对于第二个问题，马歇尔的回答也是肯定的。他论证说：“每一个人受到侵害时都有权要求法律的保护，政府的一个首要责任就是提供这种保护。合众国政府被宣称为法治政府，而非人治政府。如果它的法律对于侵犯所赋予的法律权利不提供救济，它当然就不值得这个高尚的称号。”马歇尔甚至上纲上线说：“如果要除去我们国家法律制度的这个耻辱，就必须从本案的特殊性上做起”。
那么，按照这个思路和逻辑继续推论下去的话，在回答第三个问题时马歇尔似乎理所当然地就该宣布应由最高法院向国务卿麦迪逊下达强制执行令，让马伯里官复原职、走马上任。可是，马歇尔在此突然一转，他引证宪法第3条第2款说：“涉及大使、其他使节和领事以及以州为一方当事人的一切案件，最高法院具有原始管辖权（original jurisdiction）。对上述以外的所有其他案件，最高法院具有上诉管辖权。”
如果把马歇尔的上述引证换成一句通俗易懂、直截了当的大白话，那就是说，马伯里诉麦迪逊案的当事人既非外国使节，也不是州政府的代表，所以最高法院对这类小民告官府的案子没有初审权。马伯里告状告错地儿了。按照宪法规定的管辖权限，马伯里应当去联邦地方法院去控告麦迪逊。如果此案最终从地方法院逐级上诉到最高法院，那时最高法院才有权开庭审理。
可是，富商马伯里高薪聘请的律师、前任联邦总检察长查尔斯。李并非不懂诉讼程序的外行，他之所以一开始就把马伯里的起诉状直接递到了联邦最高法院，依据的是国会1789年9月通过的《1789年司法条例》第13款。
针对这个问题，马歇尔解释说：《1789年司法条例》第13款是与宪法相互冲突的，因为它在规定最高法院有权向政府官员发出执行令时，实际上是扩大了宪法明文规定的最高法院司法管辖权限。如果最高法院执行《1789年司法条例》第13款，那就等于公开承认国会可以任意扩大宪法明确授予最高法院的权力。
马歇尔认为，此案的关键性问题在于“是由宪法控制任何与其不符的立法，还是立法机构可以通过一项寻常法律来改变宪法。在这两种选择之间没有中间道路。宪法或者是至高无上、不能被普通方式改变的法律，或者它与普通法律处于同一水准，可以当立法机构高兴时被改变。如果是前者，那么与宪法相互冲突的立法法案就不是法律；如果是后者，那么成文宪法就成为人们的荒谬企图，被用来限制一种本质上不可限制的权力。”话说到此，宪法的神圣性已呼之欲出。
接着，马歇尔趁热打铁抛出了最后的杀手锏。他斩钉截铁地指出：“宪法构成国家的根本法和最高的法律”，“违反宪法的法律是无效的”，“断定什么是法律显然是司法部门的职权和责任”。如果法官不承担起维护宪法的责任，就违背了立法机构所规定的就职宣誓，“规定或从事这种宣誓也同样成为犯罪。”
据此，马歇尔正式宣布：《1789年司法条例》第13款因违宪而被取消。这是美国最高法院历史上第一次宣布联邦法律违宪。
四、制度创新 司法审查原则草创马伯里一看当个治安法官竟然这么费劲儿，连总统签了字、国务院盖了戳儿的委任状都成了白条，若要从基层法院一级一级地上诉到最高法院，还不知要等到猴年马月。灰心丧气之余，他只好撤回了起诉。此公后来当上了一家大银行的总裁，比当治安法官实惠多了。
从表面上看，联邦党人马伯里没当成法官，麦迪逊国务卿也没送出扣押的法官委任令，马歇尔似乎输了这个官司。但实际上，马歇尔是此案真正的大赢家。
首先，马歇尔通过此案向国家立法机构国会宣布：不仅宪法高于一切法律，而且判定法律本身是否符合宪法这个至关重要的权力也与立法部门无关。换句话说，立法机构不得随意立法，只有最高法院才是一切与法律有关问题的最终仲裁者。
其次，马歇尔通过此案向国家最高行政部门宣布：宪法的最终解释权属于司法部门。因此，司法部门有权判定行政当局的行为和行政命令是否违宪，有权对行政当局的违宪行为和命令予以制裁。这样，虽然宪法规定任何法律都应由国会和总统决定和通过，但最高法院拥有解释法律的最终权力，有权判定法律是否违宪。而最高法院的裁决一经做出即成为终审裁决和宪法惯例，政府各部门和各州必须遵守。所以，最高法院不仅拥有了司法审查权，而且在某种意义上拥有了“最终立法权”。美国学者梅森（Alpheus T. Mason）认为，与英国王权相比，美国最高法院不仅仅是权威的象征，而且手握实权，“它能使国会、总统、州长以及立法者俯首就范”。
马歇尔的高明之处在于，从表面上看他的做法天衣无缝，因为宣布《1789年司法条例》第13款因违宪而被取消的做法是对最高法院自身权限的限制，所以国会找不出任何借口与最高法院对抗，也没有任何理由弹劾最高法院大法官。另外，马歇尔虽然宣布司法部门有权判定行政当局的行为是否违宪，但他并没有向麦迪逊国务卿发出执行令，只是建议马伯里去下级法院控告麦迪逊。这样，行政当局同样找不出任何借口与最高法院过不去，也根本无法挑战马歇尔大法官的裁决。实际上，杰弗逊等民主共和党人已经有所准备，即便是最高法院下了执行令他们也不会执行。但道高一尺，魔高一丈，马歇尔来了一个明修栈道，暗度陈仓，在为马伯里正名争气的同时，避开了民主共和党人所设的陷阱，把判决转向法律与宪法孰重孰轻这一根本性问题。
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