出于对科学和文史的广泛兴趣，这次远征还带走了许多科学研究和工程技术人员。著名的数学家蒙日和化学家贝托莱为拿破仑挑选了数学家21名，天文学家3名，民用工程师1 7名，博物学家和矿业工程师13名，地理学家13名，火药工程师3名，建筑师3名，设计师、绘图师8名，机械师10名，雕刻家1名，翻译15名，文人10名，印刷工人22名，并带有拉丁文、希腊文和阿拉伯文的排字字模。此外，还带有丰富的图书。古希腊诗人荷马和古罗马诗人维吉尔的诗集、卢梭的《新爱洛绮丝》、歌德的《少年维特之烦恼》、《圣经》、《古兰经》、《吠陀经》、阿里昂的《亚历山大大帝》、雷纳尔的《欧洲人在东西印度开辟商业的政治和哲学史》以及伏尔泰、孟德斯鸠的著作统统都被收集在内。
5月9日，拿破仑从巴黎来到土伦，监督七军团3.7万人装船的最后准备工作。在上船前夕，他对部队发表了极具刺激性的演说，允诺每个战士凯旋回家时可获得6亩土地。
5月19日，远征舰队由土伦扬帆出航。此舰队拥有130艘运输船，由13艘主力舰护送。另外还有42艘三桅快速帆船，以及大小运输帆船共300艘。主力舰中，"东方号"和“阿密腊耳号"各拥有大炮120门。运输船上的陆军由15个步兵联队、7个骑兵团和28个连（炮兵连、工兵连和地雷工兵连等）组成，共计步兵24300人，骑兵4000人，炮兵3000人，非战斗人员1000人。当最后一名士兵上船以后，太阳升起来了，太阳是那样的光彩夺目，以致后来被士兵们高兴地称之为"拿破仑的太阳".灿烂的阳光照耀在排成半圆形的船舰上空，甚是壮观雄伟。官兵中的绝大部分是久已跟随拿破仑的，他们认为只要有他在，胜利就有保证。官兵们的心中对未来充满必胜信心和美好希望。
挺进开罗这次远征的目的地是严格保密的，只有极少数高级官员知道是前往埃及。直到最后一分钟，官方还称它是英吉利军团的左翼兵力，并宣称他们要经过直布罗陀海峡，绕过西班牙，去爱尔兰登陆。这个消息传到英国海军司令纳尔逊的耳朵里，他信以为真。当法国海军离开海港，直奔马耳他岛时，他却在直布罗陀海峡防守着拿破仑。
马耳他岛位于地中海中部，是大西洋通往地中海东部和印度洋的交通要道，也是地中海最好的港口。当时岛上有居民3万人，由耶路撒冷圣约翰骑士团据守。6月10日，法国舰队抵达该岛，拿破仑立即派兵登陆。岛上的骑士只作了些象征性的抵抗便投降了。拿破仑宣布此岛为法兰西共和国领土，并废除了圣约翰骑士团，没收了他们的土地，建立了新政府。
6月19日，法国舰队离开该岛，同时留下4000名法军据守马耳他，以确保地中海法军的航运能够畅通无阻。
6月30日，法国舰队顺利到达亚历山大港附近的埃及海岸。拿破仑派出一艘巡洋舰前往亚历山大港侦察。不久，这艘巡洋舰就从亚历山大港返回，并带来了法国领事马嘉隆。从这领事口中得知：在法军到达亚历山大港以前48小时，英国舰队就已到了这里，并到处打听拿破仑的动向。原来，纳尔逊获悉法军占领了马耳他岛后，便大呼上当，他断定法军的目的地是埃及。于是，他拉起所有的船帆，取最短的航线，直奔埃及，想不等法军登陆便把他们消灭在大海里。可是他过于性急，致使英国海军走得太快，等他到亚历山大港时，根本不见法军踪影。他向当地居民打听，可当地人压根就没听说过什么拿破仑。纳尔逊又糊涂了，既然法军不去埃及，又会上哪里去呢？他又一次自作聪明地断定法军的目标是君士坦丁堡，他立刻率领舰队直奔君士坦丁堡。
拿破仑害怕纳尔逊会随时回来，决定立即登陆。此时海面波涛汹涌，狂风大作，天气极其恶劣。海军司令为了安全起见，主张再等几个小时登陆，他断言几天之内纳尔逊是不会回转的。但是遭到拿破仑的严词拒绝，他说：“时间紧迫，命运只给我3天时间，如果我不充分利用，我们就失败了。”海军司令不得不发出全体登陆的信号。
尽管登陆十分艰难，许多人溺死在海中，但最终还是完成了登陆。7月2日凌晨1时，法军踏上了埃及土地。3时许，拿破仑亲自率领3个师向亚历山大港出发。几个小时后，亚历山大港便落入拿破仑手中。
拿破仑在亚历山大港停留了6天。期间，他用阿拉伯文向当地居民发出了一份宣告，其内容如下：“统治埃及的贝伊们曾长期侮辱法国，伤害它的商人们，他们受惩罚的时刻已经到来了。
“从乔治亚和高加索买来的奴隶中的这批暴徒，很长时间以来在世界的这块最美丽的土地上实行暴政；但是，真主，一切都从属于他的真主已经下令：他们的统治应该结束。
“埃及各族人民，你们会被告知，说我是来消灭你们的宗教的，不要相信这种话！回答是：我是来恢复你们的权利和惩罚那些篡夺者的，我比马穆鲁克①更尊敬真主，尊敬他的先知和《古兰经》。
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①马穆鲁克原意为奴隶。埃及在法蒂玛王朝时从希腊、高加索等处招募奴隶组成禁卫军，即称为马穆鲁克。13世纪后，他们的军官控制了埃及，成了属于土耳其奥斯曼帝国的埃及的实际统治者，被称为马穆鲁克贝伊。贝伊原意为地方上的执政者。马穆鲁克有时也被用来称当时统治埃及的贝伊们所统率的土耳其——埃及部队。
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