但蒋介石并不是等闲之辈。他决不肯让一只猛虎睡于卧榻之侧。
当蒋介石逐渐怀疑戴笠有功高权重震主之威时，便逐渐有意识的采取措施加以抑制。他首先任命唐纵为军统局帮办，加以牵制。同时还借口抗战胜利，撤去戴笠的兼职，如缉私署长等职，防止他继续渗透。在军统与中统其它派系的斗争中也稍稍抑制一下军统，如枪毙活埋中统人员的戴笠亲信赵理君等。
戴笠从蒋介石对他的态度中，渐渐感觉到蒋介石对他有所戒备的猜忌，不由得产生“飞鸟尽、良弓藏；狡兔死，走狗烹”的感慨。从此时起，戴笠便开始“读史”，以求醒悟。每有余暇便让秘书、他的小学同学周念行为他阅读讲解仁十四史》、《资治通鉴》等历史典籍。周念行曾毕业于日本明治大学政治系，对中国史学有一定了解，周念行在讲史过程，每讲到历代暴君杀戮功臣，便会引起戴笠的叹息。尤其讲到武则天时代有名的酷吏。特务首脑周兴、来俊臣为武则天忠诚效力、杀戮异己，终因知道武氏太多的隐私而被武氏所杀的这一段历史时，戴笠更有毛骨惊然之感。以古鉴今，他更加惶恐和惧怕。他感叹到：“我将来不死在共产党手里，也早晚会死在委员长手里”。可见戴笠已明白看出蒋介石对他的猜忌。
当然，蒋介石现在还并不想除掉戴笠，他只是有所猜忌和戒备，只是先从抑制下手。戴笠也看透了蒋的心理，也开始防患于未然。对蒋介石更加忠心耿耿，极力与宋美龄、宋子文进一步密切关系；与胡宗南、顾祝同等实力派将领盟誓以为后盾，同时挟洋人以自重，向海军发展，免得被蒋介石借口只是个特务而被铲除。拉拢蒋介石周围各色人等包括唐纵的关系，使他们为自己说好话，继续巩固军统局内部，培养毛人凤，以为退路。戴笠也开始整肃内部，不给蒋介石以任何口实。
蒋介石因在抗战时期，有用戴笠之处，故一直没有大动作。
1945年10月10日，国共两党经过43天的谈判，正式签订《会谈纪要》（又称“双十协定”）。这个纪要的一个重要内容之一，就是规定国民党迅速结束所谓“训政”，召开政治协商会议，“保证人民享受一切民主国家人民在平时应享受的身体、信仰。言论、出版、集会、结社之自由，现行法令当依此原则，分别予以废止或修正”，尤其明确规定“取消特务机关，严禁司法和警察以外机关有拘捕、审讯和处罚人民之权”，并指出应“释放政治犯”。这些条款主要是共产党针对国民党特务机关军统、中统等提出来的。
作为蒋介石来说，他是靠特务起家的，何曾想到要“取消”？他决不会放弃特务统治这一宝贝。从内心来说，签订纪要只是虚伪应付，他还是从骨子里要打内战，消灭共产党。和谈只不过是缓兵之计。但是，他要做表面文章，不得不应付共产党和其它民主党派，同时他觉得正好赶上时机有了借口，就是可以抑制一下戴笠和他的军统，使其不能再继续膨胀发展。
蒋介石随即向戴笠秘密发出指示，要求他撤销军统局，化整为零，以减少中共及民主党派攻击的口实。
蒋介石的这个指示很高明：
一、撤销军统，使他有履行“双十协定”的信誉，应付了舆论。
二、抑制了戴笠，使军统再也不能构成对自己的潜在威协。
三、化整为零，并不是取消，等于加强，将来可以东山再起。
四、打着履行“双十协定”的旗号，戴笠无话可说。
五、将戴笠捏在手里，将来撤销军统局对戴笠用与不用，都在自己的手心之中。
蒋介石的这一步棋确实非常高明。
但戴笠看到蒋介石的命令，心情却极为恐慌。戴笠心里很清楚，他不可能抗拒蒋介石的命令，蒋介石终于要开始动手了。
戴笠也明白，如果真的化整为零，他就再也没有什么本钱了。戴笠考虑，先将军令部二厅、内政部警政司掌握起来，将军统控制的军事情报、稽查和国民党军队各级谍报参谋人员划归进二厅，将特工警察划归进警政司。另外加快成立交警总局，将军统掌握的忠义救国军、军统特务团、军委会别动军、交警总队。交通警备司令部所属各团及税警部队，加上接受投降的汪伪税警团和汉奸部队共7个多师，全部编成18个交警总队（相当于陆军加强团）和4个教导总队，全部美式装备，机械化程度也很高。戴笠极重视这些军统掌握的武装部队，认为是最重要的本钱。1946年3月1日，交警总局正式成立。另外，戴笠计划将军统局本部及外勤机关划拨到司法行政部之下成立调查室。
但是，尽管化整为零保住了大部分实力，但军统局一旦撤消，尽被分割，自己将无处可去。关健还是要夺得海军司令的职位，这只能依靠美国人。
于是戴笠以视察为名飞赴青岛，与美海军第七舰队司令柯克上将加紧联系，并达成他为戴笠活动的许诺。随后，戴又飞赴天津，受柯克要求，策划美海军陆战队于渤海湾登陆事宜。戴笠立即与美驻津司令、海军陆战第三师师长拉上关系，并设立机构居间联系。
这使得蒋介石有些犹豫，因为蒋极重视美国在华军事部队。蒋要打内战，一再请求美国部队登陆替国民党军抢占战略要道与铁路交通线。至1946年，美军在天津登陆就近五万人。蒋介石明白戴笠与美国人的关系的能量，所以还觉得戴笠尚有作用。
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