人事科：主管全局人事，由局长室直接管辖。
专员室：由局长室直接指挥，担负设计和联络以及分派临时工作的责任。也有个别专员分配在其他部门。专员的职级弹性较大，有仅次于局长的职级，也有相当于组长或科长的职级，人数也没有一定，最多时曾有30多人。
第一组：主管情报、资料、档案、文犊及总务。“中统”的组等于国民党其他机关的处，所以第一组下面就有情报科。秘书科、资料室、档案室及总务科等等。译电室有一个时期也属于第一组，后来改为直属局长室。
第二组：主管党务。实际上以反共工作为重点，其他进步团体组织，也是这个组的工作对象。此外，有关反动帮会、宗教团体、盗匪扒窃集团以及对日伪的工作，也属于这个组。组下分第一、二、三、四等四个科。
第三组：主管训练、组织和对外工作（与其他机关关系和外事），初设四个科，后来把管经济的一个科扩大为经济调查处，就剩三个科。
经济调查处：是由第三组经济调查科扩大而成，专稿日伪经济调查和解放区经济调查工作。该处成立以后，另设处址于重庆观音岩市立医院附近，单独使用一所大楼房。
交通处：主管全国“中统”电台、电讯器材、通讯，沦陷区交通以及对解放区的特务秘密交通。
研究室：专搞反共反人民的阴谋策略，和对共产主义理论策略和史料进行所谓研究工作。
统计处：这个部门是抗战中期筹组了很久的一个单位，目的在于扩大挡案工作，和蒋介石侍从室第三处（由陈果夫主持）相呼应，将国民党党内党外（特别是与蒋介石对立的）的重点人物的有关资料，编成编目纪录卡片，随时供蒋介石查询了解。在方法上，完全抄袭美国联邦调查局的登记制度。但是，由于种种原因，只有一个空架子，特别是在徐恩曾失去了蒋介石的信任而垮台之后，这个处就名存实亡了。
实验区：即所谓“重庆实验区”。“实验”这两个字，用在这个特务机关的名字之下，其内容可以想见。当时，“中统”是要以局本部所在地的地方特务组织作为“实验”，弄出一套可以“示范”的东西来，向全国各省市调查室推广。这个直属于局本部的地方特务单位，地位相当于省调查室，基本上同省调查室的组织一样，但是人员比省调查室为多，并且更着重于“行动”工作。所谓“行动”工作，就是绑架、逮捕。拘押刑讯，纠合流氓捣乱等勾当。重庆地区的这些“行动”，都由“中统”局本部指使“实验区”。“实验区”在重庆市区。郊区、南岸、江北和重庆附近的几处大乡镇，都设有秘密机关。
除了省市调查室之外，还有一些由局本部这一条指挥线牵着的其他组织，如（一）交通部调查统计室（季源溥负现）：（二）财政部盐务调查工作组（顾建中负责）；（三）海外部工作组（先是陈宗周，后是谭永昌负责）；（四）司法训练工作组（洪兰友负责）；（五）内政部县长训练班工作组（李永懋负责）；（六）外交部公务员联谊会（张道行负责）；（七）中国文化服务社工作组（刘百闵负责）；（八）教育部工作组（温麟负责）。此外，随着“CC”势力的伸展，后来财政部统税署等机构，也有类似的组织。
“中统”组织庞大，人数众多，主要不是积于上层而是向基层扩展。除了军、警、宪这些军事部门基本上没有“中统”的“蚯蚓（他们自己用这个名词称呼打入各个部门的不露身份的特务）之外，在别的国民党机关范围里，由中央的院。部、会，至各省、市、县政府，都有他们的踪迹。以1941年“中统”人事科的统计数字为据，其人数如下：
局本部488人重庆实验区137人
各省市9655人各部单位2000人
民众团体300人外围骨干960人
上述人数共为13000多名。其中“各省市”数字，包括县级人员在内；“各部单位”数字，包括银行、金融财贸机关在内：“民众团体”数字，包括黄色工会、帮会道门等在内。
“中统”组织中的人事制度与人事管理情况，不同于国民党的一般党务机关，也不同于“军统”。它在“国民政府军事委员会调查统计局第一处”时期，全部人员是照军事机关编制的，徐恩曾是少将处长，以下是校、尉之类的职级。直到“军委会第六部第四组”时期，还有军事编制，到了重庆之后，有一段时间，即不是文机关，也不是武机关，因此既不按一般行政机关支薪，亦不按军事职级发，而发“生活费”。
后来，蒋介石以手令指定“中统”的编制完全照中央党部的编制，于是“中统”
的局长相当于“中央”党部各部的部长，以下有处长、科长、总干事、干事、助理干事、录事等等。每月的“生活费”就照这些职级发给。
因为“中统”的人多，相当于科长以上的老特务无法安置，故在“中央”党部的编制之外，“中统”自设了“调查员”的名义，他们所支的“生活费”有多有少，有些分配于各组、处、科的“调查员”所拿的“生活费”比科长还多。有些“调查员”是常年派在外面省市的，其职级也有相当于组长、处长的，如当时的广西调查室主任蒋静一、粤汉湘桂督导徐政等，都是老特务，但在局本部的名义还是“调查员”。“中统”的特务活动经费也很大，除正规编制开支之外，其超额数字，由国民党中央委员会“特别费”项下支付。
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