魔王的一部分权柄。苏和让齐乐人选择，是选择堕落成恶魔，还是死亡，齐乐人假装服从，存档后和苏和同归于尽，却因为力量太过悬殊而失败，最后被苏和杀死，苏和受到权力魔王使者的传唤离开了圣城。
因为身上有一个七天后复活的道具，临死前的齐乐人用血在地上写了一个7想要告诉宁舟他七天后会复活，却突然想起在噩梦世界中7是代表着我爱你。等宁舟赶到后苏和已经离开了，只留下了齐乐人的尸体和一个似是而非的表白。宁舟领悟到自己其实深爱着齐乐人，无所谓性别，他爱着这个人的灵魂。于是宁舟在葬礼后回到了永无乡教廷，向教皇坦白了自己爱上同性的罪行，离开了教廷。
————第一部 完————
《欢迎来到噩梦游戏Ⅱ》剧情回顾：
1、【复生序曲篇】：七天后，齐乐人在复活道具的作用下在圣墓花园的树墓中醒来，并在教廷遗址中见到了玛利亚的幻影，玛利亚将“地狱权杖”交给他，委托他带给先知。齐乐人被送回了黄昏之乡，将地狱权杖交给了审判所幕后BOSS、黄昏之乡领域的持有人先知。陈百七告知齐乐人，宁舟为了他脱离了教廷，前往炼狱，建议他等宁舟回来，在这段期间，她愿意训练齐乐人，于是齐乐人开始了一段地狱训练。齐乐人还发现自己的旧宅被系统回收，分配给了一个名叫杜越的新人，导致他留在家中的关于《噩梦游戏》的书信被杜越知晓。
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