感觉到被联邦政府出卖，吉姆·雷诺加入了克哈之子，并遇到莎拉·凯瑞甘。一名UNN的播报员迈克·利伯蒂随同这支叛乱队伍报导了当时玛·萨拉的混乱与悲惨状况，揭露了虚伪的联邦宣传。
一个名叫塔姆森·考利的联邦政客派遣”战地豪猪”(一个秘密的军事单位，专门负责完成联邦政府最肮脏的任务)刺杀阿克图尔斯·蒙斯克。但这一行动失败了。
“诺娃”——诺万珀·泰拉是联邦创始家族中塔桑尼斯旺族之一的女儿。她通过心灵感应察觉到她的父母和兄弟遭到杀害，因此而暴露了她的灵能天赋。在了解到她恐怖的力量以后，联邦政府将她捉住，打算对她的天赋加以充分利用。
阿克图尔斯·蒙斯克在联邦首都塔桑尼斯布置了一种毁灭性的的武器——灵能发射源。这种设备会不停地发射出被放大的灵能信号，吸引大量异虫前往其所在的行星。塔桑尼斯随之陷落。失去首都行星对于联邦是一个致命性的打击。
阿克图尔斯·蒙斯克背叛了莎拉·凯瑞甘，将她抛弃在异虫肆虐的塔桑尼斯。吉姆·雷诺此时已经和凯瑞甘成为密不可分的情侣。他一怒之下也脱离了克哈之子，组建了自己的反叛部队——著名的雷诺游骑兵，但雷诺很快就发现了凯瑞甘的真实命运：她并没有被异虫杀死，而是被异虫转变为一个极为强大的生物——刀锋女王。
迈克·利伯蒂在见证了蒙斯克的冷血无情之后，不愿成为新泰伦帝国的宣传工具，跟随雷诺离开了克哈之子。这以后，这名播报员通过各种渠道报导真实的新闻，揭露蒙斯克的强权独裁与各种阴谋。
阿克图尔斯·蒙斯克自封为泰伦帝国皇帝，一个新的独裁政府控制了科普卢星区的诸多人类行星。
帝国参议员科尔宾·弗尔斯发现，他年轻的儿子科林所具有的灵能天赋会吸引来大群恐怖的异虫——帝国将这种天赋视为一种强大的武器。
异虫的超级统治者——主宰发现了星灵的家园艾尔。异虫入侵了这颗行星。星灵的英雄，高阶圣堂武士塔萨达尔牺牲自己，摧毁了主宰，艾尔行星的大部分都已被摧毁。残存的艾尔星灵通过折跃门逃往黑暗圣堂武士的行星——萨古拉斯。这种折跃门被认为是由古老的文明种族萨尔纳加创造的，异虫和星灵的进化都受到过这一古老种族的影响。自黑暗圣堂武士从艾尔行星上遭到流放之后，两个星灵族群终于重新融为一体。
异虫追逐星灵难民，同样穿过了折跃门，从艾尔行星一直杀到萨古拉斯。吉姆·雷诺和他的部队这时已经成为塔萨达尔和黑暗圣堂武士泽拉图的盟友。为了关闭折跃门，他们留在了艾尔行星。与此同时，泽拉图和星灵执行官阿塔尼斯利用萨古拉斯的一座远古萨尔纳加神庙中埋藏的力量，净化了侵入这颗行星的异虫。
在边疆行星贝卡鲁，奥克塔维娅和拉尔斯姐弟两人在无意中遇到了一件萨尔纳加宝物。就在他们对这件宝物进行调查的时候，拉尔斯突然被吸入其中，随后宝物就向太空中射出一道神秘光柱，同时引起了星灵和异虫的注意。不久之后，贝卡鲁成为了泰伦、星灵和异虫三股势力竞相争夺的残酷战场。这三股势力都竭尽全力要夺取那件诡异的宝物。
地球联合理事会(UED)一直在观察泰伦、异虫和星灵之间的冲突。现在，他们从地球派遣了一支规模庞大的舰队进入科普卢星区，意图对这一星区实施控制。为了实现这一目标，UED在异虫的巢穴行星查尔捕获了一个幼年主宰。刀锋女王、蒙斯克、雷诺和星灵暂时放下了彼此之间的分歧，集结各自的力量，意图击败UED和新主宰。这个看似不可能形成的联盟最终实现了他们的目标。在第二个主宰死后，刀锋女王获得了全科普卢星区的异虫控制权。
在查尔附近一颗未在星图上标明的卫星上，泽拉图遇到了泰伦人萨米尔·杜兰。这个人曾经是刀锋女王的盟友。泽拉图发现杜兰已经成功地将异虫和星灵的DNA拼接在一起，创造出一种融合生命体。凭借这种全新的生命形式，杜兰发出恐怖的预言：整个宇宙将因之而发生彻底的改变。
阿克图尔斯·蒙斯克歼灭了自己手下的半数幽灵部队，为的是确保参与帝国幽灵计划的前联邦人员绝对忠诚于他。同时，他在克哈IV的卫星乌萨上建立了新的幽灵学院。
科尔宾·弗尔斯要将他的儿子科林藏匿起来，以避免他会落入帝国的手中，成为帝国探索人类灵能天赋的实验品。为此，柯宾逃往尤摩扬护国军寻求庇护。这是一个独立于帝国之外的泰伦人政府。、
年轻的科林·弗尔斯被帝国捉获，并被送往幽灵学院。与此同时，他的父亲柯宾成为了尤摩扬护国军中声讨帝国罪行的重要人物。因为他对于帝国毫不掩饰的敌意，柯宾成为了帝国必欲除之而后快的暗杀目标。
2501年
诺娃·泰拉避开了故乡塔桑尼斯的毁灭，与其他拥有灵能天赋的泰伦人一同接受训练，在幽灵学院中磨砺自身的灵能控制技艺。
诺娃遇到了科林·弗尔斯。当时学院正全力以赴对科林进行研究，试图驾驭他独特的能力。与此同时，四名诺娃的旧日同袍被困在矿业行星沙伊，正为了抵抗异虫的屠杀而急切地寻找着援兵。
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