日本殖民者在台湾的经济掠夺尤以制糖业最为典型，曾有历史学家称：“一部台湾糖业史，就是一部日本殖民史。”日本殖民当局无理地规定，台湾蔗农生产的甘蔗只能卖给当地日本控制的制糖会社。通过强制性的垄断，每年90%以上的台湾糖输入日本，台湾的糖价也一跌再跌，台湾蔗农成为日本糖业资本家的奴隶。
在日本的控制之下，日本在台湾的经济管理部门成为吮吸中国人民膏血的魔鬼，台湾成了为日本军国主义服务的原料、加工基地。这种掠夺激起了台湾同胞的满腔怒火，他们纷纷揭竿而起，继续进行抗日斗争。
1895年12月13日，就在第一任日本殖民台湾的总督桦山资纪宣布“全岛完全平定”的二十几天后，黑旗军旧部林大北在宜兰起义，打响台湾沦陷后抗日的第一枪。
“抗日三猛”奋勇抗日
林大北的起义唤起了各地台胞的反抗意识。全岛民众云集响应，逐渐形成了以北部简大狮、中部柯铁和南部林少猫为主的多支抗日义军。此三人当时被称为“抗日三猛”。
1895年12月31日，简大狮联合各路义军数千人围攻台北，虽因武器简陋未能破城，但让日本殖民台湾的首任总督见识到台湾强大的反抗力量。接着，简大狮率义军，屡屡在各地重创日军，使日本占领当局寝食难安，将其视为眼中钉、肉中刺。1898年，简大狮遭日寇围剿退到厦门。清政府软弱怕事，竟引渡简大狮给日本。1901年，简大狮就义于台北监狱。
中部义军以柯铁为首，一直坚守在云林县附近的大坪山上。1896年6月，柯铁率领各部义军出击，收复云林、鹿港、彰化和嘉义等地。1900年2月，柯铁不幸病逝，余部被日军逐个击破。
南部林少猫的义军主要活动在台南凤山一带，行踪飘忽不定，不断给日本殖民者以打击。1898年12月，林少猫集合数千义军攻打潮州，与日军血战三天三夜，令日军闻风丧胆。1902年，林少猫不幸被日本占领当局骗杀，余部离散。此后，台湾人民的武装抗日斗争由大规模的起义开始转入零星的反抗。
零星的反抗给了日军可乘之机。日本殖民当局调集军队、警察开往各地镇压起义，随意屠杀当地台湾民众，犯了滔天罪行。比如，在1896年“大平顶事件”中，3万台湾民众被屠杀；在1901年“后壁林惨案”中，3473人被屠杀；在1902年“噍吧篍事件”中，3万余人被屠杀；在1913年12月“苗栗事件”中，1200余人被屠杀。有的学者统计，在日本殖民统治台湾期间，被日寇残杀的台湾民众达60万人。
用“生物学原则”统治台湾
日本施行暴政反而加强了台湾民众的团结意识，日本殖民当局不得不正视到中国人民的强大和持久的民族凝聚力。日本殖民当局民政长官后藤新平向日本大本营建议，治台必须建立在“生物学原则”基础上，扬言实行“科学的殖民政策”，既要镇压各地起义，建立统治机构，又要采取集中渐进的同化主义政策。
在后藤新平的影响下，日本先派出7任军人总督，以军人专政的方式平定台湾各地起义。1919年10月，日本殖民当局改军人体制为军政分立制，派出了9届文职总督实行同化政策，笼络台湾民众，企图达到永久霸占台湾的目的。
同化政策之一是推行奴化教育。一方面，在初等教育上推行普及日语的教育。日本殖民当局设立“公学校”和“国(日)语传习所”，专门教授日语，培训日本特色的文化内容，比如武士道的剑术等，灌输日本民族精神。在学校里，日本殖民当局公开叫嚣：“绝对禁止使用汉文，不满者滚回支那(日本对中国的鄙称)去。”禁止汉语、普及日语，是日本同化侵略中最毒辣的一招。
另一方面，奴化教育又防止台湾民众接受高等教育。从中等教育开始限制中国学生所学专业；高等教育更是明显。在这种奴化教育下，台湾基本上找不到一所适合台湾百姓的中等以上教育机构。这种歧视连日本国内教育家都无法忍受，纷纷撰文进行批评。迫于压力，第一任文官总督田健治郎决定，日语好的台湾儿童可以进入好的中学，并与日本学生同校学习。日本殖民当局以此鼓吹，台湾教育已经没有种族差别，实际上这并不能从根本上改变殖民教育对台湾百姓的歧视。台湾高等教育基本上由日本人享受，而且除了医学专门学校及台南高等商业学校外，其他一切高等学校都在日本国内举行考试。在日本霸占时代，帝国大学(后来的台湾大学)内日籍学生占80%以上，中国学生不到20%。教学内容更是以传播殖民主义文化为主，有关中国的历史、思想、文化均在排除之列，以从根上切除中华民族文化的影响。
1936年，为配合日军全面侵华，到任不久的第17任总督小林跻造，即开始推行“皇民化运动”，主要内容是，进行亲日思想宣传和精神动员，极力消除台湾民众的祖国观念，灌输大日本臣民思想。
在推行“皇民化运动”后，日本殖民当局进一步强制推行日语，设立3832处日语讲习所，连居住在山区的高山族人都必须使用日语。接着，日本当局又强迫中国人从生活习俗等各方面向日本方式看齐。日本殖民当局下令撤销春节等传统节日，烧毁台湾民间的诸家神灵，专设日本的天照大神，并且强令在10月27日都要祭祀；中小学则规定每月1、8、15日都要按时参拜神社。台湾家庭必须使用日本式的家庭用品，妇女必须穿和服；吃饭要吃日本料理；行礼要行日本90度的弯腰礼；结婚要在日本花嫁神前结婚；葬礼要采用大和安葬式。为挖掉台湾民众身上的中国根，日本殖民当局后来还禁止中国人使用中国名字，仅在1941年，被迫改名的台湾民众就有7万多人。
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