①人事室。
②军法处。
③后勤处。
④主计室。
⑤军事情报学校：由原“情报局干部训练班”扩大而成，校址在阳明山碧湖农场附近。
“军事情报局”的局长为中将衔，有两名副局长，分管政战及后勤支援。
除此之外，从1988 开始，各军种强化作战业务，所有情治系统（包括安全、情报、治安警政）均纳入政战范围，因而各机构原来的“督察室”相继改隶，“军事情报局”的督察室也改名为“政战部”，其人员由“国防部总政战部”统一调派，亦为少将衔。
在“国军”的军种分科里，有所谓“步”、“炮”、“装甲”、“政战”……
等兵科，但“军事情报”却没有专科，而是纳入“通讯”兵科，因此，“军事情报局”的人如果穿军服，佩戴的军科徽章均为“通讯”。专业的军事情报人员来源则有下列几类：
①“情报局”时代的各期“干部训练班”，招考高中毕业生，受训期间为一年半至两年半不等。
②“国防部特情室”时代的“基干班”。
③“情报局”时代以迄目前的“军事情报学校”，为大学毕业生所办的“文职班”、“军官班”、“特别班”等。
④“情报学校”成立后所办的各种班次，基本干部受训两年，有专科毕业学历。
军事情报工作，由于接近权力核心，加以传统深远，各种班次种类杂多，这个系统多年来一直有几个特色：
①内部斗争剧烈，历任局长几乎都是干到局长之后即仕途结束，主因即是被斗垮台。
②军事情报工作由于机密度甚高，因而父子相承、夫妻相随等情况特别明显，据称，“军事情报局”内的“父子档”、“夫妻档”、“兄弟档”为国民党一切机构之冠。
③“军事情报局”在台湾的“权力等级”上排名极高，因而蒋介石和蒋经国对这个机构都甚为重视，局长任命均由他们自行选择，除此之外，他们更是经常巡视这个单位。
与美情报合作极多
六、七十年代初期，是“情报局”的黄金时代，当时仍是冷战时代，“敌我对峙”严重，台湾军队突袭活动亦经常进行，这些活动并非正面的军事作战，而是试探对方防务并藉机从事情报支援的情报作战的一部分，因此，这些突袭，差不多都由情报局策划兼执行；除此之外，当时美国与中国关系尚未解冻，美国的“中情局”、“国家情报局”等军事情报机构也都需要以台湾作为军事情报搜集的重心，因而情报局与美国的情报合作极多，除了U —2 高空侦察机的合作之外，尚有广泛的情报合作、人员代训、情报交换等。台湾当局也曾意欲在大陆发展所谓的“敌后武力”。
根据原则自行布建
不过，由于中国本身的稳定，以及后来美国与中国关系的解冻，上述的许多工作都逐渐有了改变。据透露， 80 年代以来，“军事情报局”的工作，主要的内容已变为：
（1 ）由于两岸关系已趋向缓和，台湾军方已奉命不得挑起紧张，因而“军事情报局”几乎已不再派遣自己的专业人员进入大陆，以免这种被称为“基本同志”的自己人失风被捕，造成两岸关系重现紧张。
（2 ）由于“直遣”停止，对大陆的情报工作，主要是依赖电子作战，包括截听、破密等。近年来，“军事情报局”大力强化“电子作战处”，可以经由卫星、载波电话的截听等搜集到极广泛的军事情报。
（3 ）强化“海外基地”的建立。据了解，由“军事情报局”在差不多的国家都有这样的据点，这些据点不透过外交途径建立，也不请求地主国同意，纯粹是“军事情报局”根据“地下工作”的原则自行布建，因此，有时候失风，会被地主国发现而遣返或驱逐，香港即是个例子，“情报局”时代，它的地下组织曾多次被查获而驱逐。这些“海外基地，除了在当地搜集中共的军事情报资料外，另一重要工作即是吸收大陆人士作为（情报细胞）。”（4 ）对大陆的情报工作，目前以吸收大陆人为主，“海外基地”以及金马“情报局”工作站的人员，在吸收到了之后（金马主要以吸收大陆渔民为主），一般都就近施以两个星期左右的训练，训练重点不外军事情报的搜集方法以及未来联络的方式等。除了特别重要的情况外，双方未来的联络都以通信为主。“军事情报局”在某些地点也找到了一些“敌后志士”，设立了“情报电台”，但因电台发报极易被侦测，危险度太高，因此，这些电台设置了之后，一般都只联络一次，用以证实可以联络得上，然后即停止发报，开始潜伏，以备将来有特殊需要，他们才能拍发“预警情报”，发挥作用。
（5 ）据透露，自开放探亲后，常理上，“军事情报局”必然藉机大量派遣情报人员进入，或者利用探亲人士来发展情报组织，其实则否。一位“军事情报局”高级人士表示，一个未受过专业情报训练的人进入大陆工作，由于心理负担，行为必然怪异，很容易被大陆的反情报人员识破，因此，情报局极少利用探亲人士从事情报工作；同时，利用探亲人士从事情报工作，被捕获后，很容易造成政治后遗症（例如大陆停止对台胞开放等）。但这并不表示近年来“军事情报局”从未直接派人进去过，“情报局”直接派人大都是找一些绝对安全的人士（例如华侨等）。
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