军机章京(满语，意为“官”)是军机大臣的下属，俗称“小军机”，与“大军机”相对。军机章京也没有定员，由内阁、翰林院、六部、理藩院、议政处等衙署中的中下级官员选任，负责公文收发及满、汉、蒙古多种文字的翻译等日常事务。
军机处的官员没有编制，简放任免都在原单位，人数也视需要而定。军机处要员能否入选，关键是看他们与皇帝的私人关系好坏。当时雍正帝最器重、最信任的军机大臣除了与之关系密切的怡亲王允祥外，还有大学士张廷玉、鄂尔泰、銮仪使纳亲等，皇帝巡幸、谒陵、驻园时这些人无不跟随其后。可见，雍正帝几乎把军机处看成了自己的一件随身物件，走到哪里便带到哪里，说明军机处在雍正帝心里是十分重要的。
军机处创建之初，既没有正式衙门，也没有印信。雍正十年（1732年）春天，雍正帝命大学士等议定军机处印信，大学士等拟议印文为“办理军机印信”，经雍正帝批准，交礼部铸造银印。该印由内奏处保管，印匙则由领班军机大臣随身携带。另外还打制了镌有“军机处”三字的金牌，由值日章京佩带。须用军机处印信时，由值日章京凭金牌到内奏处领取印信，随后，凭金牌向领班军机大臣索取印匙，并在数人的监督下，才打开印匣取出印信。印信用完后，金牌要交给值班章京，印匙归还领班军机大臣，印信则要重新归还内奏处。这一规章制度显得有些繁琐，但它的确是一套严密的管理模式。为了达到保密的目的，雍正帝着实下了一番工夫。
关于设立军机处的理由，雍正帝曾对大学士说：“国家政治，皆皇考所遗。朕年尚壮，尔等大学士所应为之事，尚可勉为代理，尔等安乐怡养，心力无耗，得以延年益寿，是亦朕之惠也。”事实上，雍正帝倒不是怕办事的人操心劳神，他建立军机处是另有目的的。首先，雍正帝是从储位之争中冲杀出来的胜利者，雍正帝登基后，虽然对诸兄弟进行了不同程度的惩治，但他们与官僚机构仍有千丝万缕的内在联系。内阁、翰林院、六部、理藩院、议政处诸王大臣中仍可能有允等人的亲信，雍正帝对此看得很透彻，但他又不能把所有的官僚机构统统推倒重来，如果那样的话，就可能违背群情，不利于稳定。在经过反复思考之后，雍正帝想出了一个绝妙的办法，建立一个由既有权柄又能服从他指挥的亲信人员组成的新机构。其次，在即位之初，雍正帝虽然掌握了国家最高权力，但凡军国大事，皆应集体讨论定夺，最后由皇帝宣布执行，雍正帝不可能随心所欲独断专行地处理一些事。可见，雍正帝建立军机处的目的是加强集权，达到百官随之、一呼百应的效果。
军机处设立之初，在各方面还不是很完善，从而使得一些目光短浅的人意识不到这个特殊机关的重要性。但在雍正帝心里，军机处并非临时建立起来的小机构，而是从长远利益出发而建立起来的重要机构。
事无大小，事必躬亲
雍正帝在创建军机处的同时，也明确了军机处的主要工作职责。大致上可归为三类，即不时应召商议军机要务；面奉谕旨草拟文书；管理文书档案。
不时召对商议军机要务，是指参议国家各种政事事务，议题由雍正帝本人来决定，参议范围很广泛，有军务、人事、典礼等等。让军机处参与议事，并不表示给了他们决定事务的职权，皇上只是通过参议向他们征求意见，至于事情应如何决定，如何处理，诸军机大臣和军机章京就无权过问或从中阻挠了。说得直白一些，当时的军机处人员没有固定职权，纯属顾问性质。在一般情况下，每天凌晨三时至五时，军机大臣及军机章京就要进入值班房，早上，雍正帝召见他们。如果有紧急要务，也可能提前召见，甚至一日要接见多次。雍正初年，在军机大臣中，张廷玉是雍正帝最得力的宠臣之一，也是最忙碌的一位，有时一日召见多达十余次，特别是在西北两路用兵期间，入值自晨至暮，有时甚至要忙碌到一鼓、二鼓，直到鄂尔泰内召充任军机大臣，张廷玉才稍微轻松一点。可见，勤政者并不是雍正帝一人。由于他们公务繁忙，雍正帝给了他们许多格外恩典，如每日入值的军机大臣、章京饭食，都由膳房供给，满汉章京散值后可以去方略馆聚餐。这样，他们就会更加尽心尽力地去做事。
在军机处创办初期，军机处协助雍正帝办理的头等大事是西北两路用兵。雍正十年（1732年）二月，宁远大将军岳钟琪奏劾副将军石文焯纵敌，雍正帝命军机大臣议奏。同年，西路军大本营移驻穆垒，雍正帝选定六月初四日巳时启行，于四月十三日命军机大臣通知岳钟琪：“将一应事宜预先留心备办，但军机切宜缜密，以防漏泄。”其他方面的军政、八旗事务，往往也命军机大臣办理。雍正九年（1731年），雍正帝以山东登州是滨海重镇，仅有六千兵丁驻防，不敷应对，命军机大臣详议是否需要增兵。由此可见，军机处初创时的主要职责是在办理战争、军政和八旗事务上，体现了一个“军”字。后来它已经将范围扩大为所有机要政事了，连大学士、六部、九卿、督抚、将军、提督、都统，甚至连学差、主考以及驻外使节的简放都需要由军机处开单请旨。
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