11月11日即空投后的第七天，出现了第一个疑似鼠疫病例。患者为11岁女孩，名叫蔡桃儿，住在关庙街(A区)，自11月11日起开始有高热，当即送往广德医院诊治。通过血液涂片检查发现有类似鼠疫杆菌的微生物。病人于11月13日死亡。尸体剖检结果为极似鼠疫。内脏涂片检查见有与血液涂片类似的细菌。11月13日，又有一例死亡病人，经调查死者于11月11日即有高热，肝穿刺涂片发现有类似鼠疫杆菌。患者住在东门内常清街。另有两例皆于11月12日发现，均有高热及鼠蹊淋巴腺肿大。淋巴腺穿刺涂片均发现有类似鼠疫杆菌。其中一例于13日死亡，另一例于14日死亡。此二患者均住在东门一带。第五例于11月18日发病，11月19日送入隔离医院，患者有高热，住院当日即死亡。尸体解剖无显著病变。第六例为男性，28岁，住在关庙街，11月23日发病后即有发热，周身不适，翌日死亡。战时卫生人员训练所检验学组主任陈文贵医师及他所组织的调查队从贵阳赶来调查，经病理检验、细菌培养与动物试验证实本例为真性腺鼠疫。以上患者均为湖南人，久居于常德及其附近。
从11月4～25日共发现患者44例，死亡40例。1942年该城又继发，全年计76例，死亡66例。共计死亡106人。
当年住在鸡鹅巷的聂声扬控诉了当时的情景：“在敌机空投后的三四天里，街头巷尾和房屋的角落，都发现了许多死老鼠，有的老鼠还在地上缓缓地爬行。当时大家不以为然。几天后，我姐姐聂春桂突然觉得怕冷、打寒颤，发高烧，全身剧痛，坐卧不安。周围邻居中也有许多人得了同样的病。经常德广德医院的医生诊断，发现这是鼠疫症。不几天，鼠疫很快就蔓延开了，医院住满了，有的只好在家里隔离治疗。我姐姐当时也在家治疗。由于她的病很重，多方治疗无效，不久，便离开了人间。听我姐夫讲，姐姐死后全身呈紫黑色。姐夫家邻居一家老少五口，全部被鼠疫夺去了生命。”鼠疫在常德市严重地蔓延，引起了市民们的惶恐。国民政府从长沙及重庆派来了多支医疗防疫队进行防疫和治疗，并采取了一些灭疫措施。首先，在东门外约两华里的韩家大屋，迁走十几户居民，临时改建了一所隔离医院，周围以一道深115丈、宽112丈的灌水壕沟与外界隔绝，专门收治鼠疫病人；在西门外设一火葬炉，专门火化病亡者的尸体；划定敌机空投物最多的鸡鹅巷、关庙街、高山巷等为疫区，实行警戒封锁。接着向全市人口进行预防注射，并发给注射证，没有注射预防针的不得离开常德。同时，发动群众灭鼠灭蚤。
虽然采取了许多灭疫预防措施，但鼠疫已经在常德流行，造成了严重的后果。加之人们当时对突如其来的鼠疫既无思想准备，又缺乏深切了解，特别是人们对隔离医院和火化尸体的恐慌心理，使得鼠疫的控制十分困难。一些群众怕隔离，怕火葬，往往有病不报疫情，死了就在夜晚偷运出城外埋葬。还有的为逃避检查注射证，偷偷在城墙上爬进爬出。这样，导致鼠疫在常德以外地区的流行。
桃源县马鬃岭一位姓李的布贩来常德做生意，一天忽然觉得头痛发热，他怕被人发现后送往隔离医院，当夜雇舟逃离常德回家。第三天他就死在家中，他的两个儿子、媳妇等也相继死亡，还波及邻居，共死去了十四五人。他的岳父是个巫师，闻讯后，特意赶来为他设坛祈禳，事后也得了同样的病丧生。卫生防疫人员赶往该地防治，诊断为肺鼠疫流行，历时半个月，才得以控制。
在此次事件中，国民政府卫生署防疫处处长容启荣，湖南省卫生处处长张维，卫生署外籍专员伯力士，卫生署医疗防疫总队第2大队长石茂年，中国红十字会救护总队第4大队长林竞成，以及我国的知名鼠疫学专家陈文贵均到达过现场指导工作。中国红十字会救护总队医学检验指导员、军政部战时卫生人员训练总所检验组高级教官、细菌学家林飞卿负责检验细菌，并作最后的鉴定工作，确证为鼠疫杆菌。
1942年卫生署外籍鼠疫学专家伯力士专门检验常德家鼠及鼠蚤携带鼠疫菌的情况，结果发现有32只家鼠已染上了鼠疫菌，说明在城区各地实际均已波及。
常德这次鼠疫流行，完全是由日机空投物品造成的。这是因为，这次鼠疫流行既不是旧病复发，也不是来自附近的疫区。首先常德地区在历史上从未有过鼠疫，其次与常德最近的疫区是浙江的宁波与衢县，离常德2000多公里，根据当时的交通条件，鼠疫从衢县传往常德是不可能的，而且常德的鼠疫患者都是世代居住湖南，他们也没有到过宁波和衢县。值得注意的是宁波、衢县的鼠疫也是日机投撒异物引起的。再者，出现鼠疫病例与日机空投异物相差七天，这与腺鼠疫的潜伏期相吻合，在所观察的六个病例中，其潜伏期最长的是七到八天，这说明患者是日机空投异物不久后就被跳蚤剌咬的。还有所有病例都发生在日机投撒谷物最多的地方。
战后细菌战战犯的供词与日军军官当年所写的日记也充分证明了常德的鼠疫是日军造成的。
原第731部队生产部长川岛清于1949年12月在伯力军事法庭供认：“我随第731部队远征，一次在1941年，另一次在1942年，日军曾用致命性的细菌武器进攻华中中国军队。记得第一次在1941年的夏天，有一天，第2部部长大田大佐告诉我，他将前往华中，并向我道别。不久他就回来了，又告诉我，曾用飞机在华中洞庭湖附近常德一带上空投大批鼠疫跳蚤，他把这件事称为‘细菌攻击’。其后，大田大佐向石井报告，我也在场，他说第731部队的远征队曾在常德地区用飞机散布了许多鼠疫跳蚤，结果造成该地区鼠疫流行，使许多人患了这种菌疫。”《井本日记》中也详细地记载了对常德细菌战的情况。井本当时已经调任参谋本部中佐参谋。他在日记中写道：11月25日接到了中国派遣军司令部参谋长尾正夫关于常德鼠疫战的报告。
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