其次，雍正帝还在八旗内改革选官制度，加强对八旗旗主的控制。在清朝，官员的缺额向来分为旗缺、翼缺和公缺多种。旗缺是指某一官职依照惯例只能由某旗人员充任；八旗又分左右两翼，这是努尔哈赤初建八旗时因分列不同而形成的定例。翼缺是专属于某一翼的人员的官缺；公缺则是所有八旗子弟均可担任。旗缺、翼缺有一定的检选限制，只能在某旗某翼内进行拣选，旗主、管主可以把持这些缺位，也使得各旗之人具有向心力，团结自固，但在八个旗内，各旗人才不一，因而有的旗升转较快，有的则较迟滞，这是一种不公平的现象。雍正帝即位后，对八旗内部缺职的补授也进行了更改。如对原来下五旗王公所谓公中佐领之缺，只在该王属下拣选的定规，雍正帝予以更改。雍正帝认为这样选择范围太小，不易得到合适的人选，命于该旗中挑选官员引见补授。雍正六年（1728年），雍正帝以铨法划一为由，将原为旗缺、翼缺的各堂主事、郎中、员外郎、内阁中书、监察御史、给事中、工部造库郎中等都改为公缺。这样一来，管旗诸主对旗内官员的部分任免权就消失了，雍正帝进一步弱化了八旗旗主的政治势力。
随着清朝封建制度的成熟，旗主的特权最终成为不适应时代的赘疣，为了摆脱其对中央统治的不利影响，雍正帝加强了对八旗的控制权，限制并剥夺原旗主的种种特权，从此八旗主子只有皇帝一人。这是雍正帝加强君主专制制度的一个重要步骤。
改善关系，订立制度
雍正帝削夺八旗特权，除了削夺旗主特权外，还表现在削弱王公与属下私属关系上，这就将整顿旗务与打击朋党、整顿吏治联系在了一起，适应了当时的政治形势，实在是一举数得。
雍正帝即位之前，八旗旗主势力逐渐衰微，已无力与皇权抗衡，但他们还保留着一些特权，如在下五旗中，旗下与管主的隶属关系依然存在。由于下五旗诸王中有相当一部分人与允、允集团有比较密切的关系，对雍正帝并非心悦诚服，这是雍正帝所不能容忍的。
雍正帝即位后，首先收回了王公任用属下的权力，隔断了王公大臣之间的联系。雍正王朝以前，旗人奉本旗主为主是天经地义的，旗主要求旗民为奴也是无可厚非的。任何一个旗民都是旗主的仆人，可以随意使用，也可以任意处罚。雍正帝要巩固皇权，要改善这种毫无人格尊严的隶属关系，自然不允许这种状况存在，对此，雍正元年（1723年）七月，雍正帝规定，禁止王公在所属佐领内滥派差役，只许挑选人员充任护卫、散骑郎、典仪、亲军，不许兼管家务，若用作包衣官职，或令跟随子侄，都要列名请旨，并且要知会该旗都统，由都统复奏。十月，雍正帝又降谕：自今以后，凡没有封号的诸王、贝勒等，即直呼其名。
二年（1724年），雍正帝又规定不许下五旗王公听信谗言，将属下妄加残害，或借端送刑部治罪，若有此种情况，则将这些被害者撤离原主门下。同时规定，王公属下有被问罪发遣的，不许发往该王公打牲处所，免得他们发生联系，属下也不得私自回到该王公门上，这样就意味着王公不许包庇属人。政府惩治王公属下，不容原主包庇；王公迫害其属下，政府不容其肆恶。既不许包庇，又不许妄加残害，在削弱王公权力的同时，也削弱了佐领内的向心力，完全摆脱了旧有的主属关系。
同年，雍正帝还更定了王公拥有的护军、领催、马甲数。如亲王拥有护军、领催四十名，马甲一百六十名；郡王拥有护军、领催三十名，马甲一百二十名；贝勒拥有护军、领催十六名，马甲八十名；贝子拥有护军、领催十六名，马甲六十四名；镇国公拥有护军、领催十二名，马甲四十八名；辅国公拥有护军、领催八名，马甲三十二名。从总体上看，比原来的数目减少了。雍正帝还于同年下令，诸王所属佐领，凡移出的，其内人员不得再与旧主往来，否则从重治罪。雍正帝这样做，目的有二，一是减少王公拥有的护军数量，使王公不能对旧部再发生影响，以至于聚众抗上。二是限制王公与旧属之间的联系，进一步分化八旗集团势力。
与此同时，雍正帝还规定，诸王不得任意扰累旗分佐领。雍正帝执政之前，诸王担任旗主时，与属下旗分佐领有较强的隶属关系。改革以后，诸王早已不任旗主，但传统的习惯势力犹在。并且，诸王往往是旗中辈分最高的长者，有些旗分佐领原本即是从其附属佐领分出，这都使旧有关系一时难以摆脱。雍正帝认为“下五旗诸王，将所属旗分佐领下人，挑取一切差役，遇有过失，辄行锁禁，籍没家产，任意扰累”，此风如任其发展，“则五旗之人，竟有二主，何以聊生？”因而于雍正元年（1723年）三月十八日降谕规定，旗下官员、兵丁，不得继续在诸王、阿哥门下看守行走。“且旗下官员亦不敷用，着拨回旗下当差行走”。
雍正帝削弱八旗王公与属下的私属关系，有着深远的意义。雍正帝将整顿旗务与打击朋党联系在一起，既削夺了八旗集团的势力，又削弱了朋党集团的势力。这样就逐步废除了王公贵族享有的特权，同时又大大加强了皇帝的权威。
此外，雍正帝还严禁下五旗诸王勒索外吏。雍正帝认为，诸王门下人等一旦出任外吏，便成为皇帝手下的政府官员，其身份地位应与原来有所不同。因此，既不许旗主役使其子弟，也不许对其本人分外苛求、“肆意贪索”。他于即位前夕即降谕宣称：“下五旗诸王属下人内，京官自学士、侍郎以上，外官自州牧、县令以上，该王辄将其子弟挑为包衣佐领下官，及哈哈珠子、执事人，使令者甚众，嗣后着停止挑选。其现在行走入内，系伊父兄未任以前挑选者，令其照常行走；若系伊父兄既任以后挑选者，俱著查明撤回。或有过犯该王特欲挑选之人，着该王将情由奏明再行挑选。”元年(1723年)六月二十九日，又指出：“凡旗员为外吏者，每为该旅都统、参领等官所制。自司道以至州县，于将选之时，必索勒重贿方肯出结咨部。及得缺后，复遣人往其任所，或称平时受恩，勒令酬报，或称家有喜丧等事，缓急求助；或以旧日私事要挟。下五旗诸王不体恤门下人等，分外勒取，或纵门下管事人员肆意贪求，种种勒索不可枚举，以致该员竭蹶馈送，不能洁己自好。凡亏空公帑罹罪罢黜者，多由于此。”
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