这五个特别行动队指挥官和尾随的部队分别是：
第一特别行动队，领导人是党卫队旅队长施特雷肯巴慧，随威廉·李斯特大将的第十四军团向纽伦堡方向进军。
第二特别行动队，领导人是党卫队突击大队长埃马努埃尔·台费尔博士，跟随瓦尔特·冯·莱希瑙上将的第十军团向华沙南面突击，直抵维斯杜拉河。
第三特别行动队，领导入是党卫队一级突击大队长赫伯特·菲舍尔博士，跟随约翰斯·勃拉斯科维兹上将的第八军团向罗兹进军。
第四特别行动队，领导人是党卫队旅队长洛塔尔·博伊特尔，跟随古斯特·克鲁格上将的第四军团向莫德林方向突击。
第五特别行动队，领导人是党卫队旗队长思助特·达姆佐，跟随奥尔格·冯·库希勒上将的第三军团前进。
海德里希的“行刑部队”按规定要接受战区内的陆军领导，但他的行动却是受中央保安局的指挥。因而这个受双向领导的部队一方面要完成中央保安局交给的使命，一方面又不能让军人们过多地了解他们的秘密，因为武装部队的军法审判对他们每个人同样有效。
希姆莱和海德里希尽量避开陆军将领的关注，把真正的最重要的，也就是消灭波兰上层人物的任务隐瞒起来，以致第八军团在１９３９年９月９日给特别行动队的命令中有这样的任务内容：
打击作战部队后方的一切敌视德国和德国人的分子，特别是打击谍报人员，逮捕政治上不可靠的人，收缴武器，查封谍报的重要材料等。
可见，在作战部队中，士兵，包括将领们暂时还不了解他们的尾巴部队的真实任务。隐瞒不可能长久，只要特别行动队一开始杀害波兰的贵族、教士和知识分子，军队就会醒悟过来。那时军队肯定会恼怒的。希姆莱和海德里希两个党卫队领袖陷入进退维谷的境地：要么向陆军宣言，说这是希特勒的命令，他们不能不执行；要么就隐瞒事实上报本无法隐瞒的真象。
狡猾的希姆莱向将军们暗示说：“我不会做任何领袖所不知道的事情。”言外之意，他的行动是希特勒的命令。海德里希后来在一份存档的笔记中透露，在波兰占领区发生了同陆军的冲突，由于“警方采取的行动特别偏激（例如命令大量消灭致以千计的波兰领导人）”，而领袖的命令“不能告知陆军将领，当然也包括他们的参谋人员，以致于表面上看起来似乎是警察和党卫队擅自采取的独断专行的残暴行动。”
军人们很快就明白了特遗队的真正使命。９月７日，谍报局长卡纳里斯海军上将向陆军总司令部第一处处长冯·施图尔纳格将军说，党卫队的领袖们每天以枪毙两百名波兰人炫耀自己，处决大多未经司法程序，受害者多为犹太人、贵族和教士。卡纳里斯怀着忧虑的心情警告说；“对这样的做法，终有一天，世界舆论会向武装部队追究发生在它眼皮底下的这些事情的责任的。”
在人们的眼睛里，武装部队成了特别行动队的同谋，至少对他们是姑息的。其实，这都是表面现象。他们这两支部队都是希特勒侵略扩张政策的工具。只不过警察、党卫队比武装部队更凶残一些。
特别行动队在消灭波兰上层时是“不讲阶级”的。他们把教师、医生、公务员、教士、地主和商人统统抓起来，关进接收营，然后把这些人一个一个地处死。希特勒的目的再明了不过，消灭波兰任何的政治、军事、经济、文化、宗教的头排人物，或可能成为这些领域里领导人的人。
一次接一次地大规模屠杀，使波兰民族精英受到沉重打击。在库尔姆一佩普林主教区的六百九十名教士中，被捕者达三分之二，二百一十四名被处死，其中包括佩普林大教堂的几乎所有教士会成员。海德里希在１９３９年９月２７日曾自豪地宣称：“被占领区内留下来的波兰领导人物至多还有百分之三。”
希特勒对如此巨大的功绩很满意但不满足，他说道：
凡是经我们现已确定属于波兰领袖阶层的人，必须予以消灭。以后再发现的话，由我们注意看管，过一定时间后再加以清除。
他还不能高枕无忧，因为还有那个被他看来非常庞大的百分之三。
武装部队尽量把自己打扮成正义之师。占领区实行军事管制后，东线总司令格德·冯·伦斯德大将指示军人们负责社会治安，并向波兰居民发布了安民告示，宣言“武装部队不以居民为敌人，一切国际法条款均得到尊重。”党卫队的野蛮暴行，撕碎了这个诺言。陆军成了出尔反尔、言而无信的骗子。军人们恼怒之余开始猛烈攻击党卫队的暴行。
９月２０日，第十四军团情报处报告，部队情绪严重不安。
这是由于沃伊尔施地区的特别行动队在军区的部分违法行为（集体枪杀，尤其是集体枪杀犹大人）……而引起的。部队特别感到气愤的是，午轻人不上前线去作战，而是拿手无寸铁的人来证明他们的勇敢。
接着东总提出不能再容许沃伊尔施的特别行动队继续留在该地区。希姆莱为了暂时缓解与日益不满的陆军将士的矛盾，只好同意了这个要求。１０月１日，陆军总司令部通知驻波兰各军团司令部：
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