台军推行“精实案”后，台陆军对“防卫战略”和兵力编制进行了调整，特别是陈水扁提出“决战境外”的构想后，台军确立了“以空海战力为优先的三军联合作战”的军事战略，将陆军从过去主战军种的“主导角色”调整为协助作战军种的“支援角色”，其具体任务亦转变为：“深远作战、维护基地安全、负责地面防空、负责岛内绥靖作战”等。
台陆军现阶段的建军目标是：作战立体化、装备机械化、指挥自动化。所谓“立体化”是：为适应未来作战型态，改编陆、航部队，使其具有攻击、战搜、突袭、运输能力，并逐步采购新型直升机，以强化反登陆、反空降、反装甲和空中机动作战能力，达成“空地一体”的立体化作战需求。此外，为确保基地防空安全及陆军战力完整，完成陆军现有各式导弹部署及性能提升与建立低空野战防空系统，以有效维护空域安全，达到“以地制空”之最高要求。
所谓“机械化”是：逐年完成部队M48-H勇虎型主战坦克及M60-A3型主战坦克“换装编实”及各式装甲车的性能整体改良，并结合台湾岛“防卫”作战的特性，研发轻型坦克，增大机动战力，增强射控能力，提高反装甲作战能力，以强化机动打击力，适应机动作战的要求。
所谓“自动化”是：积极整合资讯管理、指管通情、电脑兵棋系统，达到平时精进作业管理、决策支援，战时强化指挥管制、掌握战场功能，从推广资讯管理系统，精进指管通情系统，以及区分近、中、远程研发电脑兵棋系统等三大目标整体规划，建立平、战时一体的决策管理和指挥用兵的统合战力。
目前，台陆军兵力80%部署在台湾岛内，其中第六军团部署在台湾北部地区，第十军团部署在台湾中部地区，第八军团部署在台湾南部地区。金门、马祖、澎湖部署兵力约5万人。台军认为，澎湖群岛将是解放军武力进攻台湾最有可能先登陆取胜的战略要地，因此，将澎湖的战略地位提升为台澎防卫作战中的最前哨。为强化澎湖地区的防卫能力，在澎湖部署了装步旅和炮兵旅，并将澎湖陆军装甲旅改编为装甲503旅及守备168旅。
海 军
海军总司令部是台湾海军的最高统帅机关，设在台北，通过海军作战指挥系统、教育训练系统及后勤支援管理海军部队，现有兵力约5万多人。海军总司令部下设舰队司令部、陆战队司令部、两栖部队司令部（以上均设在左营）、后勤司令部和三个负责指挥海军基地的军区等。编有驱逐舰队、巡防舰队、潜舰战队、水雷舰队、勤务舰队、两棲舰队、导弹快艇部队、海军航空部队、岸置导弹部队、观通系统指挥部、基地指挥部、海军陆战旅、海测局、海发中心等。
军区是台湾海军的主要陆面机构。台湾海军依据台湾海区地理状况和作战任务，划分为第1、2、3军区和中正基地指挥部，直属海军总司令部。军区司令部在辖区内为海军最高行政机构。军区司令对本辖内的海区、海军基地的防务负责，还负责保障部署在辖区内的舰队兵力、岸防部队、机关和其他军事设施的活动。军区辖区范围内的海军其他陆上机构均受军区司令部督导监察和行政管理。军区以下划分为若干军分区，并设有相应的陆地机构，即基地指挥部。在乌丘、东沙及南沙设有3个守备区。
台湾海军的后勤保障体系较为完善，其造船工业能力完全可以满足台湾自身防务的需要。目前，台湾共有大小船厂约200家，分布在高雄、基隆、台南、苏澳港等6个地区。这些造船工业能够设计建造各种大中型民船和较大的军用辅助船。但不具备较大舰艇的设计能力。由于特定的历史原因，台湾的舰艇修理改装能力较强。台湾曾对二战时期美国制造的驱逐舰和护卫舰进行不同程度的现代化改装，某些性能超过了20世纪80年代世界驱、护舰的先进水平。
台海军现阶段的建军目标是：指挥管理自动化，舰艇武器导弹化，反潜作战立体化。一是配合联战系统整合，强化三度空间资讯电子战系统，提升三军整体防空与反制能力；二是筹建新一代作战舰艇、近海巡防舰及大型导弹快艇，组成有效制海与机动打击水面兵力，并增强反封锁能力；三是筹建潜艇、潜射武器，充实空中反潜及扫布雷兵力，增强三度空间反潜及扫布雷作战能力；四是加强岸置火力部署，提升阵地防御，有效地增强制海能力；五是持续整建陆战队防空、反装甲与机械化装备，强化快速反应及联合作战能力，扩大制海优势。
台湾海军陆战队占台海军总人数的1/2。为因应“精实案”兵力调整，将海军陆战师整编为陆战旅。台湾海军陆战队是参谋本部的战略预备队，直接受参谋本部指挥，以“永远忠诚”为队训，自诩为“参谋本部的两只铁拳”。在陆战队的营地中，一部分运兵车上永远装有武器、弹药、粮食，只要几分钟，上万部队就可以立即出动。为了跟上世界水准，海军陆战队主要聘请美国教官进行训练。
空 军
空军总司令部是台湾空军部队的最高领率机关，设在台北市仁爱路，其主要任务是依据台湾军队的建军方针、原则和军事战略，拟制空军建设规划并组织实施；制定防空作战计划，指挥空军部队的战斗行动；组织各种技术、勤务保障；制订训练大纲，组织部队训练。台湾空军现在兵力5万多人，由飞行部队、地面技术勤务保障部队和防空炮兵部队组成。地空导弹部队归陆军建制。
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