假使伊丽莎白在天性上不是那样倾向于外交，则她应该能认清帕尔马的建议其实是一个诡计，战争是绝对不可避免的，因为腓力相信他自己是在替天行道。他认为这是十字军的行动，其目的是要把英格兰再收入天主教的怀抱。每一天，五万个教堂中都在做弥撒，腓力的海军船只，都是以宗教圣哲命名的；他们的乘员禁止发誓、争吵、赌博和与不正当妇女交游。船上都挂着帝国的旗帜，上面绣有基督和圣母的神像。
腓力对梅迪纳下达了下述命令：“当你接到我的命令之后，就应率领全部舰队出海，直向英吉利海峡进发，一直驶到马格特点（Margate）为止。然后再与帕尔马公爵取得联络，并保护他渡海。”他又警告他应该避免与英国舰队接触，并且说假使德雷克在海峡中出现，那么除了后卫行动以外，应该对他不予理会。他也给梅迪纳一个密封命令，那是留交给帕尔马的，告诉他假使这个远征失败了，他应该采取何种行动。
腓力交给梅迪纳指挥的舰队一共有船只130艘：20艘四桅大帆船，44艘武装商船，23艘圆形船，22艘差船，13艘轻快帆船（Pinnaces），4艘中型帆船和4艘长船（注：其中实际可用的战船数字在六七十艘之间）。这些船只的总吨位为57,868吨，火炮总计为2431门，驾驶的海员为8050人，所载陆军为18,973人。加上划船的奴隶和其他人员，共计60,493人。
全部舰队分为十个支队，其番号如次：
（一）葡萄牙支队，由梅迪纳?西多尼亚公爵指挥，10艘四桅船和2艘轻快船。
（二）卡斯提尔支队，由瓦尔德兹（Diego Fbores de Valdez）指挥，10艘四桅船，4艘武装商船和2艘轻快船（注：伐尔德兹本人与梅迪纳在一起，同乘他的旗舰“圣马丁”（San Martin）号）。
（三）安达鲁西亚（Andalusia）支队，由皮德罗（Pedrode Valdez）指挥，10艘武装商船，和1艘轻快船。
（四）比斯开支队，由李卡尔德（Juan Martinez de Recalde）指挥，10艘武装商船和4艘轻快船。
（五）古普兹可（Guipuzcoa）支队，由阿昆多（Miguel de Dquendo）指挥，10艘武装商船，2艘轻快船。
（六）意大利支队，由布尔吞多拉（Martin de Berteudora）指挥，10艘武船商船，2艘轻快船。
（七）圆船（Urcas）支队，由余安哥米兹（Juan Gomez de Medina）指挥，共23艘。
（八）差船（Pataches）支队，由安托尼阿（Antonio Hurtado de Mendoza）指挥，共22艘。
（九）中型帆船（Galleasses）支队，由雨果（Hugo de Moncada）指挥，共4艘。
（十）长船支队，由迭戈（Diego de Medrado）指挥，共4艘（注：这个支队根本没有出发）。
当西班牙人正在作种种准备时，伊丽莎白却仍在与帕尔马谈判，而德雷克则被拘禁在普利茅斯，不准出海。3月30日，因为感到不能再久候了，他写了一封措词极为强烈的信给女王的战争会议，据科贝特（Corbett）说，这是纳尔逊所建立的新英国海军思想的起源。
他这样写道：“假使陛下与诸位大人都相信西班牙国王确实是想要侵入英格兰的，那么毫无疑问，他在西班牙必定正在作巨大的准备，而帕尔马的侵入也必须是以这个舰队的行动为基础。假若有方法阻止其舰队的行动，则他们即无法以征服者的姿态由海上来临，而帕尔马也就被阻止在原地了。除了上帝的保佑之外，时间和地点的争取实为我们致胜的秘诀。假使我们能有五十艘船，开往敌人自己的海岸边作战，则比更多的船，在我们自己海岸边要大为有利。而我们出发得愈早，成功的机会也就愈大。”
4月13日，他又直接上书女王说：“在一切军事行动中，有利时间和地点的获得即等于胜利的一半，反之，若是丧失了，则不可能重获。”4月28日，他又上书说：“请恕我的直率陈词，因为我的良知逼我必须指出危机的严重性。假使和平终不可能，则在西班牙的巨大军事准备必须迅速地加以阻止。将你的兵力送往远方去对抗他们，对于陛下和臣民而言，都是比较而言最廉价和有利的。”
结果，霍华德奉命将他的舰队主力开往普利茅斯。除了派遣了一个支队，交给西莫尔勋爵（Lord Henry Seymour）指挥，以监视英吉利海峡外，他本人则于5月21日，从英国北海方面出发，两天之后与德雷克会合在一起。于是他就任最高统帅，而任命德雷克为他的副帅，并自任战争会议主席（注：在德雷克以下，英国的将领为托马斯?霍华德勋爵，希费德勋爵（Lord Sheffield），威廉爵士，约翰?霍金斯，马丁?弗罗比舍（Martin Frobioher）和汤姆斯?费勒尔（Thomas Fenner））。此后，霍华德致书伯利（Burghley）说：“我准备在此停留两天，好为舰队加水，此后，若是能获天佑，即将乘着第一次顺风的便利，驶往西班牙海岸。我的意图是停在英格兰与该国海岸之间，以监视西班牙兵力的到来。”
此时，不断有谣言和情报从西班牙和公海上传来。4月间有一个谣言传来，说西班牙舰队将要进犯苏格兰。5月15日，又谣传在里斯本已经集结好了三百艘船只，并且说他们都正在严加戒备，以防德雷克的袭击。5月28日，又获得了西班牙舰队已准备就绪，即将出发的情报。于是，霍华德于5月30日，领舰队出海，德雷克所一向主张的英勇计划似乎可以实现了。可是到了6月6日，由于受到逆风的压迫，英国舰队又退回了海峡。几天之后，他接到了华尔新汉传来的命令，又可以证明英国政府还在懦怯不前。女王又命令霍华德不要前往西班牙，而只是留在西班牙与英国之间的地区，作无目的的巡弋。6月15日，霍华德回报华尔新汉说：
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