之后，日军继续采用不损害己方的方法，又实施了多次细菌战。但由于中国政府的谴责，10月2日起停止了用飞机投播。
这天的《井本日记》中记载，关于细菌作战，“副参谋总长来电，指示目前停止用飞机实施”，副参谋总长下达了暂时停止使用的指示。
10月5日，增田大佐就浙赣作战写了《地面实施实况》的报告，报告说“鼠疫菌首先成功地在衢县将伤寒菌投入井中，当是成功(溶解于水中)”。所以可以判断：细菌战部队播撒鼠疫菌、在衢县的井中投放伤寒菌，基本是成功的。
由于日军实行这种“谋略细菌战”，使中国军民深受其害。
衢州继1940年遭受日军细菌攻击之后，此次再次深受细菌之害。日军从衢州撤退时，再次散布细菌。这一次从陆上散布鼠疫菌、赤痢菌、伤寒菌、霍乱菌等，致使衢州一带再次流行传染病，鼠疫的蔓延尤其显著，衢州及其附近13村死者达2000人。
据这3年统计，在衢州，全家人死于鼠疫的有17家，死3口人的20家，死2口人的39家。在此以后，鼠疫流行不衰，疫区扩大至常山、游龙、江山的部分地区，连续发病达4年之久。
在此期间，衢州的防疫活动，不仅有地方、中央的防疫队、卫生处全力以赴，联合国救济总署、国际红十字会也给予了极大的帮助，到1948年总算控制了鼠疫在该地的蔓延。
在江山地区及其周围，日军把有毒之物放入食物之中，毒死了很多人。家住江山市的郑莲妹说：“1942年8月，日军撤退时在路旁放了一个装有很多月饼的竹篮子，而且装成一时疏忽忘了拿走的样子。村里人当时缺吃少穿，把月饼拿去吃了。我的叔叔也拿来两块，叔叔和我母亲分吃一块，把另一块分给弟弟和我。我觉得那月饼有怪味，没吃，可是三个吃月饼的人，当天夜里一个接一个都病倒了，他们说肚子疼，特别是不住地泻肚、呕吐，以至于脱水，第二天傍晚，母亲受尽病魔的折磨之后去世，叔叔和弟弟也相继死去。当时这个村子里吃月饼的有25人，其中死的有十多个。当时村里的人就说这是日军毒死的。”与郑莲妹一样，赖清泉说：“1942年8月中旬，日军从江山撤退的时候，指使中国人狗腿子在江山的街上给中国人分发饭团。那时我母亲正好上街，把饭团拿来，给三个孩子吃了。这三个孩子都是我的弟弟(双兰，9岁；双洋，7岁；方姜，4岁)，没过多久，他们都病倒了，他们不住地泻肚，呕吐，到头来都死了。那时我去给日军干活，没在家。母亲把饭团都给孩子们吃了，自己吃得很少，所以幸免一死，活下来了。”据了解，路陈村周围大约有10个村子，居住着80来户人家，其中死于有毒月饼的人竟达80人。
义乌县崇山村全村380多户人家，因被传染鼠疫而死的就有320多人，全家死光的就有30户左右。1991年，64岁的王勇良回忆说，1942年10月上旬，日军飞机由西而来，尾部撒下了白烟，落到村里。不久老鼠大量死亡。接着许多人发病，口吐白沫或咯血而死。最多一天死者超过20人。他的父母、四个弟弟和叔叔婶婶都死了。母亲临死前一个劲地嚷着要水喝，其状惨不忍睹。市防疫站退休医师王达，解放后曾对日军在崇山村进行细菌人体试验情况作过全面调查，得知，鼠疫在崇山村流行两个月，全村发病391人，死386人，有19户死绝，天天有死人，日日有哭声。日军还在崇山村进行了大规模的人体实验。他们打着免费治疗的幌子，把鼠疫患者诱骗到离村一公里的佛教寺院林山寺关押禁闭，并进行活体解剖。有的农民得知真相后拒绝到林山寺接受“免费治疗”，日军又进村到处抓人关到林山寺进行人体实验。18岁的吴小奶在众多患者面前，被日军捆在椅子上，用刀划开肚皮挖出心脏。村民对吴翠兰进行收尸时发现少了一条腿，她小弟的妻子被割去了一只手臂，王焕桂的妻子被割去子宫，还有的人被做过细菌人体实验后找不到尸体。在两个月间，崇山村被细菌武器和人体实验致死382人，邻近村庄因鼠疫感染而死亡的近千人。为了防止鼠疫蔓延危害日军自身安全，旧历十月十八日凌晨，100多名日军包围崇山村，烧毁民房405间，村民冲进村庄灭火，又被打死2名。全村176户村民无家可归。
在浙赣战役的大规模细菌战中，第731部队还派出一批细菌战骨干到南京的两座中国战俘营去，把注射有伤寒菌和副伤寒菌的大饼分给关在战俘营的3000人吃。石井命令各战俘营的负责人，把凡是吃过这种大饼的人全部释放出去，借以传播疫病，以达到大量杀害中国人的目的。
原第731部队第643支队卫生兵古都于1949年12月在伯力军事法庭供认：在这次行动中，第731部队除了用染菌的大饼分给战俘吃，借以传染伤寒外，有时还把染有病菌的食物扔在树下以及行人休息的地方，好像是遗失的。这也是一种用细菌杀人的方法。这次细菌战结果，在浙、赣地区引起猖獗的病疫。
第三章在中国各地的细菌战：第四节解放区 [本章字数：3090 最新更新时间：2009-07-10 16:06:52.0]
日军在正面战场实施细菌战的同时，对我解放区和敌后根据地也疯狂地实施了细菌战。
据《新华日报》1938年9月2日报道：由于华北铁路公路沿线的日军，经常受到我游击队的袭击，损失较大，行动自由受到了限制，因此对沿线居民恨之入骨，就在沿线重要村镇水井内大量施放霍乱、伤寒等病菌，所以华北疫病流行。据说在8月份华北铁路沿线已死亡四五万人，但日方反咬一口，到处宣传系我方所为。10月10日第18集团军驻武汉办事处在向国民政府行政院转报朱德、彭德怀关于日军在豫北地区滥施霍乱及疟疾病菌的报告中也说：豫北道路两侧受害颇为严重，群众中毒者很多，内黄、博爱等县受害最为严重，每村都有100多人死亡。
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