在机场进行抢修的同时，飞机全部分散开了，备用机场、公路跑道等全部投入了使用。由于飞机的损失过大，除全力抢修受损飞机外，封存备用的F-5、F-104等战机也启封了，重新投入使用。同时决定重启IDF生产线，计划再生产300架IDF-2，IDF的最新改型。
不过这些都是远水解不了近渴的，损失依然无法得到有效的补充。台湾空军依然可以投入战斗的战斗机不到250架，比前一天减少了一半多；飞行员的损失也相当大，于战斗中阵亡或弃机跳伞被俘或受伤，许多优秀的飞行员失去参战的机会。由于损失较大，部队的建制完全被打乱了，不得不将几个中队临时组编为一个中队，飞行员相互间都缺少了解，相互配合起来很成问题。
惨重的损失令台军上下士气低落，部队普遍出现悲观、失败情绪。
更重要的是，台空军指挥系统失效了。台湾的远程预警早已在空袭中被摧毁，只得从美国方面获取早期预警机情报。由于美国政府尚未就出兵一事作出决定，美军无法向台湾提供直接支援，但提供情报等还是没有问题，但整个情报的传递过程过于复杂，需要经过多个部门，把宝贵的时间一点一滴的浪费了。而且美军提供仅限于预警情报的支持，而不是参与作战指挥。此时台湾自身的通信指挥系统无法实施有效的指挥，地面指挥系统在空袭中损失不小，几个重要的指挥部和通信中心都受到了空袭，虽然没有造成什么重大的人员损失，但各种设备，尤其是通信设备的损失很大。这造成台湾的地面指挥中心无法及时有效的了解空中的情况，也无法及时将信息传递给空中的飞行员。
相比之下，解放军的损失也不小，但这点损失还可以承受，依然保持着数量优势，战斗结束后不久，有2个师的航空兵部队被增派到了一线，使战机总数恢复到了战斗前的水平。由于早晨取得的胜利，心中充满了必胜的信心，昨天的失落情绪早已不知去向，现在士气高涨，精神状态极佳。
解放军并没有闲着的意思，一面加紧调整作战方案，一面派出侦察机对台湾实施空中侦察。台湾方面对于不断出现的侦察机是无可奈何，原来这些侦察机都是歼侦-8。它由歼8早期型改装的侦察机，保持了歼-8高空高速的特点。由于远程预警系统被破坏了，因此歼侦8只有在接近台湾岛时才能被发现，能留给台军实施拦截的时间就不多了。
歼侦8在飞越台湾上空时，飞行高度经常达到万米以上，这个高度越出了台湾方面在空袭中得以保存下来的地面防空武器的最大射高。能够达到这个高度并有机会实行拦截的，只有战斗机。然而令台湾飞行员头痛的是，解放军总要进行大量的佯动后，让人无法预先知道侦察机何时从何处冲来，采用什么航线，目标是那里。而且这时歼侦8的飞行速度多达2倍音速以上，这个速度不仅令台湾飞行员难以适应，也使其飞越危险区的时间很短，常常是台湾战斗机还没有来得及拦截，歼侦8已经返回安全区。更可怕的是，解放军经常以侦察机为诱饵，引诱台湾的战斗机出战，然后加以伏击，这让人防不胜防。
7月13日下午3点，“中场休息”结束！经过精心准备之后，解放军的新一轮空袭开始了！
解放军二炮部队最先“发言”，数十枚巡航导弹竞相出击，紧接数枚老式地地导弹腾空而起。二炮部队准备继续“清理库存品”。空军的战机开始起飞。这一切没有能躲过美国人的眼睛，美军空中预警飞机时刻注意着台海上空的每一个变化。
美国人的情报一送达台军指挥部，战斗警报即随之发出，于是台湾各机场都响起了战斗警报声，飞行员迅速登机，起飞迎战。台湾空军所有能够参加战斗的战斗机立即紧急起飞，台湾飞行员虽有决一死战的决心，但心情与昨天相比已大不一样。今天早晨的惨败在台湾飞行员心中留下了很深的阴影，悲观、失败的感觉早已占据了飞行员的内心世界，正如一位飞行员对当时的回忆那样：“大家的士气低落到了极点，笑声早已消失了，当空袭警报响起时，除了拼命一战之外，我什么都不敢想了。”
正当台湾空军战机紧急起飞之时，解放军二炮部队的地地导弹就到了，万幸的是全是些老式地寺导弹，精度极差，没有一枚击中重要设备，而且数量很少，一个机场只落下一、二枚。这时机场上并没有停放多少飞机，飞机都是从机库内直接冲向起飞跑道，中间并不停留，同时人员多已进行了掩体。导弹攻击造成的损失很小，甚至可以说是毫无战果，但目的已经达到，导弹攻击成功的制造了混乱，整个起飞过程受到了不小的影响，也给对手造成很大的心理压力。
与此同时，解放军战机已越过海峡中线，如以前那样，台军战斗机立即迎上来，不同的是这次迎战的战斗机数量明显少了。
空战从一开始，台湾空军就处于明显的劣势。数量处于绝对劣势，也谈不上什么质量优势。还有信息不灵使台湾飞行员得不到有效的指挥，只能依据指军中心提供的简单信息来判断情况，谈不上什么整体配合。台湾飞行员发现原先那种强调远程交战的观点并不合实际情况，许多在理论上可行的战斗方案，在实战中并不实用。由于没有及时可靠的情报支援，他们无法先对手起飞，抢先占据有利位置，往往等他们起飞迎战，解放军机群已越过台湾海峡，他们处于非常不利于的位置。对于视距外的远程交战来说，抢占有利的位置并不是决定胜负的关键，可是台湾海峡太狭窄了，只要几分钟双方就会相遇，留给飞行员确认情况、判断、决定，以及锁定目标、发射导弹的时间就非常的有限了。往往进行一轮远程导弹攻击之后，就要进入近距格斗战，甚至远程导弹刚刚发射，就必须进行近距格斗了。可对于近距格斗战来说，抢占有利位置是决定胜负的关键一条。先行起飞的飞行员可以采取先向东飞，与对手拉开距离，然后再转向实施攻击，这样可以多发射几枚远程导弹，可对于最后起飞的飞行员来说，一起飞就要与对手开战，根本没有抢占有利位置的机会和时间。
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