于是，孔祥熙担任行政院长后，根据上述精神对所属机关进行了必要的改革。
其具体的做法是：将原来实业部改组为经济部，将军事委员会下属的第三、四部，以及资源委员会、工矿调整委员会、农产调整委员会，还有国民政府所属的建设委员会，全国经济委员会所属的水利部，一并纳人经济部；将原属于军事委员会管辖的贸易委员会隶属于财政部；将农业调整处、四省合作事业办事处并人农本局；设立交通部，并将铁道部及全国经济委员会下属的公路部一并纳人交通部。
改组后的国民政府由三大块组成。行政机械为行政院，孔祥熙任院长，下设财政部、经济部和交通部；监察执法机构为监察院，下设审计院；“立法”机构为立法院，下设财政委员会和经济委员会；同时将经济行政权集中于行政院。
这些改革虽不大彻底，但在当时的条件下，确实克服了机构设置紊乱、政出多门的现象，对建立国民党的战时经济体制和酉南地区的经济发展，起到了积极作用。
不过，我们应看到，尽管当时从总体轮廓上看，政府机构部门精简了许多，实际上仍很臃肿。因为裁减不仅涉及个人利益，也涉及派系利益，谁都不愿将自己这一派的人裁减出去。所以形成了机构改革后的头小肚子大的情况。
如行政院下属的经济部，由原来的几个部门合并而成。为了尽可能地安排位置，该部的行政单位竟有十司七处三厅一署共计21个之多；此外还有专业单位九局七会四所二处，共22个。加上孔祥熙、宋子文等手下都有一批亲信，亲信手下又有亲信，层层裙带，又都视经济部为肥缺，想方设想安插进来。所以，虽然1938年进行改革后又做了一些调整，却始终未能摆脱冗员过多的情况。以致在1946年国民党六届二中全会在总结抗战工作时不得不承认：
“多年来，官僚主义早已构成最大弊害，以敷衍塞责、假公济私为尤甚。人事与政策不配合，机构庞大繁多与法令纷歧抵触，以致责权不清，减低效能，亟待调整，分别有废。”
除了行政、经济体制改革外，当年孔祥熙还直接领导了金融体制的改革，以便适应全国抗战的需要。
还是在1937年“八·一三”上海会战时，上海、南京的一些资本家听到炮声，生怕中国守军不敌日军且上海会立刻沦陷，所以即刻到银行提款，以致形成后来的挤兑风潮。那时孔祥熙还在国外访问，听到消息后立即发电报回国，在国外遥控指挥“战斗”。
当时孔祥熙急令以国民政府名义宣布上海、南京各银行先停业两天。
然后就在这停业的两天里，孔祥熙命人起草出台了《安定金融办法》。当年8月15日，该《办法》经政府批准正式出台。其中规定，因抗战爆发，每户每周只能提取存款的5％，且提款量最多不能超过法币150元。
与此同时，中央、中国、交通和农民四大银行于8月17日组成“四行联合办事处”，统一协调处理外汇储备、现金流量及突发的事件。
同年11月，国民政府迁往汉口。孔祥熙随即将“四行联合办事处”改为“四行联合办事总处”，授予其更高的权限，即作为“战时全国金融枢纽”，统一负责抗战中一切费用的预算和支出。这一举措对于当时稳定金融、阻止资金外流起到了积极作用。
1939年9月，已经迁至重庆的国民党政府公布了《战时健全中央金融机构办法纲要》，并改组了“四联总处”。改组后，蒋介石亲任“四联总处”理事会主席，孔祥熙任副主席。
从此以后，“四联总处”实际上成为蒋介石手下的有关经济。金融的办事决策机构，其工作范围和职权都大大加强，成为蒋介石、孔祥熙决定战时财经问题和其他经济问题的大本营。
当时，孔祥熙不仅控制了金融财经业，还插手其他行业。如在对农业、矿业、商业管理等方面，他均有干预或参与。
抗战爆发不久，孔祥熙就参与制订了《非常时期农矿工商管理条例》。其后不久当他担任行政院长后，又对该《条例》进行修改。以经他修改的《非常时期农矿工商管理条例》为例，修改后的条例规定，对燃料、金属及其制品、水泥、酒精、橡胶、电器、粮食和药品等重要的战略物质，军事委员会有权对其生产、销售进行监督。必要时有权干预这些物品的生产和流通，以服从战争和全局的需要。这就标志着国民党政府开始对经济进行战时的全面统制。
外汇历来是金融市场的重要方面，孔祥熙当然不会放手。他参与制订了《购买外汇核请办法》，对外汇严格控制。从“七七”事变开始到“八·一三”事变止，国民党政府共售出外汇750万英镑。在此情况下，孔祥熙还让财政部宣布《非常时期安定金融办法》。为防止资金外流，还为银行订立了“君子协定”，要求各外商银行对投机与逃资购买外汇者，不予供给。但实际上，这些规定只限制了一些中小资本家和投机者，像与四大家族有密切联系的人却利用战时的特殊政策大发了一笔国难的横财。这又是后话了。
当时，为了保证战时经济体制正常运作，孔祥熙在积极参与行政机构、金融机构的改革时，针对军费支出急剧增加、国家财政人不敷出等严重局面，又抓了以下几项措施：
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