拿破仑素以精力旺盛，镇定自若而著称，可他得知这一悲惨消息后，也经不住这突如其来的打击，他脸色发白，悲痛万分。他一眼就估量出这幕惨剧所带来的致命后果：同法国一切交通都被切断，返回法国的全部希望也随之断绝，除非屈尊向一个不共戴天的敌人投降。
当他的秘书规劝他耐心等待督政府的帮助时，他怒气冲冲地嚷道：“督政府里尽是一帮混蛋！他们嫉恨我，恨不得我死在这里才快活。而且，你看全军有多么不满，谁也不愿呆下去。”
拿破仑相当地激动了一阵。可不久，笼罩着他的这种阴暗情绪就消除了，他又恢复了坚定自制和镇静。他意识到他现在最迫切的任务是振奋部队精神，驱散悲观情绪。他鼓舞部下说：“这样，我们被隔绝在埃及的土地上了。这很好。我们必须在惊涛骇浪的大海上活下来，大海会平静下来的。或许命运注定我们要改变东方的面貌。我们一定要留在这里，像古代人那样在这里完成伟大的功业。""埃及曾经是一个强盛的帝国。它在向英国的进攻战中具有多么优越的位置！""我们将不得不创立一个大帝国。……海洋把我们和祖国分开了，可是随便哪个海洋都不能把我们和非洲分开，也不能把我们和亚洲分开。我们的人数很多，我们不会缺少补充我们队伍的人力，我们也不会缺少弹药。"拿破仑的一番话使士气低落的军队重又充满信心和希望。
舰队的丧失使拿破仑确信，必须迅速而有效地把埃及组织起来，必须在埃及站稳脚跟，因为法军还要在此地呆相当长的时间。拿破仑那灵活的、爱思索的脑袋似乎有使不完的劲，战争、防务、税收、政府、法院机构、贸易、艺术和科学，全都引其他的注意。他毫不迟疑地发出一道道命令和指示，为的是防止与失败俱来的迫在眉睫的危险。8月21日，拿破仑以法国科学院为模式建立了埃及科学院，蒙日任院长，拿破仑任副院长。科学院的任务就是促进埃及的进步和传播文化。考古学者、地质学者和历史学家从尼罗河到阿斯旺瀑布，考察古代王国的遗迹。科学家、工程师们则研究防治传染病和设计灌溉工程。在总工程师、建筑学家勒佩尔的领导下，他们正在进行苏伊士地峡的水准测量和联结地中海、红海的运河开凿工程。由于舰队的覆灭，专家学者们失去了绝大部分的财物和许多机械设备，很多事情不得不从头做起。他们扩大谷物的耕种面积，建造大型烘炉和面包房，以解决粮食供应的困难；他们建造啤酒厂酿造土啤酒，以满足部队需要；他们建立铸造厂和制硝厂，以供应机器、工具和火药。所有这一切就是为了使法军不需要依靠欧洲后方而生存下去。
为了确立法国人在埃及的绝对统治地位，拿破仑对一切胆敢与法国人作对的人绝不手软。驻守在亚历山大港的克莱贝尔将军以叛国罪逮捕了这个城市的百万富翁西弟。穆罕默德。艾里。科拉伊姆。此人被押送到开罗后，法军告诉他，如果想救救自己的脑袋，就交出30万金法郎。可此人却认为生死在于天命，他说：“如果我注定现在死，那就什么也救不了我，即使交出钱也没用。假如我注定要死，那我为什么还要交出这些东西？"拿破仑命人砍下他的脑袋，并将其脑袋拿到开罗街上示众，上面写着：”这就是所有叛徒和违反誓约者的下场。"艾里。科拉伊姆的死引起了一些富裕的阿拉伯人的恐慌，他们如数拿出了法军所要的一切。
由于法军的勒索，开罗在1798年10月末爆发了一次大规模的起义。起义军的势力一度很强大，将前去镇压迫义的15名法军全都剁成了肉泥。拿破仑怒不可遏，派出大军前去镇压，起义失败，起义者均被绞死。
这次暴动后不久，又有一阿拉伯人部落袭杀了一队法军。拿破仑立即命令克鲁阿泽副官前去包围整个部落。血腥的镇压开始了，房屋被毁坏，男人被杀光，妇女儿童被带到开罗。
几个小时后，开罗广场上出现了一些驮着麻袋的驴子。麻袋打开后，只见那些被杀死的男人的头颅在广场上滚来滚去。开罗居民被这恐怖的一幕吓得魂飞魄散。从意大利到埃及，拿破仑一直认为"严惩几个"是控制被征服地区的有效手段。因此，只要谁胆敢触犯一下法国士兵，谁就会受到这位总司令的严厉惩罚。
埃及已成为拿破仑的掌中之物，可一个意外消息使他对这一切感到淡然无味了。他从朱诺那里得知留在巴黎的约瑟芬继续与夏尔中尉保持着暧昧关系，暴跳如雷，气得连话也说不连贯：“约瑟芬！……我在千里之外！……你就这样欺骗我呀！……离婚！公开离婚！让大家都知道！……这两个该死的家伙！……我要亲手干掉这两个伤风败俗、不知羞耻的劣种！……"拿破仑脾气变得越来越坏。为了安慰自己，他与一位骑兵尉官的妻子勾搭上了。
约瑟芬的不贞使他的情绪非常低落，他写信给哥哥约瑟夫说：“我需要离群索居。壮丽豪华使我感到腻烦，感情的源泉已经枯竭，对荣誉索然寡味。年仅29，却已历尽沧桑。"可拿破仑毕竟是拿破仑，这种悲观情绪并没有持续多久，他对战争的热情和强烈的征服欲使他抛开儿女情长，跨上战马又出发了。进军叙利亚土耳其见自己的领地埃及被法国人占领，十分恼怒，苏丹立即派兵朝埃及进发，向法国宣战。1799年2月，拿破仑留下狄舍将军保卫埃及，自己率12000人向叙利亚进军，迎击土耳其军队。
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