这就引起了磨擦，起初是在使领馆内部。一九四四年，德国驻斯德哥尔摩大使抗议使馆内谍报局的人太多，理由是这将对他的工作带来危险。他说，战争组织的十名领导人走掉一半，也不会影响情报效果。其他地方使领馆的大使或领事，抱怨谍报局的人到来之前从不先向他们打招呼，他们始终不知道谍报局在当地到底有多少人，从未见过谍报局的报告，而这些他们都有权知道和看到。
享受外交豁免权的不利的一面逐渐变得明显了：战争组织的工作人员没有掩护，他们同特务不一样，只要东道国提出要求，就能被驱逐出境。随着战争转移到德国的领土上，随着同盟国对中立国施加的压力越来越大，驱逐出境的要求也就越来越多了。战争组织花了越来越多的时间同东道国外交部争辩交涉，结果总是不妙。到一九四四年十月，西班牙将同盟国捉交的一百四十九人名单上的八十二人驱逐出境。
最后，战争组织在中立国领土上进行活动的主要有利条件已多半丧失了，这个组织已经没有多大的存在价值了。
谍报局的机构不仅包括柏林总部，各谍报站和各战争组织，它还在作战地区建立机构，指挥前线特务进行活动，在作战地带及其所分管的地区收集情报。
谍报局是在德国进攻波兰时建立这样的作战地区谍报机构的。它发现这些机构在波兰以及法国和南斯拉夫都能有效地进行工作，不仅监督特务，而且缴获敌人文件，审问战俘ｏ，但是在俄国战役期间，谍报局一般只限于进行间谍活动。卡纳里斯命令向每个集团军群和集团军分配一个由二十五人组成的特务部队，它由两部分人组成，一部分是近程侦察部队，另一部分是远程侦察部队。在前线附近活动的近程侦察部队，侦察敌后三十英里以内的地区，送回战术情报。另外一些特务，主要是波兰人，俄罗斯人和乌克兰人，身着敌军服装，驾驶缴获的车辆，携带无线电，在敌后三十至两百英里的地区行驶，搜集作战情报。
为了指挥俄国战线上的全部谍报工作，卡纳里斯建立了谍报局东线主站，任命赫尔曼·鲍恩担任主站谍报处处长。鲍恩当过骑兵，又矮又瘦，抽烟一支接一支。他于一八九七年出生于敖德萨，既会说乌克兰语，也会说俄语，战争爆发时来到谍报局一处。经过几个月的准备，鲍恩在德军向华沙附近的苏莱奥韦克村发起进攻之前三天走马上任，他的工作岗位代号是“瓦利工”（谍报局东线主站一处）。（瓦利Ⅱ和瓦利Ⅲ分别处理谍报局二处和三处的工作。 ）“瓦利工”和德军一起前进，但是后来固定在林木茂盛的斯皮丁湖（今波兰斯尼阿尔德湖）畔一栋很不整齐的房子里，这栋房子原是一个假日供膳寄宿处，此地靠近元首在拉斯滕堡的大本营。“瓦利Ｉ”后来发展到五百人，其中包括俄国的志愿人员。
谍报局前线机构经过改组，已经演变成两级结构。每个集团军群有一个谍报指挥部，它主要指挥远程侦察特务，这些特务现在不是驱车进入，而是空降到敌部纵深地区，搜集集团军群情报官要求提供的情报，每个集团军有一个谍报队，指挥在前线附近进行活动的特务。它们的番号是一个三位数，头一位数是1 ，表示这个单位属于谍报局一处。（谍报局二处和三处单位的番号分别是以2 和3 打头的三位数。 ）
意大利（南部战区）和希腊（东南战区）后来成立了类似的组织。在法国（西部战区），由于盟军入侵威胁在即，卡纳里斯在一九四四年二月按照东线的做法，将固定谍报站和谍报分站改为流动谍报站。谍报局巴黎主站的名称后面加上“西线”二字，以便和“瓦利Ｉ”的正式名称谍报局东线主站相呼应，因此它被称为谍报局西线主站。在法国的谍报站，和前哨站改称谍报指挥部和谍报队。从巴黎谍报主站一直往下的谍报机构的活动，改由西线司令部、集团军群和集团军这几级的情报参谋指挥。它们的特务分为两部分，在德占区活动的特务仍然由在法国的谍报机构指挥；在中立国或敌国活动的特务转归汉堡、科隆、威斯巴登和斯图加特谍报站指挥。在法国的谍报机构现在集中物色、训练和派遣特务，这些特务将深入敌后，在盟军经过他们所在地的时候，用无线电发回情报。五月中旬左右，随着盟军入侵在即，情报官命令各谍报单位进入战斗岗位。比如，集团军群Ｂ的一三Ｏ谍报指挥部，就从巴黎进入西边的塞纳河畔芒特拉若利。
一九四四年六月，谍报局的大部分机构也并入德国保安总局。然而各战区的前线谍报组织仍然由军队领导。它们的行政领导是武装部队最高统帅部作战部情报参谋。最初它们属于作战部一处，后来由一个负责前线侦察和反谍报活动的比较富于幻想的军官领导—到了夏天， 盟军入侵开始，“Ａｂｗｅｈｒ—”这个含有防护意思的名称，改为中性的“Ｆ—ｒｏｎｔｔａｕｆｋＬａｒｕｎｇｓ—”（“前线侦察”）。于是在法国地图上总共有一个前线侦察主站，五个前线侦察指挥部和十三个前线侦察队。但是，到了一九四四年十二月一日，军队最后保存的这些谍报机构，同东线前线侦察部队一起并入德国保安总局，组成保安总局军事部六处。
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