坦尼问及梅里曼人在哪里，上校说除了刚才的声明外他没有得到其他指示，说完便昂头挺胸正步走出法庭。
坦尼做了半个世纪的法官，从未受过这样的蔑视。他立即发出另一份传票，指控凯德瓦尔德将军蔑视法庭，要其在“第二天12点来见我”。为了表明他的权威，坦尼这次是以最高法院首席大法官而不是巡回法院法官的的身份出面。
第二天法庭一开门，事先得知这一消息的当地群众便一拥而入，希望看到军方和法院的精彩的大比拼。令观众大失所望的是凯德瓦尔德将军没有露面。坦尼便问负责送信的联邦法院执法官（Marshall）是怎么回事？执法官满腹委屈地报告说，他来到军营门口，向哨兵表明身份，递上名片，但哨兵传令回来后没有任何答复，“我连门都没让进”。坦尼再次震怒。他告诉听众：“一个军官无权逮捕和拘留没有违法战争法则的人”，如果他这样做了，他必须服从法庭的权威。坦尼称，如果凯德瓦尔德不是一个将军，他可以命令执法官组织人去抓他，但凯德瓦尔德重兵在握，这一做法显然是不现实的。他宣布，他现在只能写一个意见书送交美国总统，请他履行其宪法责任――强制实行法庭程序。
在给总统的意见书中，坦尼明确表示：“一个军官以空洞无物的罪名逮捕了马里兰州的一位公民，且无证据”， 因此，逮捕梅里曼的行为是对公民自由“武断和非法的践踏”。不仅如此，军方还无视法庭发出的人身保护令状，并宣称其行动是总统的授权，“我对此当然万分惊讶，因为我曾认定几乎所有人都同意一项基本的宪法权利――人身保护权是不能被搁置的，除非国会通过法律。”接着，他毫不客气地指出，如果军方没有越权，那么，“是总统行使了一种宪法没有赋予的权力”。为了强调人身保护权的重要性，他引经据典，指出就连专制的英国国王也无权中止这一权利。如果军方以任何借口篡夺宪法赋予司法部门的权力，那么，“美国人民将不再生活在一个法治的社会中，他们的生命、自由和财产将可能由军人来任意处置。”最后，他提醒总统不要忘记自己就任总统时的誓词：“我一定竭尽全力维护、保护和捍卫美国宪法。”
对自己挑战战时总统权威的可能后果坦尼作好了思想准备，他告诉家人他可能会被军方逮捕。尽管军方并没有这样作，但坦尼“包庇”南方叛乱分子的作法已在社会上引来了一片杀声。攻击坦尼的情绪化舆论完全压倒了一些冷静的分析。这也难怪，因受1857年斯科特案的影响，联邦最高法院的声誉和权威可以说降到了历史最低点，最高法院已处于半瘫痪状态，坦尼首席大法官更受到北方公开的蔑视，威信扫地。
对坦尼的意见书林肯不屑一顾，理都不理，他只是在6月4日给国会的咨文中间接地指出：“如果除了一项法律外，其余的法律都变得无法执行，而且政府也四分五裂的时候，难道就不能违反这一法律吗？”林肯甚至表示，宪法并没有明确规定只有国会才有权暂停人身保护权的执行，同样，美国的建国之父也无意规定，在紧急状态下、当国会休会时总统不能为了保护公众安全而暂停人身保护权。林肯的态度固然与当时国家紧急状态有关，但同时也是因为他一向对坦尼有意见的结果。在他看来，正是这个坦尼在斯科特案件上的判决，最终使奴隶制问题一发不可收拾，酿成内战。
林肯请求国会支持他不得不采取的紧急措施，同意他暂停人身保护权。国会一片哗然，争论不休。经过几番激烈的辩论，1861年7月国会通过一项法律，授权总统可在战时暂停人身保护权，但有一项限制条件：军方可以逮捕和扣留危害国家安全的疑犯，但不得加以军法审判，并要将逮捕的平民名单和案情告知普通法庭。如果当地普通法庭的大陪审团拒绝起诉疑犯，疑犯便可要求地方法官命令军方将自己交给普通法庭听证并释放。
虽然林肯最终得到国会的支持，暂停了人身保护权，但是坦尼所坚持的平民疑犯必须由普通法庭审理的原则也获得国会的支持。可以说，双方的这番斗争互有胜负。但梅里曼的命运却没有立即改观，直到一年后，联邦政府宣布巴尔的摩不再是危险地区，军方才把他转交给普通法庭。但是，军方对平民的司法管辖问题并没有彻底解决。
二、争论再起 米利根逃脱死罪坦尼和好几位老法官都是来自南方，难免有亲南方之嫌，但面对内战过程中日益增多的违反公民自由的案例，他们或者熟视无睹，或者无能为力。1864年坦尼在郁闷中去世，出殡时华盛顿竟然没有政坛要人为之送行。
林肯任命他的财政部长索罗门。 蔡斯（Salmon Chase）为首席大法官。在此之前，已有一些老法官知趣退休，使林肯得以任命了四名北方的铁杆支持者担任大法官。
蔡斯是位长期反对奴隶制的坚强斗士，有“激进分子”之称，但他在米利根（Ex parte Milligan）一案上的立场却和他的前任非常接近。
米利根案发生在战争快要结束的时候。1864年10月，驻扎在美国西部印第安那州的联邦军队奉指挥官哈维将军（Acvin Hovey）之命逮捕了米利根等三位平民，控告他们勾结南部叛军，阴谋夺取联邦军队的军火库，攻占关押南方军人的战俘营。因为不相信地方法院陪审团的可靠性，军方干脆将他们交由军法处（Military Commission）审判，结果三下五除二就认定罪名成立，判处绞刑。
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