抗战初期，国民党对抗战还比较积极，“军统”在这时期也诛杀了一批叛国投敌的汉奸卖国贼。如： 1938 年在沦陷后的上海，诛杀了伪“维新政府”的军政部长周凤岐、外交部长陈萧、伪上海市长傅筱庵；以后，又击毙了投敌的上海帮会头子张啸林，枪杀了正在进行通敌叛国活动的唐绍仪。但自1939 年以后，蒋介石集团消极抗战，积极反共。“军统”为了实行反共政策，不惜与日伪特务勾结，和汪伪的政治保卫局交换使用人员，各委要职，设立电台，互换情报。有的汉奸甚至还兼有“军统”特务身份，如大汉奸周佛海就是“军统”指挥下的“军事委员会上海行动总队”的“总指挥”。
张国焘1938 年3 月在武汉叛离共产党后，先和“中统”发生联系，到重庆后又转到“军统”的“特种政治问题研究所”任所长。
抗战中叶是军统局的黄金时代。当时，它所掌握的基本特务约有10 万人，外围人员20 万人，直属机构有：各地军事机关的第二处、警备司令部的稽查处、财政部缉私处、财政部货运管理局、水陆交通统一检查处、邮电检查处、航空检查所和别动军等。协助机构有：各地宪兵团和各地警察局。
“中统”能与“军统”分庭鼎立，获得蒋介石的亲睐的另一特务组织，就要属“中统”了。
国民党蒋介石统治集团为了维护和巩固它的反动统治，从CC 系的“党方”和黄埔系的“军方”，分别组成””中统”和“军统”两个不同系统的特务组织。它们是蒋介石豢养的两支政治鹰犬，凶狠残暴，血债累累，一直把罪恶矛头对着中国共产党及其领导的革命运动。
“中统”是陈果夫、陈立夫兄弟秉承蒋介石的旨意，一手创办和经营起来的。它的全称是“中国国民党中央执行委员会调查统计局”，正式成立于1938 年8 月。追溯它的前身，却起源很早。蒋介石自1927 年发动“四一二”政变后，为了进一步破坏共产党组织。屠杀共产党员和进步人士，同时为了把国民党完全控制在自己的手中，清除左派和防止其他反蒋派系，以陈果夫、陈立夫为中心组成了一个特务性的CC 集团。这个集团的基础就是国民党中央组织部党务调查科，科长是陈立夫。他对党务调查科大加扩充，并在各省市党部指定专人为“肃反委员”，设立“反省院”、“感化院”，专门关押和审讯“政治犯”，逐渐形成一个“党方”的特务系统。
“九一八”事变后，蒋介石推行“攘外必先安内”的反动政策，为了镇压革命运动和对付各派反蒋势力，命令陈果夫、陈立夫纠集一批CC 系亲信分子，组织“青天白日团”（简你“青白团”）和“中国国民党忠实同志会”（简称“同志会”）。这两个秘密组织的主要成员，都是“党务调查科”系统的骨干分子。
这时，陈立夫的表弟徐恩曾主持“党务调查科”。他适应蒋介石强化反动统治的需要，对该科的人事和经费大加扩充，设立机构，大批训练特务，在各省市党部设立“调查室”，派遣专人进入各地党政机关和文化教育机构，进行法西斯特务活动。1931 年4 月逮捕顾顺章（当时为中共中央特科负责人）并策动其叛变，以及1932 年10 月逮捕陈独秀，都是党务调查科干的。1935年底，党务调查科扩大为党务调查处，它的触角伸到全国各个方面，特务活动更加猖撅。
1937 年4 月，蒋介石为了进一步强化特务活动，将党务调查处与军委会特务处合并，组成“国民政府军事委员会调查统计局”，由当时任中央党部秘书长的陈立夫兼任局长，党务调查处改为第一处，军委会特务处改为第二处。但这两个处是“党方”和“军方”两支不同系统的特务，矛盾迭起，纠纷不止。1938 年8 月，蒋介石又将这个调查统计局改组，“党方”的第一处另行成立“中国国民党中央执行委员会调查统计局”，简称“中统”；“军方”的第二处扩大成为军事委员会调查统计局，简称“军统”。中统局局长由中央党部秘书长朱家骅兼任（陈立夫此时已调任教育部长），徐恩曾任副局长。“中统”迁到重庆后，竭力招兵买马，扩大机构，到1940 年底已有特务13000 多名。
“中统”始终以党政机关、文化团体和大中学校为活动重点。它采取“渗透和招抚”的策略来破坏共产党的地下组织。伪装“站在共产党立场，用共产党的观点，以共产党的思想观点来说话行事”，混入共产党组织进行阴谋活动。它大量招纳堕落的知识分子和叛徒充当它的爪牙。1937 年国共合作抗日后，“中统”被迫暂时收敛了一下反共活动，但不久即按照蒋介石的意志，恢复了它一贯与共产党为敌的狰狞面目。1939 年1 月国民党五届五中全会通过的《异党问题处理办法》和《限制异党活动办法》就是中统局起草的。
“中统”特务按照这两个“背向日本，面向边区”的绝密文件，把日本帝国主义和汉奸卖国贼作为次要敌人，把共产党和陕甘宁边区作为主要敌人，充当“溶共、防共、限共、反共”的急先锋。中统局在1941 年“皖南事变”前夕，按照蒋介石的布置，派出“专员”邓纫在浙江金华设立机构，并到上海与日本特务头子柴山、影佐、冈田、金山一一会晤洽商。当蒋介石调集7 个师袭击皖南新四军时，日本侵略军也加强了对长江的封锁。
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