麦克维被控有两项罪名：未能有效规避敌人；没有及时下达弃舰命令。第一项罪责无法豁免，而第二项指控则被免予起诉。
审判后，尼米兹举行了记者招待会，介绍了“印第安纳波利斯”号的最后处理情况。他在会上明确表示了自己的观点：“我们不愿也无意否认我们的任何错误，但是我们主张宽大为怀，海军部长已同意从全面考虑免除对麦克维的处分，将其释放出狱，恢复职务。”
一位记者就麦克维上校在海军中的前途提问：“美国海军史上是否有曾经受过军事审判的军官，以后又提升为将军的？”
尼米兹指着自己说：“我就是一位。”接着他讲述了38年前把“德凯特”号驱逐舰开到岸上，曾接受军法审判，后来受到“警告”处分的经过。
面对海军自身存在的困境，尼米兹等人积极改建和设计新型舰艇，使之满足核时代的需要。他们把洛克希德公司制造的PZV反潜巡逻机加以改装，配置给航空母舰，使海军具有空中核打击力量。以谢尔曼为首的攻关小组受尼米兹之托，开始研制核动力潜艇。但由于核燃料短缺，技术人员缺乏等问题，这一计划一时遭到了反对和怀疑。尼米兹深知自己任职时间有限，于是，抓紧时间，力排众议，直接批准了设计方案，使这项工程置于压倒一切的优先地位。
在他任职的后期，他开始为全国性杂志撰写有关战争和海军命运的文章，为海军的发展摇旗呐喊。他在《海上力量》月刊发表《海军无用了吗？》一文，批驳了海军无用论的观点；他在《国家地理杂志》发表《海军是和平的保证》一文，呼吁人们注意和平时期发展强大海军力量的作用。此外，他还在《国家商业》上发表《海军：为和平进行投资》；在华盛顿的《新闻文摘》上发表《海军仍不可少》，立场鲜明地捍卫海军的荣誉和地位。
但海军得到的经费却并没有显著增加。人们认为他的讲话非常感人，但从长远的观点看，他的工作却是徒劳的。漂亮而且可以服役的舰只被拆毁，配备齐全的强大的舰队被整个送入港内封存，他提出的保卫国家海防的各项计划渐渐地被人淡忘。
尼米兹终于感到疲倦了，他的任期也行将届满。他感到伤感而激动，毕竟，他为海军付出了自己的所有才智，而现在却不得不心灰意冷地离去了。
离任前的一个月，这位顽强坚韧的上将在“航空政策委员会”上发出最后一次呼吁，声明海军应加强装备，并警告说，海军保卫国家的力量处于“危险的低劣状态”。
1947年11月13日，杜鲁门总统宣布任命路易斯·登菲尔德为新任海军作战部长。
尼米兹失望地离开了自己的岗位，但却有一种解脱之感。他已经圆满完成了所能完成的一切任务，他曾经指挥舰艇、培训军官、制定战略，曾经在大、小舰只上服役，在世界各大海洋上航行，参加过两次世界大战，同世界各国的普通水兵和高级将领打交道。他创造了巨大的成就，此刻，该是他休息的时候了。
他第一次以一个普通老人的身份回到思念他的家人中间。这个家庭中的第三代已经可以与他一起散步了。
62岁的尼米兹与家人一起驱车西行，重回加利福尼亚州定居。凯瑟琳写道：“这是一个值得纪念的日子。对我们来说，这是一个重大的转折。今晚虽然下雨而寒冷，但我们是愉快的。这是切斯特多年来第一次卸去身上的重担。南希、切斯特、我以及上了年纪的长耳狗弗雷科斯正在向南行，然后西去加利福尼亚，我们的心是年轻而愉快的。”
尼米兹的家，一直像海船一样随尼米兹东摇西荡，这回，终于该寻找一座固定的港湾了。他们真心诚意想要购买一座永久性的住宅。头几个月，尼米兹夫妇住在旧金山湾的一家旅馆，不久又搬到海湾对面伯克利的克莱蒙旅馆。这段时间里，他们一直为寻找一座称心如意的住宅而多方联系。
尼米兹对他的永久住宅的要求是，有3间浴室，可以远眺大海。次年5月，他们终于发现了一所合适的住宅。房子在伯克利，坐落在圣巴巴拉路，与一些漂亮的房子并立。住宅的起居室、客厅和餐厅都朝西对着旧金山湾的蓝色海水，从窗口可以清楚地看到金门大桥。
按规定五星上将永不退休，但尼米兹还是乐于变通一下。他脱下蓝海军服换上一条卡其布短裤和轻便运动鞋，很快成为“着了迷的园丁”、“爱讲故事的爷爷”以及这一住宅小区的社会公益活动家，把时间消磨在平民生活的琐事上。
然而，华盛顿并没有忘记这位功勋卓著的上将。1949年1月20日，杜鲁门以绝对优势取得了竞选胜利，宣誓就任第33任美国总统。尼米兹应邀出席就职大典。
新任海军部长约翰·苏利文派专机接尼米兹赴华盛顿。海军上将哈尔西和陆战队上将范德格里夫特亦被邀请。三位太平洋战区的军事领袖一起坐在台上观看了哈里·杜鲁门的就职仪式。
两个月后，海军作战部长登菲尔德上将发来一封急电，请他出任联合国有关克什米尔普选的督察员。
应该说，作为军人的尼米兹对和平事业有其很大的兴趣。在以巨大的代价击败日本发动的战争之后，他即发表坚定的声明：“我不赞成先发制人的战争。我相信只要存在任何成功的希望，就必须运用外交手段。和平是可以获得的，只要我有具有勇气、耐心和才智。”
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