1945年3月，这个邪恶的计划最终被取消，日军总参谋长梅津美治郎解释取消的原因为："对美国的细菌战将把战争引向对人类的毁灭。"实际上，冠冕堂皇的理由背后，日军当时无法保证细菌武器在航渡中的安全，无法保证潜艇人员免于感染，这个计划根本不现实。作为代替的出击计划，日军参谋人员提出了华盛顿、纽约、巴拿马、旧金山等一系列目标。最终，目标被锁定为巴拿马运河上的加通船闸，如果能够击毁这座船闸，巴拿马运河上调节水位高低的加通湖水将被排空，这条运河将被切断，修复它需要几个月的时间。（日军当时担心德国投降后美军通过巴拿马运河把欧洲的部队和舰艇调来太平洋参战，因此有这样的作战计划，如果作战成功，美军的调动就必须绕过南美大陆走麦哲伦海峡，或者走印度洋，兜大圈子了--译者注）
到巴拿马的航程为17，000英里，每艘潜艇需要1，600吨柴油，第一支队的基地吴港没有这样多的库存，于是日军派遣伊401潜艇前往伪满洲国的大连港，来运回所需的油料。不幸的是伊401艇出师不利，还没有出濑户内海，就在姬路灯塔附近撞上了美国B－29轰炸机投下的水雷。还好伊400型潜艇结构坚固，伊401号虽然炸了个大窟窿但没有沉没，只是不得不回航修理，任务也只好交给了伊400号来完成（伊400型潜艇内部的耐压艇体是双体格局，如同苏联的台风潜艇，生存力很强）。4月12日，伊400号艇完成它的第一个任务--水下运油，顺利返回吴港。
6月上旬，四艘潜水航空母舰加足了油料和武备，完成了加装通气管的工程，还加上了伪装的烟囱，化装成商船悄悄出航。它们的航线一直向北，穿越对马海峡进入日本海，来到高冈市附近的七尾湾，开始进行模拟训练。训练经常被前来布雷的B－29轰炸机打断，而美国海军的潜艇也已经深入日本海，甚至曾经横穿训练海域，加上航空燃油的紧缺，后勤维护不足，整个训练在困难的情况下进行。不过最终训练还是完成了，最后的演习中，第一潜艇支队的四艘潜艇用舰载机同时发起攻击，成功的击毁了在富山湾的一个加通船闸的同尺寸模型。
巴拿马作战的准备已经完成，但是日军的战况此时急剧恶化，不等第一潜艇支队出击，盟军已经在太平洋上集结了3，000艘战舰，随时准备开始对日本本土登陆的"奥林匹亚战役"。面对这样一支无法抗衡的庞大舰队，日军大本营质疑攻击巴拿马运河是否还有意义。尽管有泉司令官强烈反对，大本营还是下令取消他苦心训练的巴拿马攻击计划，把攻击目标改为美军集结的锚地--乌利西环礁。日本军官告诉我当时大本营的长官这样训示有泉："我的和服带子都烧着了的时候，远处天边上就是漫山大火又哪里还顾得上呢？"
为了实施这个新的计划，7月4日伊－13号潜艇从本州北部的基地装载了两架中岛－彩云C6N2远程侦察机，取道津轻海峡进入太平洋，前往日军在太平洋上依然控制的特鲁克海军基地。伊－14号潜艇因为螺旋桨故障，7月14日完成修理工作后随后出航。23日，伊400和以401艇同时出发，为了避免被美军发现一网打尽，这四艘潜艇走不同的航线，三个星期以后到乌利西环礁东南的一个秘密集合点会合。
事实上这个"不把鸡蛋都装在一个篮子里"的路线安排很有预见性，伊13号艇在16日于本州以东失踪，据信它是被美国海军护卫舰泰勒号（DE－415）和护航航空母舰安齐奥号（CVE－57）发现后击沉的。
航海记录上记载航程中伊401曾经遭到一次暴风雨的袭击，伊400号曾经发生一次电源故障引发的火灾，但是它们的航程还算顺利。8月4日，伊13号运送的两架彩云侦察机安全到达特鲁克。它们的2，300英里航程将可以使它们飞到乌利西环礁进行先期侦察。伊400和伊401艇的攻击计划在8月17日。同时，日军在东京的第六舰队司令部派遣其他潜艇前往乌利西环礁周围，准备用自杀鱼雷回天袭击那些逃出的美军舰艇。
由于美军在太平洋上实施跨岛登陆，被跳过的特鲁克虽然还在日军手中，却成了美军轰炸机训练的活靶子，特别是美国空军B－29机群，把这里当作了训练初级飞行员的靶场。结果就是在这些从关岛杀来的巨鸟把特鲁克炸得像采石场一样，特鲁克机场上能飞的日本飞机成了稀有动物。不过日本人还是顽强地修复了若干飞机，并不时出来骚扰一下。说一下我自己的经历，我当时在"海葵"号潜艇上担任值更军官。7月5号那天，我们艇在特鲁克岛附近担任飞行员救生任务，忽然一架飞机盘旋而来，当时所有的人都以为是自己人的，但我忽然看见那飞机翅膀下有两个"肉丸子"--日本飞机的太阳徽？！--敌机已经开始俯冲而下。我们的观察员还在优哉游哉呢，根本没有发出警报！于是我只好自己大喊了："注意，深水炸弹！注意，深水炸弹！"所有的人都乱作一团。但这架日本飞机根本没有投弹，大概没带炸弹吧，就匆匆而去了。不是所有的人都看到了"肉丸子"，于是我进入下舱以后成了大家取笑的对象，包括艇长先生，他正在吃早点，从豆子和咸肉之间抬起头来，干巴巴地对我说："别担心，汤姆，这儿一百英里以内没有日本佬……"
似乎是很突然的，8月15日，日本天皇裕仁在皇宫发表了广播讲话，宣布战争结束了。这个消息对这几艘日本潜艇的乘员来说如同晴天霹雳，他们做梦也没想到自己的战争生涯，在到达出击阵位的同时走到了尽头。经过和他的军官们的激烈讨论，几近崩溃的指挥官有泉最后决定接受东京的命令，停火投降。他下令军舰挂上黑旗，从水面返回母港，并销毁一切文件，投弃飞机和鱼雷等作战武器。
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