元朝中央不设鸿胪寺，“凡朝会、即位、册后、建储、奉上尊号及外国朝觐之礼”，由礼部的侍仪司掌管；“接伴引见诸番蛮夷峒官之来朝贡者”，由礼部的会同馆掌管。元朝中央设总管政务的中书省，地方的最高行政机构是行中书省（简称行省）。全国分置十个行省。行省以下设路、府、州、县。元代对各少数民族实行诸制并举的管理体制。北方少数民族地区统归各行省管辖，在契丹、女真、党项、羌等少数民族聚居区，一般都设路、府、州、县统治，“皆赋役之，比于内地”。对西藏，中央“立总制院,而领以国师”(指藏传佛教大师八思巴)。总制院,“掌浮图氏之教，兼治吐蕃之事”(《元史·桑哥列传》)。至元十七年（1280），立都功德使司，“掌奏帝师所统僧人并吐蕃军民等事”（《元史·世祖纪》）。至元二十五年(1288)，援引唐制吐蕃来朝见于宣政殿的典故，总制院更名为宣政院。西藏为宣政院辖地，下设乌斯藏宣慰司、朵甘斯宣慰司等统属。元朝对黑龙江边远地区的水达达、女真人，在辽阳行省之下设合兰府、水达达路等,各仍其俗，随俗而治,以相统摄。四川行省设上罗计、下罗计等长官司和四十六囤蛮夷千户所等，以管辖“诸部蛮夷”。云南诸路行省设丽江路军民宣抚司、大理金齿等处宣慰司都元帅府、乌撒乌蒙宣慰司；湖广行省设管番民总管、海北海南道宣慰司、八番顺元蛮夷官、沿边溪洞宣慰使司等，设蛮夷官，分别治理当地少数民族。元朝中央还设有都护府，“掌领旧州城及畏吾儿之居汉地者，有词讼则听之”。至元十一年（1274），“初置畏吾儿断事官”。十七年，“改领北庭都护府”。
明朝恢复鸿胪寺，并设过九关通事、外夷通事等官，掌少数民族事务。还设有提督四夷馆，掌国内外各种民族文字的“译书之事”。从永乐五年(1407)起，设蒙古、女真、西番、西天、回回、百夷、高昌、缅甸八馆，置译字生、通事，翻译语言文字。正德年间(1506～1521)，增设八百馆；万历年间(1573～1619)，又增设暹罗馆。明朝在全国分置十三个布政使司，分领天下府州县及羁縻诸司。“又置十五都指挥使司以领卫所番汉诸军，其边境海疆则增置行都指挥使司”。在少数民族地区，行政区划主要有三种形式：①沿袭唐制，设羁縻之府十九、州四十七、县六。②推行土司制，全国有土官宣慰司十一，宣抚司十，安抚司二十二，招讨司一，长官司一百六十九，蛮夷长官司五。③在西藏设朵甘乌斯藏行都指挥使司，并广封当地佛教各派法王。
清朝设鸿胪寺，但只管朝会、宾飨赞相礼仪，不管民族事务。中央设管理民族事务的理藩院，其职位与六部等同。理藩院的机构和职责是逐步扩大的。清入关前，崇德元年(1636)便设蒙古衙门，专理蒙古事务。蒙古各部尽归服于清之后，崇德三年(1638)蒙古衙门改名为理藩院，以后其职权扩大为全面管理全国的民族事务。从咸丰五年(1855)起，理藩院与礼部协同，分管一部分外交事务。光绪三十二年(1906)，理藩院更名为理藩部。理藩院的主要机构有6个：①旗籍清吏司，掌考内扎萨克(即内蒙古)的二十四部四十九旗疆里，“畴封爵，辨谱系。凡官属、部众会盟，军旅邮传，并隶治之”；同时，还兼稽归化城土默特、黑龙江布特哈等游牧内属各部。②王会清吏司,“掌内扎萨克宾礼,典朝觐、贡献仪式。凡飨赉、馆饩,视等级以为差”。③典属清吏司,掌包括外蒙古、青海蒙古及新疆金山、天山之间各部在内的“外扎萨克”各部旗封爵、置邮驿、颁屯田、互市政令；同时兼稽游牧内属的察哈尔、额鲁特、乌梁海、哈萨克等部。④柔远清吏司,“掌治外扎萨克众部,凡□嘛、番僧禄廪、朝贡，并司其仪制”。⑤徕远清吏司，“掌回部扎萨克、伯克岁贡年班”，及四川土司之政令，并掌回城卡伦外各民族的职贡。⑥理刑清吏司，“掌蒙古、番、回刑狱诤讼”（《清史稿·职官二》）。理藩院的直属机构还有:“主章奏文移”的蒙古□译房;“主宾馆缮完□除”的内馆、外馆，为培养熟谙蒙文、藏文、托忒文人才的蒙古官学，唐古特学和托忒字，编拟理藩院则例的则例馆等。
清朝全国地方行政区域分为省、府(州、厅)、县三级，省设总督、巡抚以统辖。府设知府等官。同时，清朝还“自畿辅达各省，东则奉、吉、黑，西回、藏，北包内外蒙古，分列将军、都统及大臣镇抚之”。对少数民族地区的统治，除了西南各省相当一部分实行改土归流以外，其他少数民族地区大都采取了不同于内地府州县制的组织，主要有5种形式：①在内、外蒙古及青海、新疆、西藏等地派驻将军、都统、副都统或办事大臣等军政大员，分别统管当地少数民族事务。如在内蒙古设有察哈尔都统、副都统，热河都统,绥远城将军,归化城副都统等官。这些军政大员的职责是“掌镇守险要，绥和军民，均齐政刑，修举武备”。②在蒙古地区实行盟旗制度,分全国蒙古族为19盟、203旗，除察哈尔、归化土默特、准噶尔和呼伦贝尔等蒙旗之外，各旗都设扎萨克（旗长）,旗以上是盟,设盟长。旗扎萨克和盟长，都由中央王朝委派蒙古王公贵族担任。③在新疆维吾尔族地区,沿用当地的伯克制,各城设阿奇木伯克等官。阿奇木伯克为伯克中最高的职位,“掌综回务”;其次为伊克罕伯克,“掌赞理回务”；再次为噶杂拉齐伯克,“掌地亩粮赋”，以及商伯克、哈资伯克等。各城的伯克都听命于驻防大臣。④在西藏，由驻藏大臣统辖全西藏的政教事宜。以达赖□嘛掌全藏政令,驻拉萨;班禅□嘛掌后藏寺院与其教民，驻扎什伦布。达赖和班禅都“受成于驻藏大臣”。“藏地分卫、藏、喀木、阿里四部，各置噶布伦治其地,职任綦重。仔□以降,为佐理国事官。戴□以降，为各城典兵官。边营官以降，为各城治民官”。西藏的僧官，“有国师、禅师、扎萨克大□嘛、扎萨克□嘛、大□嘛、副□嘛，并堪布监督之”。自国师至□嘛，专司教事。⑤在西南各省和甘肃一些少数民族地区，沿袭明制，设置文武土官，由当地少数民族头人、贵族自理其政。土官有土知府、土知州、土知县；土指挥使、宣慰司宣慰使、安抚司安抚使、长官司长官等。土官有文职、武职之分,文职由吏部验封司“堪土官世职”,武职由兵部武选司典“土司政令”。各地土官由各省督抚、大臣分别管辖。
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