科差包括2户出丝和5户出丝两种，1236年始行。2户出丝1斤输于官，5户出丝1斤输于本位(即投下)。此外还有"随路丝线、颜色"之不定期的临时征税，主要用于军需或使臣往来。
商税征1/30，酒税征1/10。
对诸王和功臣给与封地(诸王封地，蒙古语为"忽必"，功臣封地蒙古语为"莎余儿合勒")。窝阔台汗的分封制始于1235年，当年受封的共有21人。1236年，窝阔台又命大断事官失吉忽图忽主持分封事宜，分拨给诸王、贵戚和功臣的民户达76万多户。被分封的户称为下或投下户，其他民户则统属于中央政府。投下户和中央政府管辖的户，分别立籍。
分得民户最多的是托雷，得真定路8万户。受封者各自分治，互不统属，形成大小独立王国，于中央集权统治极为不利。因此，窝阔台汗按耶律楚材的建议，命各投下在分地只设达鲁花赤，由朝廷置官吏统一征收赋税，投下取应得分额，非奉诏不得擅自征兵赋。而且限制他们除5户丝外，不得再向民户搜刮他物。这些措施，对保障国库收入和加强中央集权制，均起到了一定作用。
早在成吉思汗时代，中亚商人就来蒙古经商，蒙古统治者把掠夺来的金银交给回回商人，让其放高利贷或经商，从中取息。高利贷的利息额，每年为一倍，如当年不能偿还，连本带息再加一倍，称为"羊羔儿息"。到窝阔台汗统治末期，官民债台高筑，使朝廷不得不下诏"凡假贷岁久，惟子本相侔而止"，仅1240年替负债官、民代还的银两即达7.6万锭。回回商人奥都剌合蛮买扑中原课税2.2万锭，以4.4万锭为额，得到窝阔台汗允准，并任命奥都剌合蛮为提领诸路课税所主官。奥都剌合蛮凭借蒙古汗庭的政治势力，搜刮银两远远超过4.4万锭。
窝阔台汗于1231年在中原地区立中书省，以耶律楚材为中书令，镇海为右丞相，粘合重山为左丞相。耶律楚材主要掌管财赋和文书。地方行政设有路、府、州、县。1234年在中都(今北京)设置了燕京行台，中州断事官失吉忽图忽为行台的最高长官，任务是"主治汉民"，管理户口、赋税、刑法诸事。1241年，自西域调来牙老瓦赤，让其"主管汉民公事"，任断事官。任断事官者必须是蒙古人或西域人。
为防备中原各族人民的反抗，于1236年窝阔台汗命五部探马赤分镇中原：阔阔布花镇益都、济南；按察儿镇平阳、太原；孛罗镇真定；肖乃台镇大名；怯烈台镇东平。
窝阔台为了对中原实行有效的统治，非常重视录用金之旧官和儒士。如永清大地主史秉直的儿子史天泽、济南府刘柏林的儿子刘黑马等。窝阔台对儒学也极为重视，于1233年在燕京建孔庙，并规定儒学为国学。1236年，在燕京建立编修所，在平阳成立经籍所，编集经史，任命儒士梁陟为长，王万庆、赵著副之。1237年，命术虎乃、刘中试诸路儒士，中选者除本地录用者外，得4300人。
河中地区是察合台的封地，窝阔台汗命自己的亲信牙老瓦赤前去主持西域财赋，并负有监督职责。察合台曾自作主张把河中的一部分土地赐予他人后，牙老瓦赤将此事报告了窝阔台。于是，窝阔台发出一道圣旨，质问察合台，并命其做出答复，1241年，窝阔台汗又将牙老瓦赤调到中原，任命为断事官。
呼罗珊被征服后，窝阔台汗任命成帖木儿为该地长官，负有任免权，军事长官绰儿马罕不得干预其职权的行使。成帖木儿以花剌子模的沙剌法丁作为拔都的代表，命为宰相，别哈丁•马合谋•志费尼(《世界征服者史》之作者)为撒希卜-底万(财政部长)，各宗王派一名"书记官"(令使)为其他异密。至此，呼罗珊等地直接隶属于蒙古中央朝廷的管辖之下。
成帖木儿死后，窝阔台汗命克烈亦惕人诺撒耳为伊朗总督。据志费尼说，诺撒耳担任总督后"异密们、底万的书记们和大臣们就从成帖木儿的府邸迁往诺撒耳的营帐，在那里重新开始底万的工作"。
任宰相的沙剌法丁被拔都任命为书记官长后，统治伊朗地区的实际权力已落入拔都手里。窝阔台汗为了加强朝廷对伊朗的有效统治，不久就罢免了诺撒耳的总督职务，命畏吾儿人阔儿古思接替其职。
富有才学的阔儿古思忠实地执行了窝阔台的诏旨，使呼罗珊诸地的秩序恢复正常，其财产得到保护。随后，窝阔台又将阿姆河以西的诸州委付给阔儿古思统辖，授予任命的敕书和御牌。从此，阿姆河以西的伊朗地区受蒙古中央朝廷的直接管辖。阔儿古思对这一地区实行了有效的统治，抵制了妄图分治的势力。在阔儿古思的统治时期，除了伊朗地区以外，以也里为中心的阿富汗也归入了他的管辖范围；阔儿古思还派自己的儿子到阿尔兰、阿塞拜疆实行统治，使该地也置于中央政府直接管辖之下.
1235年，窝阔台在哈剌和林(今蒙古国后杭爱省额尔德尼召北)召集大会，决定征讨钦察、斡罗斯、波兰和匈牙利(马札尔)等里海以北未降服诸国。按照察合台的"长子出征人马众多，威势盛大"的提议，诸王、万户、千户、百户、那颜等的长子参加这次出征，故称"长子军出征"。参加出征的有术赤的儿子拔都、斡儿答•昔班和唐兀惕，察合台的儿子拜答儿、孙子布里，窝阔台的儿子贵由、合丹，托雷的儿子蒙哥、拔绰以及成吉思汗庶子阔列坚等。全军有15万人，拔都为统帅，速不台为副统帅。1236年秋，蒙古诸王及速别额台统帅的军队在布里阿耳境内与拔都会合。
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