起初，“神风”特攻机所攻击的目标多是外围的警戒舰艇。这些舰艇只能依靠自己的火炮进行抗击。6日15时许，日特攻机蜂拥而来，正在冲绳岛以北海域担任巡逻任务的“布什”号驱逐舰，被3架“神风”特攻机撞毁。在邻近海域巡逻的“科尔洪”号驱逐舰赶来支援，也被3架“神风”特攻机撞毁。这两艘驱逐舰不久即沉没。第58特混舰队接到担任雷达警戒的驱逐舰发出的警报后，担任空中警戒的飞机立即起飞迎敌，并用防空炮火进行拦击，日特攻机未能飞到该编队的上空。但约有200架特攻机窜到冲绳地区，大部分被美战斗机和密集的高射炮火击落。美军的高射炮火十分密集，降落的弹片竟把38名美国士兵打伤。尽管如此，日“神风”特攻机仍然撞伤美军舰船22艘，击沉运输驱逐舰和坦克登陆舰各1艘。此外还撞毁2艘满载弹药的军火船，使第10集团军供应不上某些类型的弹药。
与此同时，日军还在准备实施另一种形式的自杀性突击，这种突击是以“大和”号超级战列舰、“矢矧”号轻巡洋舰和8艘驱逐舰来实施的。这几艘军舰装上日本贮存的最后2500吨燃油(只够开到冲绳的单程需要)，驶离濑户内海，预定4月8日拂晓抵达冲绳，抢滩搁浅，集中所有炮火轰击美军，直至日舰把弹药耗尽或被击毁为止。然而，这支海上特攻队的武运不佳，6日傍晚，2艘在九州海域巡逻的美国潜艇就发现了它，随即向指挥部发了电报。因此，斯普鲁恩斯立即命令戴约的战列舰编队准备执行诱敌任务。要求戴约编队把这些日舰向南引诱，越远越好，使其不能返回本土基地，也得不到九州岸基航空兵的支援。4月7日，戴约编队要在适当时机接敌，对日舰进行猛烈的炮击。然而，米彻尔根本没想到会让水面舰艇编队来单独收拾这支日军编队。7日拂晓前，他即率领第58特混舰队北上，前去截击。近8时，其侦察机再次发现向西航进的日军编队。日军编队改变航向向南航行后，庆良间基地的PBM型水上飞机对其进行跟踪。10时许，米彻尔命令其舰载机起飞。2小时后，美航空母舰舰载机群即以绝对优势的兵力对日军编队反复进行突击，击沉“大和”号、“矢矧”号和2艘驱逐舰，重创2艘驱逐舰。2艘被重创的驱逐舰在返回基地的途中沉没，其余舰只撤回基地。
4月7日，一架“神风”特攻机突破第58特混舰队战斗机的空中警戒，撞中“汉科克”号航空母舰的甲板，使43人死亡。到黄昏时，日神风特攻机又撞伤4艘海军舰只。然而，4月6日和7日的大空袭只是“神风”特攻机对冲绳海域盟国舰船所实施的10次大规模特攻袭击日军称之为“菊水”作战。中的第一次。至于“神风”特攻机的小规模袭击和一般的空袭，几乎天天都有。4月12日至13日的空袭和以后的几次空袭，改用一种称为“樱花”的特攻炸弹。这是一种靠火箭推进的带翼炸弹，炸弹脱离轰炸机的挂弹装置后，由飞行员引导捕捉目标。
在近3个月的时间里，快速航空母舰特混舰队一直在冲绳以东海域活动，一面在60平方海里的水域内遂行巡逻任务，一面支援登陆兵的岸上战斗，同时要与日军飞机作战，并担任反潜巡逻任务。各特混大队常为进行补给而暂时离开巡逻海域。快速航空母舰特混舰队曾四次北上去突击九州地区的机场。然而，如同在吕宋岛那样，虽对日军机场进行猛烈的空袭，但是无法将其摧毁，因为日军在这里的机场不仅多而分散，且有高炮予以严密的掩护。
除在冲绳海域的雷达警戒舰只和输送舰船常常成为“神风”特攻机的袭击目标外，快速航空母舰特混舰队也是在劫难逃的。由于“邦克山”号和“企业”号航空母舰相继被“神风”特攻机撞中，而且丧失了机动能力，米彻尔将军失去了大部分参谋军官，并在3天内两次变换旗舰。活动在冲绳东南海域的英国特混舰队也成了“神风”特攻机连续攻击的目标。英国的4艘航空母舰都曾被特攻机撞中，但因其甲板有装甲防护，所以仍能坚持作战。
美国的飞行人员和舰艇人员，在军舰返回乌利西岛或其他基地进行维修保养或更换配件时，尚可得到短暂的休整，而那些必须留在作战海域的第5舰队的几位指挥官却一直很紧张，疲惫不堪。5月底，尼米兹将军终于在这次作战正在进行之中采取了更换指挥官这一前所未有的措施。哈尔西接替斯普鲁恩斯，麦凯恩接替米彻尔，希尔接替特纳，因而第5舰队又改为第3舰队。哈尔西不愿意留在冲绳海域，遂行单纯的防御任务，但很快发觉他自己并没有选择权。于是他继续实行斯普鲁恩斯所采用的战术。但他极力主张应在冲绳岛尽快修建航空基地，以解除当时已改为第38特混舰队的快速航空母舰特混舰队所担负的掩护及支援任务。
美军正在逐步改进对付“神风”特攻机的作战方法，在斯普鲁恩斯和哈尔西交接指挥权时，已基本上可以对付“神风”特攻机的威胁了。美军用雷达警戒飞机弥补了雷达警戒舰只的不足，派遣驱逐舰和两栖作战舰艇充当雷达警戒舰只，并在最有可能出现敌机的方向加派战斗机进行空中巡逻。美军不仅在冲绳岛北部地区设立了许多雷达监视哨，还夺取了附近的一些小岛，并在上面建立了雷达站。容易操纵的小型舰艇已能对付“神风”机的攻击，即舰艇把俯冲下来的“神风”特攻机置于自己的正横方向，除充分发扬火力进行抗击外，突然增速，让日机难以捕捉目标。这是因为，“神风”特攻机的俯冲速度很快，在空气压力的作用下，几乎不能再变航向，难以调整命中点。
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