虽然梵蒂冈的任命来了，但是因为此时朝廷正在注意着合兴泰，所以大教堂的建设被推迟了。现在传教士们对这里都很喜欢，而且赵永泰已经同意他们在这里传教了。来了大明多年，他们对大明的政府也有所了解。所以在赵永泰解释了之后，大家也没有提出抗议什么的。再加上对他们来说，现在每天的工作和传教已经占用了他们的大部分时间，他们暂时也没有足够的时间来设计建造这座大教堂。
七月中，在确认了皇帝的注意力彻底移开了之后，赵永泰召集了台州所有的传教士和教徒，宣布开始建造台州大教堂。现在在台州的已经有了6名传教士，第二批3人是在三月初抵达的。得到消息的传教士们挤出了大量的时间来设计这座东方的第一座大教堂。合兴泰给他们划的地在城西30里处，虽然有点儿偏，但是足有十亩，传教士们都很满意。
八月底，第三批传教士5人也到了台州，他们是在天主教中国教会知道台州开始正式修建大教堂之后召集的在华人员，其中就有汤若望。赵永泰对汤若望的热情让其他人都很奇怪，不过这总是一件好事不是吗。传教士对此很高兴：这位在台州很有地位的少年与邓玉函、汤若望亲近，那他们以后的传教工作就能更顺利。
因为在台州的传教士人数达到了26人，还有不少的中国教徒。所以在九月，赵永泰要求所有传教士加入书院，并改组书院的术理分院为物理分院、化学分院和生物分院。三个近代主要科学门类正式在东方确立。
经过几年的规划调整，仙台书院已经开始转型为一个正式的书院。书院的教室和宿舍低价提供给在书院的求学人员和教员，其他人员则需要提供高额的租借费用。现在书院的正式学员已经突破了一千人，教员超过一百人。书院的数学、医学、术理分院在江南地区已经颇具名气。
书院实行三、六年制，正常毕业为三年，如果三年不能毕业则推迟到六年。六年后还不能毕业则被强制结业。书院毕业人员可直接加入合兴泰商行，这一点儿是吸引不少学子正式加入书院求学的主要原因之一。明智学堂毕业学生从崇祯元年九月开始，可继续就读于书院中除经书以外的所有分院。
李时珍的儿子李建元在崇祯元年八月加入了书院的医学分院。在此之前，赵永泰以书院的名义宣布将以《本草纲目》为基础加入西学以著出更加系统详细的医学著作。此举吸引了不少民间的名医加入。
九月，赵永泰以方便医学分院学员实习的名义，建立了仙台杏林医馆。医学分院的教员和高年级学员都要到馆里轮值。由于医馆的收费低廉，受到平民百姓的青睐。后来因为名气越来越大，也渐渐有一些富户到医馆求医。
一开始，各地慕名前来的中医与传教士中的西医互不对眼，基本上没什么交流。看得赵永泰很是郁闷：我成立医学院和医馆就是为了让你们交流，你们现在连话都不说，那交流个屁啊。后来他想了一个办法，在医馆的正堂贴了一张大大的评比表，将每名医生的大名都列在上面。这名医生医好病人就在其名字下面用朱砂写正字，没医好就用墨写正字。统计数据在每个月月底的分院大会上进行通报。并以此作为每月的奖金发放标准。
这样来刺激双方的比斗情绪。只有在斗起来了之后，双方才能发现对方的优势和己方的弱势。而后就可以以开会或者其他形式来要求他们进行交流。一旦开了头，以后就好办了。
一开始，找西医看病的人基本没有，大明的老百姓还是相信自己国家的东西。要不是还有几个教友找他们，他们在前两个月的成绩就会是零。在连续两个月被学员们以异样的眼神看待后，几个西医终于决定不再等待，要主动出击。就开始在医馆门口揽客，这样一来把看病的人更吓着了，哪有人听说大夫会在门口逮着人要求看病的，肯定是骗子。结果招揽了几天，几位西医还是没有一个人接到一位病人。
直到有一天，一名工匠不小心腿被砸断了，前来就医。几位坐堂的中医都说这腿肯定废了，要病人和家属做好心理准备。结果一直在一旁观看的菲利普斯大喜过望，跑出来跟那个伤着说他们能够帮助他，虽然不一定能够恢复原样，但是至少还能走动。
这位伤者和家属本来听到大夫都说他的腿废了，只觉得前途一片黑暗，正在为以后的日子犯愁。突然听到有人说能保住他的腿，也不管洋人不洋人了，立马就同意了。在台州，你只要还能干活儿，商行都会有合适的活儿给你，这样就能获得工钱，但是不能干活那就没人管你了。现在能保住这条腿那就还能获得以后工作的机会，就算是工钱少点儿的扫地，也总比什么活儿都干不了强不是。
几位西医终于等到了病人，而且还是那些拿草根树皮糊弄人的家伙们不能治的，顿时打起了十二分的精神来对待这场手术。病人只是大腿骨折断，还好没有粉碎性骨折，手术进行得很顺利。一个月后，西医们开始对病人开始恢复性训练。现在病人已经可以下床了，这表明病人的腿确实保住了。一时间西医们名声大噪，来看病的病人络绎不绝。让人数众多的中医们既嫉妒又有点儿好奇：看来那些洋人们的医术也不是那么一无是处嘛。
不过西医们也没高兴多久，因为他们发现许多病症他们以前根本没有见过，这使得他们无法判定病症，也就无法对症下药。
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