梅贻琦之所以首先创办原子能研究所，并非一时兴起，实则是长期考虑考察的结果。战后科学界已认识到原子能不仅可以制造骇人听闻的原子弹，把一个广岛、长崎瞬间从地球上抹掉，令数十万生灵登上鬼录，还可能转变为极其丰富的电能造福于人类。1953年，艾森豪威尔总统在联合国发表讲话，抛出了“原子能和平用途推广计划”，目的除了“尽快结束人们思想中对于原子的恐惧”，还可利用这种高效能源创造经济成果，造福人类。自此之后，一些发达国家争相开发利用这种能源。1954年和1956年，苏联与英国分别建起了核电站，原子能和平利用并为人类造福的成果开始显现。在这种科学发展趋势下，一直支持台湾的美国把捐赠原子炉和技术，作为原子能和平用途推广计划之一部分与台湾当局合作。从战争的创伤与灾难中复苏的台湾，急需发展电力以恢复经济，因而梅贻琦与当局协商，首先设立原子能研究所，以此为依托，逐渐扩大成由三五个所组成的研究院，在此基础上最后恢复清华大学建制。这一计划得到了台湾当局认可、批准，并对梅表示了殷切期望，特别允许其在台北阳明山官邸附近划拨校址。台湾岛内许多县、市领导人闻讯，认为这个倏忽间从天上掉来的金娃娃应该搂在自己怀中，不能让它溜到别人的地盘乱蹦狂跳。于是，各县、市长纷纷想方设法找梅贻琦游说，让这一计划在自己管理的一亩三分地落地生根。一时间，舆论纷纷，群情瞩目，搞得梅贻琦难以招架。
正在梅为研究所选址事宜大感苦恼，左右为难之时，蛰伏在一间屋子里眯着有点老花的眼睛密切关注梅贻琦动向的蒋介石，认为自己出面解围的时机已到，遂发出请柬，邀梅于某日参加自己定期举行的茶话会。梅按时赴约，原以为有很多官僚政客或学界名流参加，当到达蒋公官邸后，才发现只有自己一人。与蒋对坐喝茶闲谈中，梅顿悟对方如此安排，实出于对自己的特别礼遇，意在避免“召见”之意，并借此彰显蒋公对此事的重视、谨慎与对梅本人的尊重。交谈中，蒋介石告诉梅贻琦不要听那些巧舌如簧的县、市长鼓动拉拢，宜于亲自环岛看看，有自己的主见才是。梅贻琦颇以为然，蒋介石亲自指派原清华大学教授、台湾省政府秘书长浦薛凤陪同一起察看。
南渡北归：离别（第五章梅贻琦流亡海外之谜）最后的光芒（2）
梅氏一行沿台岛纵贯线奔波十天后，考虑到原子炉附近五百尺以内不能有住户或农工设施等因素，认为新竹县赤土畸较为适宜，此处地势开阔且大多是荒地，便于征地和建设，而离台北仅有70多公里路程，来往便利，便于海内外学人交流。经过反复勘察并与政学两界人士协商，最终确定该地为复校地址，并报请台湾当局批准。万事俱备，只欠东风—清华基金利息拨付到位。就在梅贻琦与台湾当局组织的“筹备委员会”人员拟定具体计划过程中，仍有政客出身的委员以破落户心态在会议上大放厥词，继续声言把清华基金本利全部调拨台湾，尽量一次性花光花净，以“洗雪国耻”。据参加讨论会的赵赓飏回忆说：这一谬论再度提出后，许多有识之士感到不快，“钱昌祚委员曾发言，大意谓近百年来外患频仍，国耻甚多，不只庚子一桩，但花尽基金本利，似与雪国耻无何关系云云”。[39]经此一击，对方自感无趣，只好闭上令人厌恶的嘴巴。又经过几次反复商讨，最后敲定，购地、建设经费由台湾当局财政拨给，建所与复校后的一切设备、仪器由清华基金利息支付。
1956年1月，在梅贻琦主持下，新竹清华第一批校舍动工兴建。这年秋，招收第一班原子科学研究生，暂借台湾大学上课。1957年，新竹首批校舍、办公楼、教授住宅、职员、学生宿舍完工并投入使用，秋季开始在新校开课，聘陈可忠（南按：清华1920级校友，梅去世后任代校长、校长）为教务长，招考第二届研究生，并兴建物理馆及加速器实验室。1960年，原子炉炉房、原子炉实验室、核子工程馆、同位素实验室相继完工。1961年4月，原子炉装置完成，临界试车顺利。1962年3月，物理馆扩建工程完成，化学研究所和应用物理研究所相继创立。如此快捷的建筑速度，被台湾学界称之为“魔术师般的神速”。[40]自1956年7月始，袁家骝、吴大猷、邓思黎、钱家骐、陈省身、孙观汉、傅瑞雪、马祖圣、徐贤修等海外华人学者，与一大批外籍学者如小谷正雄、李德曼、斋滕一夫、真田顺平、布来德等著名人士前往任教，兴建中的新竹清华大学呈一时之盛。
1958年7月，台湾国民党政府“行政院长”俞鸿钧被迫辞职，陈诚再度以“副总统”、国民党副总裁身份兼任“行政院”院长。向来与陈诚友善的梅贻琦被邀出任“教育部长”兼原子能委员会主任，梅坚辞不就，但经不住老友陈诚的一再劝说，最终入阁任职。据浦薛凤回忆说：“梅师卒勉尊政府之命，主持教部。当局深知梅师不愿舍离复校甫始之清华，故嘱仍任清华校长。就职之日，向部中同仁致辞，勉以多记着‘教育’两字，而少注意‘部’一字。意即实事求是，避免推宕拖延之官僚习气。”[41]次年，梅贻琦又兼任台湾“国家长期科学发展委员会”副主席，与主席胡适共同主持制定《国家长期发展科学计划纲领》。一连串的职衔和一摊子事务，梅贻琦来回奔波，简食少眠，终于积劳成疾，身体渐趋不支。1960年5月，梅贻琦因腰痛、发热与肺炎并发症，入住台大医院特二号病房疗治，自此开始了为期两年与病魔斗争的生活。
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