西南少数民族地区的土司制度渊源很早。远在汉武帝时，当时汉朝在西南少数民族地区设置了郡县，但限于各少数民族内部的具体情况，委派前往的汉族太守、县令对各少数民族无法进行直接的统治，于是就不能不对这些地区中原来的少数民族首领加以利用。汉代曾先后封了滇王、夜郎王、哀牢王、邛毂王、句町侯等等，使其仍按原来自己民族内部的方式，管理自己原来管理的地方和人民，隶属于汉王朝。这些接受汉王朝封号的少数民族首领，就成了汉王朝在西南地区的“土官土吏”。所以，土司制度实质上也就是羁縻（“羁縻”是我国古代历代中央王朝对周边民族所采取的传统民族政策的重要组成部分，是指统治者对少数民族实行间接管辖的一种政策，即只要首领称藩，不改变其原有的制度及统治者的权威）之治，这自两汉至明代的文献记录中，也都无不称利用“土官土吏”对西南各少数民族进行统治为“羁縻”，这种政策被称为“羁縻政策”。
自汉以后，很多朝代都沿用这一政策。南北朝时全国趋于分裂，西南地区也不例外，在部分少数民族地区，有左郡左县、僚郡俚郡等。唐宋时期，南诏和大理国的统治者在云南及其附近地区进行相对割据，但有“羁縻”州县和土州土县以及峒等设置，多任当地的少数民族首领为土官土吏，只是没有统一西南加以全面推广而成为完备的土司制度而已。
元朝统一西南后，终于给土司制度在西南少数民族地区的全面推行创造了条件。当时，由于元统治者需要通过土司统治西南少数民族地区，因而给予土司很多特权。土司实行世袭制，自行征纳赋税，对属民有生杀予夺之权，因而土司在相当程度上是一批割据者。在这些统治地区，往往只有形式上的中原王朝，而实质体现的却是土司的意志，具有十分强烈的奴隶制色彩。土司们权力本来就很大，由于天高皇帝远，他们更可以恣意横行，对土民任意使役，任意杀戮。不仅如此，土司之间还经常发生征战，起因也往往只是为了争夺土地、属民或者牲畜。在这些半开化地区，朝廷驻兵很少，有时也只能任他们自相残杀。
明代在元代土司制度初具规模的基础上，已形成为完整的土司制度。在西南各少数民族首领归附的前提下，王朝先后就少数民族首领原来所辖的地区建政，他们的子孙一般也不调离其辖地，并授予他们各种官职，给以符印。他们通常都世袭职位。让原来的土司继续统治原有的辖区和属民，不改变这些地区的政治、经济及一切文化习俗。但也规定他们应遵守王朝为管理他们而制订的法规条例，如他们承袭九品官阶以上的必须由行省勘合，然后要亲自进京朝贡，最后必须得到朝廷的批准，朝廷有权力直接或通过行省对他们进行考核、升降、迁调和罢免；他们必须按规定定期或不定期向行省或朝廷承担各种经济义务，其武装力量也须听从朝廷的调动，若有犯法或彼此之间发生争执，也须听从朝廷的判决或仲裁。
土司、土舍都是割据者，只是实力大小有所不同，而中央要加强对他们辖区的统治，这就形成了土司、土舍与中央之间不可调和的矛盾。在明朝时，土司还发动过对中央的战争，清朝虽无这种事，但是土司、土舍到邻近州县抢劫、屠杀汉民的事却屡有发生，于是出现了双重矛盾：一是土司属民与汉民对立，土司属民往往成群结伙骚扰汉民，有的在夜间乘人不备，焚屋屠戮；二则他们又害怕汉民，一离开村寨，就怕被汉人追杀。土民、汉民问题从根本上说还是土司制度造成的。到雍正帝统治时期，由于弊端的积累，暴露得就更清楚了。
土司、土舍和头人对属民任情役使，赋税是一年四小派，三年一大派，小派计钱，大派计两。他们掠夺的比向中央上贡的要多很多倍。如云南镇沅土知府刀瀚，于雍正初年起每年向朝廷进贡银三十六两、米一百石，而向土民征收的银子高达二千三百四十八两、米一千二百一十二石，强征的比上贡的多几十倍。
再者，土司恣意虐杀属民，对犯其法而被杀害者的家属，要征二十四两、六十两不等的银子，还名之曰“垫刀银”，实乃凶恶至极、惨无人道。属民们对土司无官民之礼，而有万世奴仆之势，子女财帛总非本人自有，他们的一切包括生命都是土司的。
还有，土司之间的战争，常年不断，世代为仇。如广西隆州古隆地方土司王尚氏等，与贵州普安州地方的土司阿九等争夺歪染、乌舍、坝犁、鲁磉等寨，常年刀光剑影。雍正二年（1724年）时上告官府，因事涉两省，地方官互相推诿，到雍正四年（1726年）还没有得到审理解决。湖南永顺地方的诸土舍，也是如此相互仇杀，经年不断。
这些情况自然严重地妨害了国家的统一，造成政府与土司分立的局面，土司所属之地成为国中之国；而且由于土司制的奴隶性质，严重影响和制约了社会的进步，使这些地区长期得不到足够的开发，始终是蛮夷烟瘴之地；同时，土司制不但危害本地的安定，也破坏汉民和少数民族的交流与合作，使它们彼此仇视，是民族矛盾的制造者之一，对民族大融合造成了极为不利的影响。
明朝以降，中央政府就决定取消土司世袭制，并在条件成熟的地区，设置府厅州县等地方政权，派遣一定时间进行调换的流官前往治理，这就是改土归流。这种办法，明朝和清初只是偶或实行，大部分少数民族地区仍然保留着土司制度。随着清朝对边远地区政治、经济统治的加强，中央政府再也不允许在自己的版图内存在许多不听号令、不服管束的独立王国，各族人民也愈加要求挣脱落后、残酷的土司制的压迫。
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