军政司继续保留，大明军政军官越来越突显出其作用，在北伐战事，不仅使得全军士气高涨，一路上对迅速占领和稳定各地发挥了重要的作用，在漠北战事中，正是由于大明军政军官的作用，使得东北、漠南、西北等二十多万骑兵踊跃加入明军，投入到对北元的战事中。
因此，刘浩然在这次调整中进一步增强其职责，军政司主官为录事总长，由一位副都承旨同签枢密院事兼领。军政司负责大明陆海军的“政治思想工作”。确保大明陆海军上下一心，坚定不移地忠于皇帝陛下和大明。具体事务为委任军政军官到陆海军各部，指导各部队的“政治思想”、“文化宣传”，“军事保卫”和“纪律监督”等工作，除了各职能厅之外，此前直接由枢密院、陆军部、海军部管辖的军报-《胜利报》，《大明陆军邸报》，《大明海军邸报》均划给军政司管理，此外还有大明陆海军仪仗队，大明陆海军军乐团，以及此次调整提出新建的大明陆海军文工团也全部划给军政司管理。
同时，刘浩然在调整方案中提出将南京陆军军官学院、南京海军军官学院的军政科单独划出，成立南京军政学院，直接由军政司管理。
刘浩然还进一步确定，军政军官一直配置到队，录事正式成为军政军官的称呼，而参军只配置到团一级。
军训司改为军辎司，它负责平时武器装备等军用物资的采购、运输、保管及分配，负责战时的后勤保障和统一指挥。
军令司继续保留，它负责平时根据参军总署的建议，皇帝陛下的批准对陆海军各部进行调遣命令，一到战时，它自动协助参军总署，将参军总署的命令顺利地下达到各部队，并负责战时动员，下达预备役集结的命令，并根据参军总署、军政司的考稽对将级以下军官进行升迁和授衔。
此外，在这次调整中刘浩然对典军镇抚署进行了一次大调整，典军镇抚署被一分为二。镇抚署成为独立的军事司法机构，专门对武装人员、与军事有关联人员或者涉及军事案件依照大明军律进行审判，而典军营则独立出来成为监督和执行军法军纪的队伍，改由军政司直接管辖。
都镇抚署是最高级别的镇抚署，都镇抚使则是镇抚署的最高长官，由第三位副都承旨同签枢密院事兼领，但是镇抚署是个人负责制，也就是案子直接由各镇抚使独立负责，就算是官司打到都镇抚署，案子也由单独的副都镇抚使受理审判，都镇抚使无权干涉，他只负责整个镇抚署的管理，对军律修改的建议，以及当镇抚使、副镇抚使空缺时向枢密院和皇帝陛下提交推荐人选。
有了军事司法审判机构，还必须有司法检察机构，于是在这次调整中刘浩然又新设立了独立军事检察官，他们直接由都承旨签枢密院事直接任命和管理，负责对军中司法和执法的监督，负责担任军方公诉人，也负责对军政司军纪管理进行监督，与镇抚署组成了完全独立的军中司法体系。
军情司职责未变，依然保持原来的状态，不过它的主官有一项特权。就是可以向侍从司直接提交关系重大的军事情报。
枢密院进行了调整，陆军部和海军部也进行了大幅调整，陆军部和海军部现在只负责军中将士的招募入伍、军籍管理、退伍退役管理、陆海军医院和陆海军医大学管理以及与参军总署、军政司共同管理军官、士官学院，还有对所有涉及军用武器、物资生产工厂的管理。按照新的流程，所有的陆海军有关的兵工厂、弹药厂、造船厂等工厂均由陆军部和海军部管理，军辎司只是根据参军总署与各部队确定的要求数量向这些工厂下订单采购，而陆军部和海军部主要的责任是按照军辎司的要求监督各工厂按质按量的完成订单，及时交货，然后付款，因为军费掌握在陆海军部的手里。
按照刘浩然开始实行的财政预算案，陆海军每年也需要列出未来一年整个陆海军日常的费用。包括为部队装备枪械火炮、日常营地枪炮维护、日常将士军饷粮草、新舰建造计划、军舰日常维护等等，算出一笔总账之后，计部将钱款分别划到陆军部和海军部，而这两部再每一季划拨给军辎司，计部监督陆军部和海军部的军费使用，陆海军部则监督枢密院的军费使用。自从大明商业银行林立之后，按照刘浩然的指示，陆海军部为每一位已经入伍的将士和新入伍的将士在有皇家、官方、军方三方背景的富国银行开设私人账户，每月的军饷和津贴全部由陆海军部直接划拨到将士们的私人账户上去。
大明陆海军的军饷是根据军衔确定的，而津贴是根据军种和岗位确定，都是固定好的，陆海军部掌握着陆海军的军籍，你军令司如何调整军衔、岗位陆海军部不管，但是你必须通知我进行档案调整，然后军饷津贴按章执行。
不过战争时期不一样，一旦准备进行战事，参军总署和军辎司预计花费的钱粮列出来，由皇帝陛下批准，交给内阁，计部将钱划出来，直接拨给军辎司，然后向各工厂下订单，事后对各参战将士进行犒赏，不过这个费用你必须列出清单，战后交由陆海部审计，最后交给计部审计销账。
大明陆海军部还有一项重要职责，那就是整个大明的国防教育。除了每年一次的招兵和学员军官招考，大明陆海军部每年还会列出一笔预算，用于各省的民兵和预备役训练，以及对国民的国防教育。
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