1944年，蒋介石准备召开国民党第六次全国代表大会，因陈果夫包办历次全国代表大会有经验，蒋介石叫朱家骅将国民党中央组织部部长职位让给陈果夫。不久，陈果夫因肺结核病重，不能再任组织部长，改由陈立夫担任，朱家骅任原由陈立夫担任的教育部长。于是，双方争斗再次激烈起来，陈立夫将朱家晔安置在组织部的人大批赶走，朱家骅则在教育部清洗二陈的爪牙。1945年5月，国民党第六次全国代表大会选举中央委员时，朱家骅便与中华复兴社分子联合向CC派争中委名额，双方针锋相对，寸步不让，吵得热火朝天，以至每次会议，蒋介石都被闹得头昏脑胀。有一次，蒋在中央党部纪念周上大发脾气。训斥说：“现在有些人，一天到黑互相吵闹，我看闹垮了，还闹什么！”
除组织和教育系统外，二陈与朱家骅争夺的第三个部门是中统。本来，国民党临时代表大会后，蒋介石之所以不让徐恩曾出任中统局长，不让戴笠出任军统局长，是嫌二人资历太低，所以才让朱家骅兼任中统局长，林蔚兼任军统局长，而以二人为副局长主持工作，负实际责任。林蔚出任军统局长后，很知趣，并不过问军统的事情，一切让戴笠全权处理；可朱家骅就不同了，他不满意空头局长这个名义，而名实相符，真抓实管。实际上，二陈和朱家骅的冲突，首先就发生在谁控制中统的问题上。
朱家骅本来是没有自己的班底的，出任中央秘书长以后，由于有组织部长张厉生在，也不好立即招兵买马。由于出任中统局长，所以他的建立自己基本班底的主意首先便打在了中统局上。中统局由朱家晔任局长，对中下层的中、小特务来说，是值得庆幸的事，一方面是朱家骅职高权重，兼任局长，显示了中统机构的重要；另一方面，中统局毕竟是一个叫得出口的机关，不像过去的名称“特工总部”那样不伦不类，中统特务们可以不再抱怨“我们就像小老婆养的一样”了。但对徐恩曾来说，就不怎么满意了，原来他毕竟是“特工总部”的一部之主，以“部”改“局”，他一下子多了个“婆婆”朱家骅，尽管朱原也是CC线上的人，但徐心怀恐惧，怕没事还要揽事的朱家骅真的行使起局长职权来。这时朱在蒋介石面前红得发紫，如果真的那样，徐恩曾只有让出实权乖乖服从的份。徐恩曾虽心怀疑惧，但二陈来说，由朱兼任中统局长也未尝不可。朱毕竟和二陈颇有渊源，而且在这时国民党内很受欢迎，二陈人缘不好，在好多地方有用得着朱这样的人物去缓冲一下摩擦冲突的需要，所以对他进入中统相当欢迎，没有完全把他当作仅有空名的局长看待。这样，朱家骅便以自己自愿，徐恩曾无奈，二陈支持的背景像模像样地当起了中统局长。
这时，正值国民党政府的大批机构由武汉迁往重庆，朱家骅到重庆后，徐恩曾还未到。这位“真正的”中统局长在重庆找不到中统局的行踪，便在重庆连电催徐，叫他立即率人赶往重庆。徐恩曾复电说，原特工总部的人部分还在武汉、衡阳，路途遥远，交通困难，短时间不能赶到重庆，中统机关不能马上成立。朱家骅便跳着脚大骂徐恩曾混蛋。并不管三七二十一，独自作主，将陆续到达重庆的干部进行了安排。朱家骅安排干部，有的是自己的亲信，有的是过去反对徐恩曾的人，有的中统的对手军统分子，不管背景如何，只要来投奔自己，一概安置。徐恩曾到重庆后，看到这种情况，非常恼火，却也无可奈何。接着发生了让徐恩曾更为恼火的事。原“特工总部”主任秘书孟九外调，淄前脚刚走，朱马上以“中央秘书处”的名义推荐他的亲信刘次萧接替。何培荣是朱家骅任浙江省民政厅长兼杭州警官学校校长时的学生，当时戴笠任该校政治特派员，何在校时就加入了戴的特务组织，朱家骅喜欢何，便让他出任了中统四川省调查室主任。此外，局内的处长，专员室级别较高的专员，由朱家骅任命的也超过一半以上。朱又控制着中统的经费，没有朱的批准，经费就拿不到手。对此，徐恩曾只能忍气吞声，朱的人做处长，徐的人就做副处长，处处让着朱。徐恩曾虽表面上忍得住，但徐原来手下的人却忍不住了，他们想出种种办法，给朱派来的人和朱难堪。
朱的人多是新来乍到，并不懂中统局的业务，所以有时遇上问题，就得向徐的人请教，但徐的人往往持不买帐的态度，有时反问对方：“你是领导，为什么问我们。”有的干脆消极怠工，躺倒不干。朱家骅为笼络人心，缓和与徐的手下的矛盾，于1940年春给全体人员发委任状，明确任职，在徐的支持下，徐的手下人串通一气，“不予接受”，弄得朱家骅十分难堪，最后还是拉上了徐恩曾，由徐多方面做工作，徐的手下人才勉强接受。以后，徐派人又多次对朱发难，朱徐的矛盾越来越深。
朱家骅要将二陈控制的中统据为已有引起了二陈的不满，他们开始想办法赶走朱家骅。1937年2月，国民党五届三中全会召开，陈果夫被推荐出任国民党中央组织部长，原中央秘书长由叶楚枪口任。没想到朱离开中央组织部长职后，赖着中统局长不辞，而叶楚伧和他的继任者吴铁城也不以为意，听之任之。这样，朱家骅仍旧兼任中统局长。由于在朱家骅和徐恩曾争夺中统控制权的斗争中，二陈偏袒徐恩曾，终于引发了朱家骅和二陈矛盾的公开化，他在出任组织部长后，全力和二陈作对。
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