然后方以智论述了自然科学和哲学的关系：“质测即藏通几者也，有意扫质测，而冒举通几，以显其*密之神者，其流遗物”，“通几护质测之穷”，“不可以质测废通几，不可以通几废质测。或质测，或通几，不相坏也”。
方以智通过自己深厚的自然科学修养和哲学修养，对当时的西方传教士传过来的知识进行了批判性的吸收，他说“远西学人，详于质测而拙于通几；然而志士推之，彼之质测，犹未备也”。
方以智通过对《崇祯历书》中第谷宇宙体系的分析得出结论“绝对静止的天是不存在的，所谓‘大造之主’不过是运转不已的自然之天体。传教士所谓的上帝不过是臆说。他用理论用逻辑批判了传教士的创世说，讽刺他们‘详于质测而不善言通几，往往意以语阂’”。
十七、军事上
徐光启在崇祯四年（1631年）上疏建议组建以全火器装备的现代化陆军：“臣今所拟，每一营所用双轮车一百二十辆，炮车一百二十辆，粮车六十辆，共三百辆。西洋大炮十六位，中炮八十位，鹰铳一百门，鸟铳一千二百门，战士两千人，队兵二千人。……行之为阵，止之为营。遇大敌，先以大小火器更迭击之；……敌在近，则我步兵以出击之；若铁骑来，直以炮击之，亦可以步兵击之。此则实选实练所致，非未教之民可猝得也。而不如是，又不足以破敌。……臣言三聚当用6万人。若悉皆招募，费必不资，亦未可遽得。……若先练一营之人，先办一营之器，两者齐备，既成营矣。一营既成，更办次营，6万人当为15营。若成就四五营，可聚可散，则不忧关内；成就十营，则不忧关外；十五营俱就，则不忧进取矣。倘止完一二营，仅可协助大城为守，未堪野战也。此臣所谓车战之制，应须选募同强，教练同习，营阵同法，器械同利者也。其见在之兵，则速召孙元化于登州，令统兵以来，可成一营矣”
这个计划得到了崇祯皇帝激切赞赏和大力支持。
遗憾的是几个月以后孙元化被卖国贼叛军孔有德俘，后放回，孙元化因为渎职罪而被处死。使得徐光启的练军计划落空，但他却已经指明了中国近现代军事的发展方向了。没有满清的中断，中国在军事上只会领先于同期的西方而不可能落后。
这里介绍一下孙元化，他是徐光启的学生，也是徐光启新军事思想的大力实践者，孙元化本身在科学上有相当造诣，著有《几何体论》《几何用法》《太西算要》。可以说没有登州事变，没有孔有德这个丧心病狂的卖国贼的叛变，他会训练出一支相当强大的火器部队来，彻底歼灭满清是没有问题的。
十八、海洋力量
郑芝龙在明朝官方的支持下发展成为拥有三千多艘海洋贸易船只，超级庞大的海上贸易集团。根据当时书籍记载，当时郑芝龙集团势力已经达到“凡海舶不得郑氏令旗，不能来往，每舶例入二千金，岁入以千万计，以此富敌国”
十九、机械工程学与物理学
明朝人王徵，万历二十二年中举人，天启二年中进士，根据台湾方豪先生著《中西交通史。王徵自制自行车、自转磨、虹吸、鹤饮、刻漏、水铳、连弩、代耕、轮壶，同乡人把他当作诸葛孔明复出。
王徵和金尼阁合作翻译《西儒耳目资》，是中国第一部罗马字注音专著。王徵和西方传教士邓玉函合作翻译编写创作《远西奇器图说》，是中国第一部系统引进西方机械工程学与物理学的著作。王徵在自序中说明了自己的取舍原则：“不甚关切民生日用……又非国家工作之所急需，则不录，特录其最切要者”。
二十、现代医学的萌芽
引用李申著《中国古代哲学和自然科学》：“不论对错利弊如何，明代医学家都力求在医学领域走一条古人没有走过的路。这种探索最积极的成果，就是李时珍《本草纲目》和吴有性的《瘟疫论》。李时珍的《本草纲目》实事求是，不迷信古人，其正确性超过了以往所有本草学著作。……吴有性的《瘟疫论》透露着中华新医学的曙光。
“吴有性认真考察了瘟疫的起因、症状，写出了他的《瘟疫论》
……
“现代医学的发展，主要得益于细菌病因说。虽然许多病因并非细菌，现代医学也有赖于生理学甚至生物、化学的成就，……
“吴有性的成就，主要就是冲破传统的病因说”
吴有性根据自己对瘟疫的观察，把致病的病因抽象出厉气的概念（就象现代医学起初得出病 毒的概念，抽象出病菌的概念，以及生物学最初得出基因的概念一样）他描绘出厉气致病的17个特点：
……
……
“吴有性的叙述，就是从今天的观点看来，也难有更多的挑剔。”
“在六气之后，致病的真正原因是杂气。所以一定要找到致病的杂气，并且要寻找新的治病方法。这一切都是新医学的曙光”
“然而曙光初露，吴有性即遭亡国之痛，他的事业已经无人继承下来”。
所有上面这些列举出来的方面都可以看出明代中国与近现代中国的接轨，但遗憾的是由于满清的统治，导致文明的发展被拦腰截断，中国的文明倒退停滞了三百年的时间！
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