盛世才在消灭张培元、马仲英等敌对势力之后，便着手恢复经济、改革行政，以巩固其独裁统治。他先从恢复农牧业抓起，使农牧业得到恢复和发展。他又着手整理财政，首先稳定公教人员的生活和情绪，其次是裁汰冗员，再次是财政改革，成立财政委员会，建立统一预决算制度。此外，盛世才还下令禁鸦片、赌博、贪污等不良风气，吸收少数民族头领参加政府工作，各地小学一律官费，政府还资送各民族青年到苏联等国留学，学习先进科学技术。盛世才的这些做法，迷惑了不少人，以为盛政府是个开明进步的政府。
然而，盛世才是个阴鸷且多疑的人，他靠“四·一二政变”之机被推举上台，之后，又逐一消灭异己，巩固了地位。由于他对别人常持怀疑态度，总觉得别人背地做出不利于自己事，因此，他时时在提防和惩处他认为的危险分子，制造了一个又一个所谓“阴谋暴动案”，杀戮了数万人的性命。
1936年，新疆省银行行长宫振翰及盛世才的老友赵铁鸣，因平时对盛世才的独裁统治多有议论，盛世才便在非议省政罪名，将宫逮捕，将赵软禁。
1937年秋，盛世才感到省政府副主席和加尼牙孜及省府委员蒙古汗王满楚克扎布等人有碍他的政权及所定政策的执行，便制造了一起“阴谋暴动案”，将和加尼牙孜、满楚克扎布等几百人逮捕，将他们的财产全部没收。
1939年至1940年，盛世才经过精心策划，又制造了一起称之为“汪精卫系统的阴谋暴动案”，将爱国民主人士，新疆学院院长杜重远逮捕，由此牵连达数千人。杜重远于1943年10月被盛世才派人毒死在狱中。被捕的一大批人，有的被毒打致死，有的被毒死、绞死，有的被枪杀，有的遭长期监禁，成为新疆历史上最大的冤案、惨案之一。
1942年3月，盛世才又炮制了一起所谓“空前的带国际性的错综复杂案”。盛世才四弟盛世骐，时为新疆机械化旅旅长，曾留学苏联，有才能且人缘关系较好，与盛世才有些政见不同。盛世才深恐其弟对自己构成威胁，于1942年3月19日派人将他暗杀，然后嫁祸于人，将财政厅长臧登峰、教育厅长李一欧、民政厅长周彬、和田警备司令潘柏南、行政长卢毓麟、喀什行政长陈方伯、新疆日报社社长王宝乾、焉耆行政长于德一、塔城行政长赵剑峰、哈密行政长刘西屏、编译委员会长孟一鸣、财政监察委员会委员长王齐勋、军官学校参谋长郭德祺、机械化旅参谋长彭焕书、团长赵景棠等逮捕，并于4、5月间全部杀害。接着，盛世才又利用盛世骐被暗杀案，栽赃为共产党所为，开始了反苏活动，并于9月17日将中共中央驻乌鲁木齐的八路军办事处负责人陈潭秋、毛泽民、林基路等逮捕，后于1943年9月杀害。其余被的捕的一百多名共产党人，及家属一直到盛世才离开新疆后才获得释放。
盛世才在新疆大力开展反共反苏活动，公开表示归顺蒋介石，深得蒋介石的赏识。1942年，他被蒋介石任命为第八战区副司令长官。1943年7月，他又被任命为国民党新疆省党部主任委员等。8月31日，宋美龄代表蒋介石飞抵新疆，对盛世才的归顺表示抚慰。为此，盛世才组织了新疆历史上空前的欢迎集会。不久，朱绍良奉蒋介石之命到新疆，与盛世才正式达成协议，成立国民党新疆省党部，国民党势力进入新疆。
盛世才一向以“新疆王”自居，唯我独尊，他把新疆政府和共产党、国民党合称为中国三大政治集团，又以国共两党以外的第三领袖自居，而且还把自己与斯大林、罗斯福、邱吉尔、蒋介石、毛泽东一起并称为世界反法西斯阵线六大领袖。他同意成立国民党新疆省党部，是想借国民党来进一步巩固自己的统治，没想到国民党势力迅速占据新疆，严重地动摇自己的统治，使他感到投靠国民党竟成了“引狼入室”，于是，他开始采取对策，准备把国民党势力逐出新疆。
1944年4月，他又以“阴谋暴动案”为名，开始逮捕国民党分子。6月间，又进行第二次逮捕。到了8月，盛世才开始大规模逮捕国民党人员，包括国民党省党部书记长黄如今等。蒋介石获得消息，即令第八战区司令长官朱绍良飞往新疆查明情况。盛世才诡称是共产党混到国民党内搞阴谋暴动。为寻找退路，盛世才企图再次投靠苏联，他致电斯大林，要求加入苏联共产党和将新疆划为苏联的一个加盟共和国。斯大林拒绝了他的要求，并把其电报转给了蒋介石。蒋介石决定把盛世才调离新疆，另任农林部长，由朱绍良代新疆省主席。盛世才知道抗命于己不利，只好表示接受。
8月30日，新疆报纸公布了盛世才调任的消息，乌鲁木齐全市立即沸腾，人民欢呼雀跃进。盛世才临走，仍不忘把在押的数万人员全部烧死，命令部下马英奇等执行，但后来马英奇未敢执行他的命令。9月11日，盛世才用三架飞机及汽车把他在新疆搜刮到的金银物运往重庆。9月18日，盛世才正式出任国民政府农林部长。但是，1945年7月，深受盛世才迫害的新疆人民发起了讨盛运动，向国民政府控告盛世才的罪行。迫于舆论压力，国民政府将他撤职查办，但后来也不了了之。抗战胜利后，盛世才一度任武汉行营高参等闲职。1949年飞往台湾。
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