这其中，保密局很受蒋介石的重视。这与毛人凤与蒋经国私交很好有关。因此，对大陆的特工活动，主要依靠保密局去行动。
在保密局撤到台湾以后，毛人凤继续参预破坏“中共台湾省工委”的活动，逮捕了“国防部”中将参谋次长吴石等人并予以枪决，受到蒋氏父子的赞许。对新生的新中国，毛人凤也奉蒋氏父子之命，多次搞破坏活动。
1950年，保密局特务在香港炸毁“泽生”号商船。
1949年12月，又密谋炸毁毛泽东率中共代表团前往苏联为斯大林祝寿的专列，但因在北京的潜伏特务被我破获而未得逞。负责炸毁专列的“保密局东北技术纵队”也悉被逮捕。
保密局还密谋过“萤火虫”行动，主要行动是暗杀中共华东局和上海市委党政军领导人和社会名流陈毅、朱学范、荣毅仁、张承宗等人。在华南密谋暗杀叶剑英等广州市领导，但其杀手都被我捕获，无一成功。
1955年，保密局又密谋暗杀周恩来，炸毁“克什米尔公主号”专机，因周恩来临时改道幸免于难。
同年，保密局利用周恩来出席亚非国家首脑会议之机，训练警犬，妄图利用狗携带炸弹暗杀周恩来。因中国和印尼两国有关方面严加防范，终未得逞。这条狗熟悉周恩来的气味，保密局在毛人凤死后仍保留这条狗。
1955年3月1日，“国防部保密局”改为“国防部情报局”，专门负责对大陆的破坏活动。由于毛人凤向蒋氏父子建议，原中统对中共搞破坏的特工组织，包括原设港、澳和大陆从事特务活动的人和组织，全部移交给“国防部情报局”。
中统由“内政部”调查局改为“司法行政部”调查局，只专门从事台湾岛内“保安防谍”；“国防部保密局”的秘密保防组织也移交给“司法行政部”调查局。从此职责划清，蒋经国领导特工活动也加快了效率。
但蒋介石此时仍不放心，怕老特务们妨碍蒋经国对特工机构的领导，据说郑介民后来受蒋猜忌，因吃了蒋介石送的一块西瓜而一命呜呼。唐纵一直小心谨慎，后来又调任国民党中央党部代理书记长，一直相安无事。1955年，毛人凤患肝癌住院，宋美龄受蒋介石委托探望，后送美国治疗，医治无效回到台湾死去。毛人凤生前推荐张炎元接任情报局长，张炎元也是军统早期骨干，经蒋介石同意，继毛人凤为“国防部”情报局局长。
1960年，张炎元调任国民党中央委员会第二组主任，由叶‘翔之接任情报局长，叶翔之也是军统老人，在戴笠手下曾任行动部门负责人。叶翔之的一件大杰作就是暗杀江南，当时曾鼓动世界。
中统特工系统在大陆未解放以前，已不受用于蒋介石。蒋介石一直认为中统不得力，主要领导人不务正业。所以一怒之下撤去徐恩曾“本兼各职，永不录用”，继任者叶秀峰还不如徐恩曾。
蒋介石后曾与陈立夫发生矛盾，因选票问题导致蒋的大怒。
蒋介石到台湾后，为蒋经国出山，开始排挤元老派人物。对陈氏兄弟的态度也发生变化。而国民党内三青团派系（为蒋经国掌握）、陈诚派系和毛人凤军统局派等对陈立夫群起攻之。就连“C·C”系派内部，也对陈立夫表示不满。
1949年5月20日，国民党中央政治学校举行校庆，有人当着陈立夫的面指责：“由于C·C集团上层顽固腐败，把国事党务弄得一败涂地，臭名昭彰，遭到人民的唾弃”。弄得陈立夫下不了台。蒋介石赴台后，暗示失败由陈氏兄弟承担责任，陈立夫被迫赴美闲居。临行前，宋美龄送他一本《圣经》说：“你在政治上负这么大责任，现在一下子冷落下来，会感到很难适应。这里送你一本《圣经》，你带到美国念念，会在心灵上得到不少慰藉”。陈感到无限凄凉，望着墙上的蒋介石像回答说：“夫人，那活着的上帝都不信任我，我还想得到耶稣的信任吗！？”
1950年6月朝鲜战争爆发后，蒋介石于7月26日宣布改造国民党，成立“中央改造委员会”。原来的中执会、中监会被撤销，改以25人组成的中央评议会所替代。原来在国民党中常委和党务上握有大权的陈氏兄弟被彻底抛弃，评议委员、中央改造委员均无陈立夫。虽然有陈果夫，但陈果夫实已卧床不起，所以只是虚名而已。
蒋经国的三青团派系和陈诚的派系双面夹攻，也在彻底扫清C·C势力。蒋介石的意图很明显了：就是要赶陈立夫下台，为“太子”上台扫清阻力。
蒋经国对于陈立夫原领导的中统特工机构，也一再加以改造。大陆解放后，中统在香港、澳门、台湾和大陆都潜伏组织，尤其港、澳、台地区更为强大。蒋介石、蒋经国觉得应限制中统活动。中统在抗战结束后改为“内政部”调查局，后又改为“司法行政部”调查局。蒋介石以划清界限、提高效率为名，主张限制中统的权限。毛人凤也多次建议对中统实行削权。
蒋经国便采纳毛人风的建议，并按蒋介石的指示，命令中统原来所有反共业务、组织、人员一律移交军统的“国防部”情报局。而中统的“司法行政部”调查局负责台湾地区的“保安防谍”业务，专门对内。
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