天理教起义发生在嘉庆十八年。天理教是白莲教一支。北京教首林清和河南滑县教首商定于嘉庆十八年九月十五日起事。由于河南滑县方面走漏消息，李文成被知县逮捕入狱，教众提前起义，占领县城，杀知县强克捷，救出李文成。起义得到河南、山东交界处的长垣、曹县、定陶等县人民群众的响应。九月嘉庆帝派陕甘总督那彦成、工部侍郎护军统领庆祥、陕西提督杨遇春、西安将军穆克登布、副都统富僧德、徐州总兵徐洪率领各路人马围攻滑县。十一月，李文成出走辉县司寨，为清军追逼而自缢。十二月县城被攻下，有的战死，有的被逮捕后处死。北京方面按时起义。教徒200人潜入城内，十五日由入教太监导引攻至清宫。皇子旻宁用鸟枪向起义军射击，镇国公奕灏调火器营阻挡，起义军失败，林清在黄村被捕牺牲。直隶、山东的天理教起义也遭到镇压。
嘉庆御笔“绥丰符念”贴落农民起义是威胁清朝统治的主要方面，动摇清朝统治的还有来自统治集团内部的问题：一是官员贪污，二是官员疲玩。针对这些现象，嘉庆帝坚决予以打击。除了在嘉庆四年逮捕和珅及其同党福长安并赐和珅自尽外，嘉庆陆续惩治了好些贪官：五年处死了向粮道、卫弁索取数万两银钱的漕运总督富纲，十一年四月十六日，革去勒索钱财的河东河道总督职务，十一年九月，查处了直隶司书（相当于会计）王丽南侵吞帑银31万两大案。获银万两以上的斩首，万两以下的遣戍黑龙江。十四年五月，巡漕御史英纶以贪污卑污处以绞刑，七月处死冒领救灾款的山阳县知县王伸汉。
对官员玩忽职守之风，嘉庆帝也努力扭转。嘉庆帝老师朱珪劝告他“身先节俭，崇奖清廉”。嘉庆帝听老师话，禁止地方向他呈送宝物。四年（1799）当得知有人从叶尔羌给他运送玉石，他马上谕示内阁将玉石抛弃，不要运到京城。50大寿，他禁止民间演戏庆贺；六十大寿，他又禁止给他送金珠玉器。十四年二月，嘉庆帝制崇简诗颁示廷臣。他学习先帝，勤于政事。每天一大早就起身批阅奏章，早饭后还召见大臣。对于拖拉延搁的现象严斥不贷。十三年四月，皇孙出世，内阁考虑到嘉庆帝正为此高兴，怕送奏章影响他，他知道后就对这种做法进行了斥责。对不负责任造成巨大损失的事件进行了查处。嘉庆《梅坨围猎图》王丽南串通24个州县官吏，私刻假印，重领冒支，大量鲸吞国家银钱，是一个典型事例。十四年五月通州粮仓吏胥舞弊，白米多有亏缺，二十五年兵部失印，他都下令追查，处置了犯罪人员。十五年正月嘉庆帝斥责部院衙门因循怠玩，二十三年十一月，嘉庆帝又下令查部院疲玩现象，十二月初九规定了部院行查时间逾限处分：嗣后逾限1120案，罚俸6个月；逾限2140案，罚俸2年；逾限4060案，降一级留任；……
嘉庆帝为纠正乾隆末年以来的腐败吏治做了大量的努力，但是由于吏治腐败已入膏肓，嘉庆帝的努力收效甚微，贪污现象仍层出不穷。原因有二：一是贪污已经形成气候，二是打击不力。例如，对于福长安，开始是论斩，后来又赦免了。对一些浪费巨额军饷的将帅，没有惩处，只是发一番感慨而已。惩治不彻底，贪官污吏就放肆。编修洪亮吉说：“国法之宽，及诸臣之不畏法，未有如今日之甚者。”官员疲玩依旧。嘉庆为其无能为力而感叹。在天理教起义军打入皇宫的事情发生后，嘉庆帝发布诏书，说：“朕绍承大统，不敢暇逸，不敢为虐民之事，……乃昨九月十五日大内突有非常之事，汉、唐、明之所未有朕实恧焉。然变起一朝，祸积有素。当今大患，惟在因循怠玩。虽经再三告诫，舌敝笔秃终不足以动诸臣之听，朕惟反躬自省耳。诸臣愿为忠良即尽心力匡朕之咎，正民之志，切勿依前尸位益增朕失。”
嘉庆帝对于外国侵略行为予以坚决回击。嘉庆十三年九月，英国以防御法国侵占澳门、保护英国贸易为口实，派兵船九艘入侵广东鸡颈洋面，占据澳门三巴寺等处，嘉庆帝命令两广总督吴熊光立即赶走兵船。十二月英国兵船撤离。
英国从雍正朝开始不断输入鸦片，毒害中国人民。嘉庆十五年二月，嘉庆帝饬督抚切断鸦片来源。十八年下令禁止私贩鸦片，禁止官民吸鸦片，违者处罚。这些禁令对抑制鸦片的泛滥起到了一定作用。
嘉庆帝如同康熙、乾隆等先帝一样重视治河，赈济灾民。尽管镇压白莲教起义用了两个亿的军费，帝师朱珪像他还是为南河工程拨了4000余万两的治河款。他亲政后除了他死的那年外，年年都蠲免灾区的钱粮。
十六年十二月，嘉庆帝颁布了《御制守成论》，说：“后世子孙，当谨循法则，诚求守成至理，以祖宗之心为心，以祖宗之政为政，率由旧章。”嘉庆帝谨守他父亲的闭关自守政策。嘉庆二十一年，英国以阿美士德为首的使团来华，因为没有向他三拜九跪就把人家撵走了，还写信给英王说，不懂礼仪就不要再派使团来，他不稀罕奇巧礼物。
嘉庆帝重农抑商，他多次申禁开矿。
嘉庆帝在位时期正是18世纪末，19世纪初。英国的工业革命已经进行几十年了，但嘉庆帝对此一无所知，继续严守先君之制，重农抑末，压制各地工矿业，闭关自守，清朝只能沿着衰微的道路继续走下去。
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