但由于倭军在朝鲜境内的为非作歹，起初指望外来军队帮助他们清理地方豪强压迫的朝鲜老百姓意识到倭人更不是什么好东西，因此，义军突起。主要分为三股势力：义兵、僧兵和重新集结的官军。
义兵代表以庆尚道的红袍将军郭再佑声名最为显赫，此外还有全罗道的高敬命、金千镒和赵宪，这些人都曾是儒生，亦或两班子弟，他们在地方上的声望使得他们能够快速组织起老百姓，给倭军带来了极大的麻烦。
朝鲜王李昖是第一个想到要组织起僧兵抵抗倭军的人。但此前，朝鲜各地其实一直在排佛，因为程朱理学是朝鲜士族心中的圭臬。李昖逃到义州后，专门派人召休静大师出山。曾经身为儒生的休静大师，为了证明僧人的价值和他深藏内心的拳拳爱国之心，便答应了朝鲜王的要求。这位德高望重的大师开始出面动员全国的僧人，在他的檄文号召下，全朝鲜八千多名僧人拿起了武器，如全罗道大兴寺住持处英、战争爆发时正在金刚山榆岾寺的惟政、忠清道青莲庵的灵圭、京畿道青龙寺住持永宗。虽然僧兵人数不多，实力也不算强，但八月时，他们与赵宪带领的义军一起发动了清州之战，给倭军第九军蜂须贺家政军造成重创，并夺回了清州。
而官军之中，表现最为亮眼的，莫过于全罗道左水使李舜臣。
倭军十来万军队，分批十一军，一一深入朝鲜狭长的国土之内，因而亟待建立起一条源源不断的补给线。而倭国本土与朝鲜之间，唯有海运一条路。目前倭军能够控制的海上补给线只有南部的对马海峡，所有的辎重粮草必须运抵釜山，再从釜山走陆路北上。一路上都是险峻的山峦险峰，走起来实在是太艰难，道路不畅。在越来越多的大军进入朝鲜国土后，倭军开始沿着朝鲜西岸向北摸索，试图控制黄海海权，开辟一条西北海运补给线，避开陆路运输。
而占朝鲜水师三分之二兵力的庆尚道左、右水营，因为指挥官朴泓和元均惊慌失措的错误指挥，致使自我凿毁船只，原本数百艘战舰，最后只剩下可怜的几艘。朴泓逃往内陆，而元均则躲在海岛之上，向李舜臣求援。全罗左水使李舜臣在倭军侵朝的最开始十来天内没有擅动，哪怕接到了元均的求援也如此。因为未得朝廷调令，他要履行自己防护辖区的任务。同时，他也在做准备，他需要的是庆尚道附近复杂水域的海图和倭军情报。他在等全罗右水使李亿祺，打算与他合兵一处，组建一支九十艘战舰的联合舰队。
汉城沦陷后，李舜臣没等到李亿祺的水军，却接到了朝廷命令，让他与元均合兵。无奈之下，李舜臣只得率领三十九艘主要以板屋船和中型挟船组成的战船船队，加上四十六艘与舢板无异的鲍作船用作侦察船，离开丽水港，出发去会元均。在唐浦与元均汇合后，他们继续向东行驶，往巨济岛寻找倭军。在绕过巨济岛南端时，有斥候来报，发现倭军的船只停靠在玉浦。玉浦位于巨济岛一处较大的海湾内，于是就在此地，李舜臣打响了朝鲜水军抗倭的第一炮。
李舜臣在玉浦海湾做了个大口袋，将实力并不怎么强大的倭国水军大部歼灭于海湾之中，剩余小股倭军上岸奔逃。随后在合浦和赤珍浦，李舜臣也消灭了一部分倭军，但如今看来，这并非是倭国水军的主力，大多都是运输船。
几日后，在露梁津，李舜臣遭遇了倭军水师主力舰队。一场震惊倭军乃至于明廷的大海战爆发，李舜臣与元均的联合舰队对倭国舰队造成了重大打击，摧毁敌舰七十二艘，斩首八十八级，杀敌无数。己方战船几乎无损，阵亡十一人，二十六人负伤。
之后的七月，与全罗右水使李亿祺合兵一处的李舜臣又先后在闲山岛和安骨浦重创倭军，致使倭军水师急剧萎缩。九月，釜山海战又消灭了倭军舰队四分之一的战船，此战过后，倭军再也难以开辟西进海上补给线。
双方水军实力如此悬殊，关键在于战船。李舜臣的战船包括坚不可摧的龟船和板屋船，炮火箭矢极难击穿，加之双排桨为动力，更为灵活机动。大口径火炮更是让倭军战船难以抵御，脆弱的倭军战船都是用渔船改装而来，铁炮一击即碎。
因为有李舜臣的存在，致使倭军在海上的行动遭到了严重阻碍，被打得龟缩在釜山不敢出港，严重短缺的后勤补给，也进而影响到了深入内陆的倭国陆军的行动。烽烟四起的朝鲜国土之上，各路倭军都遭到了不同程度的抵御，损伤在渐渐扩大，向明国辽东挺近的势头逐渐被削弱，减缓。
最新一场发生在半月前的战斗情报传到了辽东，战斗地点在朝鲜南部海岸的晋州。晋州守军表现出了顽强的意志，守将金时敏和赶来助阵的红衣将军郭再佑迫使倭军久攻不下，不得不撤退，晋州城守住了。
以如今的情势来看，一鼓作气、再而衰、三而竭，似乎倭军已然后继乏力。而即将踏上朝鲜土地的明军，恐怕将带给倭军进一步的毁灭性打击。对此，身为先锋大将的查大受充满了信心。而作为调粮官的赵子央则向孟子修等人表示，他持保留态度，因为大明内部各方的协调也难说是一帆风顺，铁板一块。
过了广宁城，查大受率领的先锋营又先后走过营口、定辽右卫等戍卫关城，于十一月初八抵达宽甸六堡，与在此避难的朝鲜王李昖会面。
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