政治上的这些变动，是有军事方面的迅速变化与之配合的。1944年12月27日，英国军队发动了一次大攻势，很快就把全国人民解放军逐出了城市的南半部。在暂时停留进行整顿之后，英国人继续推进，到了1945年1月4-5日晚上，全国人民解放军最高统帅部断定有必要撤退。解放军表明了它能够在此后的二十四小时内，指挥一次迅速而熟练的撤退行动，把雅典-比雷埃夫斯地区丢给了英国人。
在整个战争进行期间，斯科比同民族解放阵线、全国人民解放军的代表间的非正式谈判不时在举行，当军事形势在1月的第一个星期中发生了决定性的变化时，认真的停战谈判就开始了。结果达成了停战协议，从1月14-15日的午夜起生效。根据停战条件，全国人民解放军要撤出希腊中部的一大片地方、萨洛尼卡周围的一个地区和某些外围岛屿。此外，双方还同意交换战俘，全国人民解放军保证交回所有英国籍和希腊籍的战俘以交换同等数目的解放军战俘。
公开宣布的停战目的是要使民族解放阵线与全国人民解放军同希腊政府之间的和平谈判得以进行。因此，安排了一次和谈会议，这次会议产生了瓦尔基扎协定，这是在1945年2月12日签署的。总的来说，这个协定是政府以及大力支持政府的英国人的胜利。全国人民解放军同意缴械解散，而那些在中东地区组成的希腊陆军部队，当初在11月间的谈判中曾由解阵与解放军方面要求予以解散，现在却得以保留下来成为新的国家军队的骨干。作为交换条件，政府方面同意保证民权，取消戒严，对12月3日以后所犯的“政治”罪实行大赦，清洗文职公务人员和警察部队中的“通敌分子”。最后一条是关于选举问题的：
应在尽可能早的日期。无论如何必须在本年度内，在完全自由的情况下(并要尽一切努力做到名副其实的自由)，举行一次公民投票，以最后决定宪法政体问题(即君主政体的前途问题)，一切均须交由人民决定。在那之后，应尽快地继之以选举，选出制宪会议以起草国家新宪法。双方代表同意，应要求各大盟国派遣观察员以核实民意的真正表达。
全国人民解放军和英国人之间的雅典之战对希腊具有深远的意义。举一点来说：占领时期出现的那样一个民族解放阵线垮掉了。由于该阵线中共产党一方所采取的暴力行动，一般地说，使温和派和好心的人都与之疏远了。引起除极端分子以外所有人反感的，与其说是同英国人打仗的这一决定——虽然这一决定疏远了一些人——倒不如说是全国人民解放军本身在雅典和希腊其他各地的所作所为。全国人民解放军处决了几百个被认为是“通敌分子”的人——他们中许多是地位低下的，显然都是些无害的人；而且在处决之前只经过最草率的审讯，有时候还伴之以毒刑和各种残酷的暴行，使战后看到掘出的尸体的所有的人都大为震惊。在全国人民解放军占领下的雅典和比雷埃夫斯的一些地区，出现的不是自由的统治，而是某种类似革命的恐怖的东西。在各省中也发生类似的暴力和压迫，虽然没有那么普遍；因此，各地居民一摆脱全国人民解放军所能施加的压力，就表现出反感。
结果是，当全国人民解放军按照瓦尔基扎协定如期交出了大部分武器并解散之后，一个反革命浪潮就席卷整个希腊。自封的“民族主义”组织象雨后春笋般地在全国兴起，它们的许多追随者争相仿效全国人民解放军的所作所为，向以前压迫他们的人报仇。希腊政府指挥下的军事部队的性质更加剧了这一反动浪潮。在雅典战斗中，国民近卫军是从英军防区内的居民中招募来的；随着英国部队取得对城市其他地区的控制，就一个区一个区地续募新兵。虽然法律有关于征兵制的规定，事实上国民近卫军大多是志愿军；激励着他们的是一股激烈的反共精神。当雅典的这些近卫军开进各省，从全国人民解放军手里把控制权接管过来时，他们对瓦尔基扎协定里所写明的公民自由和大赦诺言等那一套根本不予尊重。结果是，在全国许多地方，“右派”恐怖代替了以前的“左派”恐怖。
对事态的这种发展，英国人和希腊首相普拉斯蒂拉斯都是不高兴的；但是他们所能做到的，都不过是对暴力报复精神的某些非常激烈的表现稍加限制而已，当时仅有的几个有组织的反对共产党、反对民族解放阵线的团体就是在这种暴力报复精神的激励下活动的。事实证明，不可能在共产主义革命者和反共的“民族主义者”之间找到一条中间道路。建立温和政府的心理基础和物质基础都不具备。虽然如此，还是取得了一些进展。中央政府在建立一支新的军事力量来支持它的权威的过程中得到了英国军事代表团的大力帮助。这个代表团既负责训练，又提供物资装备，在紧接着的六个月内，成功地用一支纪律较为严明、较能遵守法律的新希腊陆军部队来代替那些雅典的国民近卫军。另一个几乎是同样困难的任务是为各省物色民政官吏，而在这方面希腊政府就只能完全靠自己的力量了。纸张和铅笔这样的必需品都缺乏，使工作大受影响，只是过了一个时候才慢慢地得到改善；到1946年，正规的行政管理工作才在全国范围内初具规模。
同时，在雅典产生了新的困难。在任命军官的问题上，普拉斯蒂拉斯同英国军事代表团发生了争吵。英国人主张按专业资格来任命，这个原则在实际运用上对保皇派军官有利，因为共和派分子在1933年和1935年以后几乎已全部被清除出希腊军队。普拉斯蒂拉斯的主张则相反，他要委派他个人的朋友和政治同情者，这种政策是英国军事代表团能够有效地加以反对的。
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