这次解放军吸取了上午的教训，改变原来的空袭方案，大量使用反幅射导弹攻击台军的防空雷达。直到在上午的战斗中受到反幅射导弹攻击之后，台军才发现解放军使用的反幅射导弹远比想象的先进，这才想起如何防御反幅射导弹的问题，此前对此一直没有真正重视过。按常规的方法，雷达突然关机，可以摆脱反幅射导弹的跟踪，这是一种最原始的方法，对于装有记忆装置的反幅射导弹无效，除非雷达关机后立即机动，可惜台湾装备的雷达机动能力太差。实施干扰也是好办法，可惜台湾准备不足，能够使用的方法都很简单，实际效果非常不理想。结果台军雷达不是关机，就是被摧毁，使许多防空导弹无法使用；只有高炮还能用，不过也因炮瞄雷达无法使用，只能实施人工瞄准，效率大为下降。
不依靠雷达制导的“毒刺”等型号的导弹被大量的使用，不过这些导弹存在着射程短的问题，对于高空目标无能为力，好在解放军对地攻击的主角是强-5，所以还是很适用的。然而强-5绝不是靶机，强-5凭借着优异的低空突防能力，对目标实施了猛烈的攻击。飞机噪音一直令人头痛，降低噪音已成为飞机设计的一大趋势，然而解放军飞行员将噪音变成一种“武器”，当飞机从超低空，以尽可能高的速度飞过时，那噪音得让人受不了，巨大的噪音中许多人的耳朵流出了血，更不要说由此产生的心理压力，心跳加速、呼吸困难、动作也慢了，甚至犯错误。面对突然从地平线上冒出的强-5，许多人还没有准备好发射手中的“毒刺”导弹，强-5早已投完弹，消灭的无影无踪了。
为给潜艇部队的活动提供方便，台湾海的反潜机航空兵基地被列入重点打击的目标，其实这有点多余，台湾海军的反潜航空兵第一大队的S-2T反潜机能飞的只剩下8架，至于新采购的P-3反潜机，只有8架交货，现在能飞的只剩3架；第二大队的反潜直升机能飞的也不多了。
这次台湾的主要港口也被列入攻击目标名单，不过出于登陆作战以及战后的台湾重建工作的考虑，攻击部队接到了不得破坏港口设施的命令，只要求他们击沉几只船，将港内的其它船只“吓”走。为了执行这一仅将“船只赶走”的任务，2架“飞豹”对高雄实施了攻击，每架“飞豹”对高雄港内船只各发射了2枚C701反舰导弹，这时港内停留着的因各种原因而没有离开的商船象靶子一样，导弹发发命中，4艘商船被击中，可惜C701反舰导弹的威力较小，没有一艘船被击沉。
与此同时，另2架“飞豹”对台湾的另一个大港基隆港发动了攻击，攻击也是成功的，不过这次有点意外，一艘船被击中后发生爆炸，那是一艘天然气运输船，而且当时是满载的，导弹引爆了船上的所装载天然气，制成大爆炸，。爆发声可谓“惊天动地”，港口附近的许多房屋的玻璃被爆炸声震破了，人们可以从很远的地方看到爆炸所形成的烟柱。好在，除天然气运输船上船员全部遇难外，没有制成太大的伤亡。此次爆炸事件又为西方指责中国提供了一个好借口，理由是中国破坏自然环境。
高雄港与基隆港受到攻击的消息产生了巨大的影响，许多正前往台湾的船只调头了，还留在台湾的船只也纷纷离开了，台湾的海运因此受到了巨大的影响。
解放军还对台湾的电力系统发动了攻击，攻击的目标不是发电站，而是输变电系统。这些目标很容易从空中用肉眼发现，进行攻击也很容易了，效果也好，只要摧毁几根输电线杆或变电站就可以让至少一条输电线路中断。电力是现代文明的动力，大规模停电除对士气有影响外，对台湾经济的影响更大，对台湾输变电系统的攻击行动被一位西方经济学家称为：“这几乎要了台湾经济的命！”
占数量优势的解放军采取轮翻作战，一批战机的油料和弹药消耗的差不多了就返航，由另一批战机接替其任务。而台湾的战斗机则只能在战斗的间隙找个机会在附近的机场或公路跑道上降落，然后立即隐蔽起来，以免受到来自空中的攻击。由于没有新的兵力接替来它们的任务，天空很快被解放军控制了。
经过连续2个多小时的轰炸，解放军确信任务已经超额完成之后，才停止轰炸，激战随之结束。虽然这一次，解放军付出的损失也不小，但与所取得的战果相比，还是微不足道的。
13日中午时分，“海龙”号正在潜望镜深度低速潜航，艇长葛新正通过潜望镜观察着水面上的情况。现在他要做的是最终确认目标，声纳不久前发现一大型目标正向他们驶来，可潜艇的声纳可以确定船的位置、航速等情况，要确定船的国籍等，只能用人的肉眼。他终于看清楚，那是一艘大型集装箱货船，从船身上的标志看，那是中国远洋运输公司的船，通过与资料的核对，进一步确认这一点，并且知道该船的船名为“黑河”，是往返于中美之间的定期货轮，属于可攻击的目标范围内。经过仔细的侦察，他确信附近还没有解放军的舰只或飞机，于是决定实施攻击。
“黑河”号的几位船员正在船甲板上聊天，这时一位船员突然大叫到：“那是什么？”并且用手指明着左弦外的海面，其它几位船员顺着他所指的方向望去，发现不远处的水下有一个东西，看上去象一条“鱼”，但后面带有不太明显的航迹，它正高速冲向“黑河”号。
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