这年冬十月，雍正令川陕总督年羹尧为抚远大将军进驻西宁，以四川提督岳钟琪为奋威将军，参赞军务，平定叛乱。丹津以青海沙拉图为根据地，派兵攻打西宁附近小城、驿站。年羹尧分兵出永昌、布隆吉河，防其内乱，南守巴塘、里塘、黄胜关，堵住叛军入藏之路，又请富宁安等屯吐鲁番及噶斯泊，断其通准部之路，又派兵分攻镇南、申中等堡。罗卜藏丹津开始害怕起来，释放了常寿。他上表请和，雍正不答应。
第二年正月，岳钟琪进攻西宁东北的部隆寺，斩敌6千。年羹尧率兵2万进攻在柴达木负隅顽抗的罗卜藏丹津。二月岳钟琪夜袭哈达河，一夜进军160里，黎明突至，叛兵还没起身，罗卜藏丹津穿妇人衣逃跑。清兵紧追，日行3百里，几天后到达青海、西藏交界的桑骆海。俘获罗卜藏丹津的母亲、弟、妹和叛军头目，杀叛军8万。
四月，岳钟琪以2万兵进剿罗卜藏丹津余部，在庄浪卫的西山俘杀叛军5千，其余投降，罗卜藏丹津投奔准噶尔首领策妄阿拉布坦。岳钟琪班师回朝。
此后，青海归入清朝版图，西宁卫改为西宁府，青海地区的蒙古族分为29旗，各设扎萨克（意为一旗之长）治理。
两平金川
两平金川指乾隆十二年（1747）与三十六年（1771）先后派兵平定大小金川叛乱。
金川是指大渡河上游两条支流，一叫大金川，一名小金川，都因临河的山上有金矿而得名。这里崇山峻岭，气候恶劣，民俗尚武。
大金川头目莎罗奔因雍正元年随岳钟琪进藏平叛有功，授金川安抚司，势力逐渐加大，图谋地方霸权，攻掠临近土司。他想吞并小金川，首先通过婚姻关系，把侄女阿扣嫁给小金川土司泽旺。泽旺之弟良吉尔与阿扣私通。乾隆十年，良吉尔勾结莎罗奔，袭取小金川，诱执泽旺，夺走印信，阿扣改配良吉尔。乾隆十二年莎罗奔又进攻革布什咱与明正两土司，四川巡抚纪山派副将张兴、游击陈礼镇压，反为所败，十二月两将丧师身陨。这年六月乾隆帝派云贵总督张广泗为川陕总督，统兵3万，进攻莎罗奔的3千兵马。
金川番兵筑碉，层层设防。石碉用石头砌成，有20至50米高，四周有小孔，可以放枪。张广泗初战告捷，但后来为石碉所阻，寸步难行。第二年乾隆又命大学士讷亲为经略并起用岳钟琪为提督助战。讷亲刚愎自用，一开始就限3日拿下莎罗奔侄子据守的噶尔厓，结果总兵任举、参将买国良战死。无奈的讷亲将兵权交给张广泗。由于莎罗奔有间谍良尔吉、阿扣，军机尽泄，战不利。张广泗与讷亲又不相协，各持己见。十三年九月，张广泗、讷亲被召回京城，十二月诛张广泗，十四年正月杀讷亲。
金川战争已经两年，军费耗去近2000万两，而无寸尺之功。乾隆不死心，十三年九月乾隆派大学士、军机大臣傅恒以经略兼四川总督统兵35000再战。他到军营立即将良尔吉、阿扣与另一名间谍杀死。他与岳钟琪决定集中优势兵力分两路进攻。当时军机处亟需人，乾隆又不愿以巨大损失来换取一个小地方的成功，遂令傅恒于十四年四月回京。傅恒以金川旦夕可下，要求继续打下去，乾隆不同意。由于大金川经过两年战争，兵力削弱，莎罗奔也不想打。十四年正月二十八日，岳钟琪赴莎罗奔老巢勒乌围招降，莎罗奔投降。二月六日，傅恒班师回朝。
二十五年五月莎罗奔病故，其侄子郎卡于二十七年围攻丹坎。乾隆帝令四川总督阿尔泰率大金川附近9个土司兵力会剿。土司害怕大金川，不能协同进攻。乾隆《平定金川战图册·紫光阁赐宴》阿尔泰令土司兵撤退，并令大金川拆毁工事并归还掠去的丹坎人，答应给郎卡颁发印信。郎卡为拉拢小金川，要求允许将女儿嫁给泽旺儿子僧桑格，得到阿尔泰同意。联姻后，两金川势大，附近18家土司推两金川为雄长。不久，郎卡去世，其子索诺木继位，泽旺也让位于其子僧桑格。三十六年索诺木杀革布什扎土司，僧桑格进攻鄂克什与明正两土司，乾隆下令讨伐，总督阿尔泰驻兵打箭炉（今康定），但半年不进兵。阿尔泰被赐死，乾隆又令大学士温福统兵由汶川往西，桂林为川督，从打箭炉往南，夹击小金川。十二月攻下小金川巢穴，泽旺被擒，僧桑格逃往大金川。为剿灭大金川，乾隆令温福为定边将军，阿桂、丰伸额为副将军，增调陕甘、云南兵力分三路进攻。温福采取碉堡战术，以碉对碉，兵力不足。温福对于乾隆帝关于注意守护饷道、粮台的叮嘱不在意，对后路失于防范，小金川一个诈降的小头目七图甲噶尔思甲布向索诺木透露清军部署，让僧格桑切断温福粮草，温福战死于大金川的木果木。
乾隆帝大怒，三十八年八月，任阿桂为定西将军，丰伸额、明亮为副将军，进剿大小金川。增派两个健锐火器营，还有黑龙江、吉林、伊犁厄鲁特兵共5千。十月二十九日，阿桂以2万进攻鄂克什，明亮以2万进攻玛尔里，丰伸额以15000兵进攻绰斯甲布，十一月初三克复美诺官寨，小金川全境收复。
三十九年正月阿桂、明亮与丰伸额分三路进攻大金川。索诺木凭险构筑石碉，勒乌围官寨工事尤为险固。清兵逐碉逐卡争夺，冒死进攻。阿桂率西路过谷噶丫口，深入大金川百余里，明亮率南路自格藏桥一路破碉毁寨，十二日攻克马奈，丰伸额一路由卓棵采进攻凯立叶。七月初一，攻克达尔图要隘，西南两路声息相通。八月十五日，穷蹙的索诺木派头人献出被毒死的僧格桑，乞降。阿桂不答应，严诘头人：索诺木为什么不亲自来营盘？
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