第3舰队返回乌利西锚地后，中太平洋部队和西南太平洋部队的进攻路线开始分开。长时间配属给第7舰队的大部分舰只重新归尼米兹指挥，以便向北发动攻势，直指日本本土。与此同时，麦克阿瑟则准备向南进攻，以便收复尚为日军占领的菲律宾所属岛屿，攻占荷属东印度群岛。
解放菲律宾
当第1军在仁牙因湾东北的丘陵地带牵制住山下奉文所属部队的时候，第14军便向马尼拉推进。1945年1月29日，第7两栖作战编队在吕宋岛西海岸的苏比克湾附近遣送约3,0000登陆兵上岸，而且也未遭到什么抵抗。这部分登陆兵上岸后，既可以阻止日军撤至巴丹半岛，又可以保障友军从北面攻入马尼拉。两天后，又有8000名美军在马尼拉湾南部登陆，以便从西南方向攻入马尼拉。第14军从北面发起的最后突击，在海军陆战队两个飞行大队的支援下进展迅速。航空兵对地面部队成功地进行了直接航空火力支援，从而消除了陆军指挥官的疑虑。2月4日，第14军已经进至马尼拉城下，日军在这里有16,000名海军陆战队和5,000名陆军部队负责守城。这里的巷战是逐条街道、逐个楼房进行争夺的，甚至进行白刃格斗，战斗整整持续了一个多月，直到守军全部被歼才告结束。马尼拉市已变成一片废墟。
在攻克马尼拉市的3个星期之前，盟军为夺取马尼拉的港湾而采取了积极的行动。2月15日，有一个团战斗队冒着日军的微弱抵抗，在巴丹半岛的最南端上陆。次日，一个由伞兵组成的团战斗队和一个营登陆队，密切协同，向哥黎希律岛要塞发动了进攻。出乎意料的是夺取该要塞的战斗用的时间较长，而且付出了巨大的代价。其原因之一是侦察情报不够准确。原估计日本守军为850人，而实际上比估计的人数多5倍。盟军于3月初才占领这个要塞，而马尼拉港口的其它几个岛屿直到4月才被占领。在清扫卡萨布兰卡、巴勒莫、那不勒斯、瑟堡和勒阿弗尔等港口的水雷障碍中曾发挥重要作用的威廉·沙利文准将，在此之前一直忙于指挥马尼拉港的清扫作业。对于沙利文来说，这次清扫作业是这次战争中最困难的一次，因为日军以几百艘沉船堵塞了该港。在马尼拉港恢复正常使用之前，从黎牙实比登陆的盟军部队已经占领了吕宋岛的东南半岛，这就使盟军的海上运输可以安全地通过圣贝纳迪诺海峡，保障了对吕宋岛上美军的补给。
在克鲁格将军的第6集团军把山下奉文的170,000名残余部队向吕宋岛的山区压迫时，金凯德的第7舰队便协同艾克尔伯格将军的第8集团军扫荡菲律宾各岛上的残余日军。但是，这一作战行动违背了参谋长联席会议的作战意图。参谋长联席会议原想把这项作战任务交给菲律宾人自己去完成。然而，由于麦克阿瑟所属的部队当时并无其它战斗任务，参谋长联席会议就没再提出什么异议。
自1945年2月下旬至4月中旬，巴比将军的第7两栖作战编队在菲律宾中部及南部地区，先后进行的登陆战斗不下于38次。但是，这些登陆战斗的规模都比莱特岛和吕宋岛两次登陆战役的规模小得多。虽有几个岛屿防守较严，但是日军统帅部认为菲律宾必定要失守了，所以几乎没再给予空中和海上的支援。而且根据新的战术原则，日军守备部队已不在水际滩头拼死进行抵抗，而是尽最大可能死守城市，迫不得已时，则将其炸毁，然后撤到山区。结果，大批日军死于饥饿和疾病之中，这比战斗减员还大得多。到战争结束日军投降时，幸存的守备队员已所剩无几。
在一次接一次的登陆战斗中，最初是2月28日在巴拉望岛实施登陆战斗，接着又于3月10日在棉兰老岛西端的三宝颜进行登陆。在实施这两次登陆作战时，盟军的航空兵阻止了日军水面舰艇编队从苏拉威西海及南中国海向菲律宾中部的袭击。此后，美军就相继收复了班乃岛、内格罗斯岛、宿务岛、保和岛及菲律宾中部的一些小岛。与此同时，盟军也从三宝颜向西南进军，几乎没有遇到什么抵抗就登上了巴西兰岛、塔威塔威群岛和苏禄群岛的和乐岛。这些岛屿以及巴拉望岛，都为麦克阿瑟下一步进攻婆罗洲提供了机场，以便进行近距离航空火力支援。
最后，美军才在棉兰老岛进行数次登陆作战。当时已有25,000名游击队员活跃在这个岛上，控制着岛上百分之九十五的地区，将42,000名日军守备部队围困在各城市和几个据点里。因此，美军登陆的主要目的是支援游击队完成歼灭日军的任务。美军分别从该岛的西海岸、北海岸和南海岸三个方向登陆，然后向纵深挺进，把日军分割开来，使其不能连成一片。接着，美军又把日军从城里赶到该岛的腹地，以利于菲律宾游击队对其进行围歼。这项作战一直持续到战争结束。
英国海军进入太平洋
1943年9月，意大利舰队投降后，英国海军总算向印度洋派来了几艘军舰。到1944年1月，詹姆斯·萨默维尔将军指挥的英国远东舰队才以锡兰斯里兰卡。为基地展开战斗活动。根据英国的要求，尼米兹将军把美国的“萨拉托加“号航空母舰暂时借给萨默维尔将军使用，以便向远东舰队传授航空母舰的作战方法。1944年春，萨默维尔率领包括“萨拉托加”号和“卓越”号英国航空母舰在内的舰队，奇袭了苏门答腊岛和爪哇岛的日军基地及其周围地区。
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