东汉基本沿行西汉，分封王、侯与州、郡、县双轨并设之制。皇子封王，其封地为国，每国设傅一人，相一人，相职掌如太守。列侯所食县者为侯国。功大者食县，小者食乡、亭。乡侯、亭侯之封为东汉所特设，用以安置贵族、勋戚、功臣，扩大了统治集团，增长豪门世族的权势，但王侯之权力却已远远弱于西汉。东汉以司隶校尉管京都附郭一州，称为司隶，设校尉。司隶校尉之官“掌察举百官以下，及京师近尉犯法者”。光武帝时“并领一州”包括七个郡。其地位在“九卿”上，设十二从事史，司隶职权远较西汉为广泛，其辖包括两汉之西（京兆）、东（河南）二京。司隶之外，置十二州，每州设刺史一人（灵帝、献帝时，有的州改设牧），权力增大，州之下为郡，郡之下为县。在边地少数民族聚居之地设道。事实上已形成州、郡、县三级制。东汉前期，加大尚书（台）之权，削弱“三公”及地方郡国之权，以增强皇权。至末年为镇压人民起义，则改变了一贯政策，给各州之豪门大族以重权，遂形成了割据局面。
军事官制
东汉仍设将军、大将军、骡骑将军、车骑将军、卫将军之品秩如三公。将军下又有前、后、左、右将军，位比上卿。将军之下设长史、司马、从事中郎及掾属、令史、御属等。大将军管辖五部，每部有校尉一人，军司马一人。部下有曲，曲有军侯一人，曲下有屯，设屯长。东汉设北军五营：屯骑校尉、越骑校尉、步兵校尉、长水校尉、射声校尉，以北军中侯监五营。其警卫宫殿的属于光禄勋，如西叔南军。灵帝中平五年因农民起义声势洁大，增设西园八校尉以防守京都洛阳。东汉对于少数民族地区，设有军事性专官多种，既臣服于朝廷，又维护当地治安。
东汉官制的特点：（1）中央权力更为集中，集权于皇帝直接掌握之尚书（台）。（2）地方行政体制形成事实上的三级制（州、郡、县），强化对地方的控制。东汉末年，州牧拥兵割据，导致分裂局面的出现。（3）重视对少数民族地区的统治，设立各种专官，其主旨虽在控制人民，但对开发边区，促进中原与周边经济、文化的交流，也有一定的作用。
东汉建立后，在行政区划工作上做了两件大事，一是恢复西汉时的郡县名，清除王莽新朝时乱改的地名，重新规划全国的郡县，撤并了西汉时的县、道、邑、侯国400多个，王莽时增置的郡县基本上全部撤销，郡国数量相应减少。二是在州的建制上做了较大的变动，刘秀全部废除王莽所建的十二州牧，改交陟（去步加止，趾）为交州，恢复西汉的部州，并固定其州治驻所。升大州级的权力。至东汉末期，体制基本上实行州、郡、县三级。
东汉顺帝永和五年（140年），其疆域区划为司隶校尉部，十二州刺史部和西域长史府，各王国、属国按郡制；邑、道、侯国、公国等按县制。具体区划如下：
司隶校尉部
京兆尹 治长安（今陕西长安三桥）。
领10县：长安、长陵、阳唆、霸陵、杜陵、新丰、蓝田、郑县、上雒、商县。
右扶风 治槐里（今陕西兴平）。
领15县：槐里、茂陵、平陵、鄠县、武功、美阳、郿县、雍县、杜阳、陈仓、渝麇、沠县、漆县、栒邑、安陵。
左冯翎 治高陵（今陕西高陵）。
领13县：高陵、池阳、万年、重泉、临晋、颌阳、夏阳、频阳、粟邑、衙县、没（去三点水加示部旁）栩、云阳。
河东郡 治安邑（今山西夏县禹王）。
领19县：安邑、闻喜、猗氏、大阳、河北、蒲坂、汾阴、皮氏、绛邑、临汾、襄陵、杨县、平阳、永安、北屈、蒲子、端氏、蠖（去虫加三点水）泽、东垣。
弘农郡 治弘农（今河南灵宝北黄河南岸）。
领9县：弘农、陕县、湖县、华阴、卢氏、黾池、新安、宜阳、陆浑。
河南尹 治雒阳（今河南洛阳东北）。
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