后果清军入关，凡烧杀三十九年始定。当时全国各省都爆发了抗清斗争，因而清兵屠戮百姓甚众，而且具体数目已难以统计出，只能通过一些史料推算。明万历六年（1578年）全国有人口6069万，但因当时按照人丁收税，故民间隐匿了大量人口。因此许多专家认为明朝人口顶峰在一亿以上，著名历史地理学专家葛剑雄教授认为明末人口接近两亿。由于明末的瘟疫、大饥荒和农民起义导致了大批人死亡，因此清军入关时的人口应在8000万到一亿五千万之间。而清军入关战争后数十年的康熙五十年（1711年）全国人丁数仅2464万余，当时的总人口也应在6000万左右，所以估计清军入关导致至少5000万人民丧生，最多可能超过一亿。也就是说当时中国半数以上的人口死于战乱。
清初整个中国南北皆成废墟，直隶“一望极目，田地荒凉”[18]，河南“满目榛荒，人丁稀少”[19]，四川更是“榛榛莽莽，如天地初辟”[20]。顺治二年（1645年），御史刘明瑛称：“比年以来，烽烟不靖，赤地千里，由畿南以及山东，比比皆然”[21]顺治八年和硕端重亲王博洛形容山西：“田地榛芜，生齿雕耗，……其侥幸如故者十不一二”。湖北“横亩皆焦，……村尽逃亡之屋”[22]。顺治八年（1651年），江西省巡抚夏一鹗称：“膏腴上亩，土结水枯，极目秋原，草深数尺[23]”[22]。
由于满清的血腥屠杀影响从政治上来说：清军入关标志着中国历史上最后一个封建王朝——清王朝的开始。清军入关后，清政府曾提出“满汉一家，一体眷顾”的口号，因此大量录用汉族人为官。京官满汉平分，外官则是汉多于满。然而有实权的位置大都掌握在满洲贵族手中，汉人在统治阶级中处于从属地位。全体汉人还要出钱供养满洲人，所以清军入关后，在整个清代社会，满洲贵族和汉族人民是主奴关系。
入关后的清朝在接受了中原王朝（主要是明代）的政治体制之后，又变本加厉地加强皇权。雍正帝设立军机处标志着中国的君主专制达到顶峰。这使得明中后期已相对削弱的皇权再度膨胀，是中国专制主义中央集权继明初之后又一次大幅度强化，而且程度最深、历时最久，对后世的影响也最恶劣。
经济上：清军入关战争中，清军在中国各地进行了血腥的镇压，给中国人民造成极大痛苦，导致中国人口锐减，亦使中国的社会经济和生产力遭到极大破坏，严重摧残了明朝中后期以降方兴未艾的资本主义萌芽，中国的经济直到乾隆年间才基本恢复到明代万历时期的水平。
清军入关后，由于满洲还处在奴隶社会阶段。生产力和生产方式落后，因此满洲人在中国京畿地区大力推行圈地运动，颁布“逃人法”，大量汉族人沦为投充人和旗人包衣（即奴隶），中国社会甚至有倒退到奴隶社会的趋向。但是清军入关战争结束后清统治者下令停止圈地，并大力发展农业生产，因此中国的经济基础实质上并未变化，社会形态也依然是封建社会。然而这又严重阻碍了中国资本主义的发展，不能不说是一个倒退。
满清政府加剧了闭关锁国的海禁政策，并强制迁沿海居民，在海洋力量飞速发展的时期，与世界先进潮流背道而驰，郑和航海资料被禁毁，沿海造船技术大退步，火枪火炮技术退步停滞，炼钢炼铁技术落后于世界，官商横行，经济停滞，对晚清后期的民族灾难负有最大责任。
外交上：满清勾结荷兰人打击郑成功，勾结西班牙英国葡萄牙人打击张保仔，一直奉行内残外忍的外交政策，对外妥协，对内镇压，而且愈演愈烈，直到满清后期的：“量中华之物力，结与国之欢心。”成为历史上的著名丑闻
文化上：清军入关中，清朝政府暴力推行剃发易服等一系列的民族压迫政策，强迫汉族男子按照满洲习俗剃发，并且停止穿延续数千年的汉服。之后又为了维护他们的统治，大肆删毁中国古籍，“文苑中实在没有不被蹂躏的处所了”[24]，因而使中国文化蒙受巨大的灾难。
思想上：清军入关以后的清朝统治者，为了压制汉人的反抗情绪和进步思想，大兴文字狱，腰斩了明末以来光辉灿烂的思想启蒙潮流。
备注：1．郑天挺等编《明末农民起义史料》445页《清帝致西据明地诸帅书稿》2．《清史稿•范文程传》3．谢国桢《清初农民起义资料辑录》4．《明史•奸臣传•马士英》5．王秀楚《扬州十日记》，一说20—30万6．韩菼《江阴城守记》7．《怀陵流寇始终录》附《甲申剩事》8．王夫之《永历实录》卷14。“名王”指清定南王孔有德和敬谨王尼堪9．査继佐《东山国语》及《罪惟录•李定国传》10．王夫之《永历实录》卷一四《李来亨传》11．惊人的历史真相：顺治皇帝被郑成功炮毙于厦门．12．王家桢《研堂见闻杂记》13．《昆新两县续修合志》卷五一兵纪14．徐世溥《江变纪略》15．《广州市志--宗教志》16．王鸣雷《祭共冢文》17．计六奇《明季北略》卷1118．《皇清奏议》卷一，卫周元《痛陈民苦疏》19．《皇清奏议》卷四，李人龙《垦荒宜宽民力疏》20．民国《温江县志》民政，户口21．《清世祖实录》卷1422．《明清史料》丙编，户部题本23．《户部抄档－地丁题本》，顺治八年六月二十六日，江西巡抚夏一鹗题奏24．鲁迅《且介亭杂文•买〈小学大全〉记》这就是王余佑朱慈悲窦二东面对的大变顾，是王金面对的大变故，不同的是，身体强健的王余佑朱慈悲窦二东选择了面对，选择了对抗，选择了战斗，而单桥建桥人王金，虽然也是一个意志坚强的汉子，但是由于身体的原因，他不得不用死来抗争这罪恶的现实，王金的父母兄弟都是明朝官宦，按照顺治的旨意公告，也可以出来做官，可是出来做官的人，可曾面对死去的同胞，可曾面对自己的自尊和良心？王金死了，单桥永在，王余佑朱慈悲窦二东活着，勇武永存。虽然他们不一样的人生，不一样的道路，但是他们有一样的风骨，一样的精神，一样的赤子之心。
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