拿破仑权衡再三，决定采取最后一种作战方案。
这时，一份急报送到拿破仑手中：敌人仍在围攻热那亚，并不断加强炮击，热那亚危在旦夕。要向该地进军，则一分钟也不能浪费。拿破仑将这份急报弃之一旁，随即分派各部大军去占领指定地点；拉纳军团进逼都灵，掩护主力右翼，并夺取波河上的渡河点。缪拉进占波河南面的皮亚琴察，以切断奥军退却线。主力则直趋米兰。6月2日，主力未受奥军抵抗便进占了米兰。
奥军主将梅拉斯于5月底确信拿破仑已率军横越阿尔卑斯山。起初他以为拿破仑的预备军只有六七千人，可当他知道法军的数目要比他想象的多得多时，而且在他意想之外的地点和方向出现时，甚为惊慌。梅拉斯判断法主力会南下都灵，便留下奥特部继续围攻热那亚，自己率主力北进都灵。这时拉纳军正好南下，梅拉斯为自己的"正确判断"庆幸不已，决定停留待敌。不久，传来急报，说法军主力已进占米兰，梅拉斯这才大呼上当，立刻在亚历山大里亚集中兵力，准备迎战法军。
6月4日，马塞纳军盼援不至，弹尽粮绝，不得不同奥将奥特谈判，以"率守兵全部，不解除武装"为条件，退出该城。奥特留兵一部据守热那亚，余军向亚历山大里亚挺进。途中又奉命改向皮亚琴察，以确保波河渡口。
6月7日，拉纳和缪拉的部队分别渡过波河，向亚历山大里亚前进。6月8日，占领斯特拉德拉西面的伏赫拉。6月9日，在芒泰贝洛附近，法奥二军展开了长达9小时的恶战。
拉纳击败了前去占领皮亚琴察渡口的奥特军。
同一天，拿破仑离开米兰。次日，同贝尔蒂埃一起渡过波河，抵达斯特拉德拉。在这里，组织司令部，调整战斗兵力，准备迎接大会战。这时有个意外消息使拿破仑兴奋异常，那就是狄舍将军从埃及回到了法国。拿破仑命狄舍将军速来意大利前线报到。6月11日上午，狄舍将军赶到斯特拉德拉。拿破仑以最和善的态度接见了他。狄舍将军是位能征惯战的勇将，1798年在上尼罗河谷战役中表现极佳。虽然拿破仑对一些战功卓著的将领有些猜忌之心，怕他们怀有野心与自己分庭抗礼，但狄舍将军从未使他不安，他太了解狄舍的才能和平格。狄舍谦逊没有架子，既坚定又和平。他只爱荣耀，心中毫无任何野心和追求政治权力的想法。拿破仑当他是最衷心的人，两人的友情达到热烈的程度。狄舍一来，拿破仑就同他密谈了3个小时。第二天便发布命令通告全军，狄舍担任布台那一师的师长。当秘书布里昂对此大惑不解时，拿破仑说：“我同他谈了很久，自有我的原因。他将常任我的副官。我一回到巴黎就要任他为司法部长。只要我力所能及，我会立他为亲王。我发现他的个性很有些古风。”
这时的拿破仑对奥军的真实企图和确切位置一无所知。他派出军队在8公里宽的正面上向亚历山大里亚方向搜索前行，可一连三天没有遇上奥军，拿破仑好生奇怪，难道梅拉斯不准备北渡波河与法军作战？他根据各种迹象考虑良久，认为梅拉斯可能是向南撤往热那亚，因为在热那亚，奥军可以得到英国舰队的支援和补给，还可以绕道摩德纳返回曼图亚要塞。
对于一位要避免决战的将军来说，撤往热那亚是最好决策。于是，拿破仑在6月13日中午作出决定：将法军的预备队分为两个部分，其中莫尼尔师和拉波普师继续留在原地，充当主力的预备队；狄舍师向南搜索，切断亚历山大里亚至热那亚的道路。
13日下午，法军左翼先头部队加尔达师在亚历山大里亚东南5公里处的马伦哥附近与奥军相遇，经过8小时的激烈战斗，奥军支持不住，向亚历山大里亚退却。由于天色已晚，敌情不明，法军停止了前进。
拿破仑于天黑之前赶到马伦哥。这时他还不能最后断定梅拉斯的真实意图，他担心奥军会随时向兵力分散的法军发动突然进攻。于是，他命令加尔达立即查明马伦哥西面的博尔米达河上的桥梁情况。没过多久，侦察兵回来报告说：博尔米达河上只有一座桥梁，而且已被奥军彻底破坏。这一情报使拿破仑坚定了先前的判断，认为梅拉斯已经彻底放弃北渡波河决战的企图，准备向南撤往热那亚。因此，不待各军集中靠近，便下令就地宿营，维克托军团孤立地驻扎在马伦哥村。
芒泰贝洛战役后的亚历山大里亚一片混乱。奥地利参议会见奥军同其战线和军火库隔绝，陷入拿破仑军和絮歇军之间，茫然不知所措。几经踌躇之后，梅拉斯在11日派出一支强大的分队对付絮歇，其余的奥军继续以博尔迷达河和亚历山大里亚城为掩护。后来听说拿破仑的军队正向亚历山大里亚推进，梅拉斯于12日又召回了那支分队。13日一整天，奥军司令部都在考虑对策。经过激烈地讨论，梅拉斯决定乘拿破仑兵力未集中突破法军的封锁，重开与维也纳的交通。
这天夜里，马伦哥平原上死一般地寂静，这使拿破仑产生了一个错觉，以为梅拉斯已经溜之大吉了。于是，他在14日清晨命担任预备队的拉波普师渡过波河，向瓦伦察方向搜索，以阻止奥军逃窜；同时又派人通知狄舍，令他继续南进，查明奥军去向。然而，就在这个时候，一场酝酿成熟的大战突然爆发了，拿破仑万万没有想到由于自己的判断错误，差点导致法军彻底失败。
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