傍晚时分，战斗暂时停止，双方各损失了2万多人，胜负不分。
17日，双方都在休养兵力。拿破仑在缪拉的陪同下巡视了昨日的战场，看着战场上堆积如山的尸体，不禁陷入了沉思。这时有人来报：贝尔纳多特军和本尼格森的11万援军已朝莱比锡开来。拿破仑见联军已对法军形成了合围之势，恐寡不敌众，决定撤退。可他又怕撤退会引起混乱，导致士气低落，于是，改行缓兵之计。他命人将昨日俘获的奥国将军梅韦尔德带来，同他谈了一些与奥国旗和的问题。梅韦尔德说他知道奥国现在还是希望媾和的，如果拿破仑为了全世界和法国的幸福而同意媾和的话，和约马上就可以签订。
拿破仑释放了梅韦尔德等被俘军官，让他们带去了休战条件：法军退往萨勒河后方，俄普军退往易北河后方，奥军退于波希米亚，萨克森中立。联军对拿破仑的休战建议不予理睬，因为莫罗将军在丧命之前曾告诫联军：遭到失败之后坚持不懈，不与拿破仑讲和。更何况现在已是胜利在望的时候。
这时，拿破仑又得到一个坏消息：巴伐利亚脱离了与法国的同盟，倒向了联军，并率军至莱茵河畔，准备攻击法军在美因兹和法兰克福的交通线。拿破仑经过长久的动摇之后，决定撤退到萨勒河一线。但是，他还没来得及把自己的意图付诸实施，10月18日拂晓，激战又起。这时联军已增加到29.5万人，比法军几乎多一倍。
联军从东西南北分6路合围莱比锡。面对联军优势兵力的攻击，法军被迫撤离一些难以坚守的阵地。下午3时左右，正当法军收缩兵力、联军步步进逼的关键时刻，在防守莱比锡东北蓬恩斯多夫的第七军中，竟有两个萨克森旅和一个炮兵连共约3000人，带着19门火炮投降了联军。拿破仑听到这一消息后，马上带领部分近卫军疾驰赶来增援，稳住了防御阵地。然而，法军终归寡不敌众，逐渐被联军挤压到莱比锡城里及其近郊，内伊和另一名军长也负了伤。
傍晚时分，拿破仑坐在郊外的营帐中，向贝尔蒂埃口述着作战命令。就在这时，两名炮兵指挥官前来报告：炮弹快打完了。拿破仑脸色苍白，意识到大势已去，指示贝尔蒂埃向部队下达撤退命令。贝尔蒂埃立即照办了。也许是过分疲劳，拿破仑下达完命令后，竟躺在板凳上睡着了。将领们站在他的周围，默默地望着他，周围一漆黑暗。最后战斗的呼喊声、伤员的呻吟声和军队撤退的车轮声混杂在一起，不断地传入拿破仑的营帐。一刻钟以后，他突然醒来，立即赶往莱比锡城内。
10月19日，法军从各个方向撤下来，都汇合到莱比锡城内，向西面唯一的出口林德瑙大桥退去。每条街都挤满了密密麻麻的撤退部队。这时，普军和瑞典军正突入北郊，奥军也从南面逼近城里。弹药车、马队、炮兵、牛羊、伤兵和随军小贩等等，都拥挤在一起，争相逃命。敌军每一发炮弹落下来，都可以听到许多受伤人的呼号声。拿破仑在经受一连串的打击后，仍然保持着一贯的冷静，他在少数侍从的陪伴下，若无其事地和混乱的人流一起渡过了林德瑙桥，仿佛周围的毁灭景象与他毫无关系。过桥后，他在林德瑙附近的一个磨房里平静地入睡了。他要等待法军全部过河，然后再继续随军西撤。
19日上午9时，沙皇要求坚守莱比锡的法军后卫部队投降，以保全该城，但遭到守城法军的断然拒绝。
就在拿破仑熟睡之际，突然从远处传来了巨大的爆炸声，拿破仑惊醒了。过了一会，缪拉跑进来报告，林德瑙桥被炸毁，麦克唐纳所率的后卫部队2万多人被阻隔在河对岸。拿破仑听完，双手紧紧抓住脑袋，大声吼道：“这也算执行我的命令？"原来，拿破仑曾命令守桥者，只要敌方追兵已到，就立即炸毁桥梁。当布吕歇尔的少数骑兵沿河向林德瑙方向迂回时，枪声使守桥工兵着了慌，他们误以为敌人的大队追兵已到，赶紧引爆了预先放置好的炸药，炸毁了法军撤退的唯一一座石桥，结果，后卫2万多官兵无法过河。这时，后面的敌军已紧紧追来，法军无路可逃，只得跳入波涛滚滚的大河之中。麦克唐纳侥幸游到了河岸，其余的均葬身鱼腹。波尼亚托夫斯基军长，这位前两天才被提升为元帅的波兰亲王，也被浪涛吞没了。没来得及跳河的官兵，包括劳里斯顿、雷尼埃两位军长在内，还有260门大炮、870辆弹药车全都被联军俘获。
拿破仑率残军继续退却，联军未作积极追击。10月20日，在魏森费尔斯渡过萨勒河。23日，进入爱尔福特。在这里，拿破仑接受了缪拉的辞行。缪拉回那不勒斯去了。这时法军还剩下12万余人。30日，法军快接近法兰克福时，4万名巴伐利亚军挡住了拿破仑的退路。败退中的法军仍不示弱，集中了50门大炮朝敌人猛攻，巴伐利亚军大败而逃。
法军通过法兰克福西撤。11月2日，到美因兹。停留7日后，撤往巴黎。在这之前，圣西尔军在德累斯顿已成孤军，被迫投降。法军在维斯瓦河、奥得河、易北河一带的要塞全部丢失。
法兰西战役莱比锡战役后，拿破仑第一次意识到他的大帝国已处在岌岌可危的境地。他的哥哥、西班牙国王约瑟夫已被英国人和西班牙起义者赶出了伊比利亚半岛；他的弟弟、威斯特法利亚国王热罗姆也从卡塞尔出走；达武在汉堡被俄军和普鲁士军围困；法军在荷兰的权力也在开始动摇。更让拿破仑痛心的是他的亲妹夫、那不勒斯国王缪拉也开始背叛了他。当欧仁将这一消息告诉他时，他拒不相信，他向左右的人嚷道：“不，这不可能。缪拉，我把妹妹嫁给了他，我把王位赐给了他，他不可能宣布反对我。必定是欧仁报错了。"然而，事实最终证明缪拉投靠了联军。其实，缪拉早就跟盟国阵营有秘密联系。缪拉是个虚荣心极强的人，当他看到拿破仑时败运衰时，为了确保自己在那不勒斯的王位，千方百计地与盟国接触。7月22日，英国政府决定：只要缪拉同拿破仑分手，盟国就确保那不勒斯王国。10月7日，缪拉秘密接见了那不勒斯官员斯基里纳，后者将英国的决定告诉了他。缪拉满心欢喜，立即通过另一名间谍佩斯沙拉先生把自己的最后决定传给同盟国。这样，缪拉一面出色地履行着拿破仑身边的军人的职责，一面在背叛他，直到10月24日在爱尔福特离开了拿破仑。
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