三公是：丞相、太尉、御史大夫。三公称谓，来自周室官制，为太师、太傅、太保，为远古官制中地位最为尊崇的三人。春秋战国之世，三公之实不在，三公之说犹存，多为对地位尊崇的权臣的一种敬意说法。帝国官制明确以丞相、太尉、御史大夫为三公，便是确立了这三个机构的政务轴心地位，与周代三公的“协理阴阳”之类的虚事有本质的不同。帝国三公，各为一个系统——
丞相综合系统：开府总领国政，设左右丞相，亦称相国，多有下属事务官署。
太尉兵政系统：开府总领涉军政务，以老秦国尉府扩大而设。
御史大夫监察系统：开府，监察百官并天下郡县，以原御史署及原国正监扩大而设。
三公之下为九卿。九卿者，分别执掌九大领域之施政系统也。之所以将九卿置于三公之下，其实际作用在于明确层级权力：九卿在三公（主要在丞相）领导之下施政，以保不政出多门。九卿之中，五卿隶属皇帝系统，四卿隶属三公系统。三公之四卿为：廷尉（执法机构，设左监、右监、狱正三署，侧重受命于御史大夫府），治粟内史（以原大田令府扩大而设，掌经济民生诸事，隶属丞相系统），典客（以原行人署、属邦署合并扩大，掌邦交并边陲部族事务，隶属丞相府），少府（以原关市、邦司空等署合并扩大而设，掌国家赋税，设六丞，隶属丞相府）。
九卿之外，帝国尚有若干散官机构，或归皇帝系统，或归三公系统。中央主要散官机构是：客卿（才士之虚职，可与闻国事，多为试用，皇帝系统任命，任事归丞相系统），博士学宫（以博士仆射为主官，设博士七十余人，掌典教礼仪博通古今，备咨询国政，皇帝系统任命，任事亦主要隶属皇帝系统），中尉（掌京师治安，设两丞，辖斥候、司马、千人三署，隶属太尉系统），内史（掌京师政务，列中央官吏，隶属丞相系统）。
其三，郡县施政系统：郡守县令为轴心的地方系统。
郡官主要是：郡守（一郡主官，总掌政事，后世称太守），郡丞（辅助郡守掌事，郡守之副），郡尉（一郡武官，掌守军并治安事），监御史（中央之御史大夫派进各郡的监察郡政之官员，后世改称刺史），郡法官（掌律法典籍并律法答问，备官员民众咨询），郡卒史（掌郡文书事，辖书吏十人），主簿（掌一郡财政赋税，或兼领文书事），断狱都尉（掌一郡司法，受中央廷尉府与郡守双重管辖），牧师令（边疆郡设置，掌畜牧，属吏六人），长史（边疆郡设置，爵同郡丞，掌兵马）。
县官主要是：县令（一县主官，总掌政事）、县丞、县尉、县法官、狱椽等，职司与郡同名官一致。除此之外，县府有若干办事吏：道啬夫（掌官道修筑及维护），仓啬夫（掌禾仓，并按民户收粮），田啬夫（掌督导耕耘），苑啬夫（掌监护山林水面），厩啬夫（掌督导牛马牲畜之繁殖养育）。
其四，乡官系统：最基层的三级民治——乡、亭、里。
这个最基层的治民系统，当从最下说起。据《汉书·百官公卿表》记载，秦时一县，土地大体在方百里上下，人口众多的县地面稍小，人口稀少者则地广。但总体说来，都比后世的县要大得多。为此，县以下分三级治理：
最下施治单元为里，大体相当于后世的村。里设里正一人，统掌行法施政。里正之下，设里宰一人（掌均平分肉），里监门一人（护卫里正），伍老（掌五家行法连坐事，多少以里辖民户数目而定）。
十里为一亭，设亭长一人，统管全亭施政到民；亭有吏员四人：亭父（掌亭所开闭扫除杂务，亦称亭卒），求盗（掌亭内治安，亦为亭卒之一，若后世捕快），田典（掌督察民户耕耘），牛长（掌每年四次督察耕牛，并赛牛赏功事）。不久之后，列位看官将遇到掀起天下大波澜的一个著名亭长——刘邦。
十亭组成一乡。乡官，以三老为最尊。所谓三老，本指上寿（百二十岁）、中寿（百岁）、下寿（八十岁）三种老人。作为帝国施治的乡三老，大体是八十岁上下的三位老人，执掌民风民俗教化，以利法令推行，是以列位乡官之首。乡政的真正施治官吏，是有秩（总掌乡政）、啬夫（掌听讼、赋税）、游徼（掌捕盗）。
如上四大系统，非但在战国末世堪称宏大奇迹，即或在今日看去，也渗透着浓郁的系统管理思维。帝国对施政系统的四层级分割——国、郡、县、乡，两千余年后仍被看作国家治理的黄金分割法则，以至在整个人类世界都成为国家治理的通行划分。那时候，已经开始衰落的西方的古希腊还是城邦制，不知大国系统为何物；罗马帝国还在萌发阶段，更不知千里万里的大国为何物；世界其他地区的族群，也没有涌现任何一个具有如此规模的国家，当然更谈不上有宏大的国家治理思维。也就是说，秦帝国在人类历史上第一次开创了宏大的国家行政系统，而且一次到位，具有后人无法触动其根基的科学性。如此宏大的文明视野，如此深远的历史洞察，不能不令人叹为观止。后人尚且如此，已经习惯了施治松散的战国人民，如何不感到惊心动魄的新潮扑面而来？
然则，老百姓更看重效用。在士人世族对新官制的一片惊叹之中，天下黔首却更多地关注着皇帝对新朝官员的发布。毕竟，只有具体的主政官员，对老百姓才有着直接的利害。果然，新官制诏书颁行旬日之后，皇帝的第一道拜官诏书跟着颁行了。皇帝诏书拜定的中央高官是：
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